华为云用户手册

请求示例 创建靶点优化作业，作业名称为demo-job，受体文件为project:/dir/file，配体文件为project:/dir/file，时间步长为2fs，温度为300k，能量最小化步数为10000，nvt为200ps，npt为500ps，平衡步骤模拟时长为50ns。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptor" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "balanced_charge" : true, "water_model" : "tip3p", "force_field" : "amber99sb", "ion_type" : "NaCl", "ion_concentration" : 0.15 }, "ligand" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "force_field" : "gaff" }, "md_params" : { "timestep_size" : 2, "temperature" : 300, "step_params" : { "energy_minimization_steps" : 10000, "nvt" : 200, "npt" : 500, "simulation_time" : 50 } } }

响应示例 状态码： 201 CREATED 创建靶点优化作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建靶点优化作业成功，当前运行作业数已达配额限制，此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限， 获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 receptor 是 TargetOptReceptor object 受体文件。 ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 labels 否 Array of strings 标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 表5 TargetOptReceptor 参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 ReceptorDrugFile object 受体文件。 balanced_charge 否 Boolean 是否平衡电荷。 缺省值：true water_model 否 String 水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。 缺省值：tip3p force_field 否 String 蛋白立场，支持选择amber03, amber94, amber96, amber99, amber99sb, amber99sb-ildn, amberGS, charmm27, oplsaa, gromos43a1, gromos43a2, gromos45a3, gromos53a5, gromos53a6, gromos54a7。 缺省值：amber99sb ion_type 否 String 离子种类，支持选择NaCl、MgCl2、None，若设置了平衡电荷不支持选择None。 缺省值：NaCl ion_concentration 否 Float 离子浓度，单位mol/L，若离子种类设置为None离子浓度不支持设置。 最小值：0 最大值：5.0 缺省值：0.15 表6 ReceptorDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如R CS B在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表7 TargetOptLigand 参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 ProbeDrugFile object 配体文件。 force_field 否 String 配体力场, 支持选择gaff, gaff2。 缺省值：gaff 表8 ProbeDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表9 MdParam 参数 是否必选 参数类型 描述 timestep_size 否 Float MD模拟的时间步长，单位fs，取值范围：大于0，小于等于5。 最小值：0 最大值：5.0 缺省值：2 temperature 否 Float MD模拟的温度，单位K。 最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：300 step_params 否 MdStepParam object 计算步骤参数。 表10 MdStepParam 参数 是否必选 参数类型 描述 energy_minimization_steps 否 Integer 能量最小化的步骤。 最小值：1 最大值：50000 缺省值：10000 nvt 否 Float 等温等体步骤模拟的时长，单位ps。 最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：200 npt 否 Float 等压等温步骤模拟的时长，单位ps。 最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：500 simulation_time 否 Float 平衡步骤模拟的时长，单位ns。 最小值：0 最大值：50.0 缺省值：50

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128

响应示例 状态码： 200 OK { "basic_info" : { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "ADMET", "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "failed_message" : "null", "user_name" : "demo-user-name", "output_dir" : "job-analysis/job-name", "expect_charge_num" : 1, "real_charge_num" : 1 }, "molecule_file" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "count" : 1000 }, "job_result" : { "total_count" : 10, "failed_count" : 1 }, "cluster_result" : { "method" : "hiq_mc", "output_dir" : "project://bucket/path/to/task/dir/", "status" : "finished", "failed_reasons" : [ { "reason" : "failed reason" }, { "count" : 1 } ] }, "save_fingerprint" : true }

响应参数 状态码： 200 表3 响应BoBy参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 molecule_file MoleculeFileDto object 分子文件。 job_result JobResult object 作业运行结果信息。 part_failed_reason Array of FailedReasonRecord objects 作业结果信息。 base_model BaseModel object 基模型。 models Array of BasicDrugModel objects 模型信息。 cluster_result ClusterJobRsp object 聚类结果信息。 save_fingerprint Boolean 是否输出表征。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 name String 作业的名称，取值范围：[1,63]，允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)。 labels Array of strings 作业标签。 status String 作业状态。 type String 作业类型。 create_time String 作业创建时间。 finish_time String 作业结束时间。 start_time String 作业开始时间。 failed_message String 失败提示，当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num Double 实际功能调用消耗次数。 progress Progress object 作业进度信息。 表5 Progress 参数 参数类型 描述 overall Float 整体进度。 estimated_finish_time Long 预计结束时间，毫秒。 表6 MoleculeFileDto 参数 参数类型 描述 file MoleculeFile object 分子文件。 count Integer 分子个数。 最小值：1 最大值：1000000 表7 MoleculeFile 参数 参数类型 描述 source String 文件来源，支持用户私有数据中心、公共数据和源数据。 最小长度：1 最大长度：8 url String 文件URL，用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表8 JobResult 参数 参数类型 描述 total_count Integer 输入总数。 failed_count Integer 失败个数。 表9 BaseModel 参数 参数类型 描述 id String 基模型id。 缺省值：pangu-drug-model 最小长度：1 最大长度：128 name String 基模型名称。 缺省值：pangu-drug-model 最小长度：1 最大长度：128 表10 BasicDrugModel 参数 参数类型 描述 id String 模型ID。 task_id String 任务ID。 name String 模型名称。 creator String 模型创建者。 type String 模型类型。 value_range ValueRange object 区间上下限，仅回归型存在。 description String 模型描述信息。 表11 ValueRange 参数 参数类型 描述 lower Float 区间下限，仅回归型存在。 upper Float 区间上限，仅回归型存在。 表12 ClusterJobRsp 参数 参数类型 描述 method String 分子聚类方法。 output_dir String 分子聚类输出结果。 status String 作业结果信息。 failed_reasons Array of FailedReasonRecord objects 部分失败原因和数量。 表13 FailedReasonRecord 参数 参数类型 描述 reason String 失败原因。 count Integer 失败数量。

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/admet/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128 job_id 是 String 作业id。 最小长度：1 最大长度：128

请求示例 创建分子搜索作业，作业名称为demo-job，分子SMILES表达式为string,从数据库中找到最相似top100的分子。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "smiles" : "string", "top_n" : 100, "databases" : [ "databaseA", "databaseB" ], "custom_databases" : [ "custom_databaseA_id", "custom_databaseB_id" ], "model_ids" : [ "model_id" ], "search_method" : [ "ECFP_4" ] }

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 smiles 是 String 分子SMILES表达式。 最小长度：1 最大长度：1024 scaffold 否 String 分子骨架表达式。 最小长度：1 最大长度：1024 top_n 否 Integer 最相似的top_n个。 最小值：1 最大值：1000 缺省值：100 databases 否 Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 10 custom_databases 否 Array of strings 可供搜索分子的自定义数据库id列表。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 10 model_ids 否 Array of strings 模型id列表。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 10 search_method 否 String 分子搜索方法。 枚举值： ECFP_4 SCAFFOLD 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 labels 否 Array of strings 标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/batch-download/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128 task_id 是 String 下载任务ID。 最小长度：1 最大长度：128

响应示例 状态码： 200 OK { "basic_info" : { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "OPTIMIZATION", "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "failed_message" : "null", "user_name" : "demo-user-name", "output_dir" : "job-analysis/job-name", "expect_charge_num" : 1, "real_charge_num" : 1 }, "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "ligands" : [ { "name" : "GLY:A:514", "smiles" : "C1CCCCC1", "index" : 0, "file" : { "source" : "RAW", "format" : "PDB", "data" : "MODEL1.xxxxxxx.END" } }, { "name" : "UNK1", "smiles" : "c1ccccc1", "index" : 0, "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" } } ], "graph" : { "center_id" : "GLY:A:514", "pairs" : [ { "ligand_ids" : [ "GLY:A:514", "DrugBank:UNK1" ] } ] }, "params" : { "num_pre_equilibrium_steps" : 50000, "num_equilibrium_steps" : 500000, "timestep_size" : 0.002, "num_lambda" : 20 }, "job_result" : { "total_count" : 10, "failed_count" : 1 } }

响应参数 状态码： 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 receptor ReceptorDrugFile object 受体文件。 ligands Array of LigandPreviewDto objects 配体列表。 graph FepGraphDto object 路径图。 params FepParamDto object FEP设置参数。 job_result JobResult object 作业结果信息。 part_failed_reason Array of FailedReasonRecord objects 部分失败原因和数量。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 name String 作业的名称，取值范围：[1,63]，允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)。 labels Array of strings 作业标签。 status String 作业状态。 type String 作业类型。 create_time String 作业创建时间。 finish_time String 作业结束时间。 start_time String 作业开始时间。 failed_message String 失败提示，当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num Double 实际功能调用消耗次数。 progress Progress object 作业进度信息。 表5 Progress 参数 参数类型 描述 overall Float 整体进度。 estimated_finish_time Long 预计结束时间，毫秒。 表6 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format String 文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表7 LigandPreviewDto 参数 参数类型 描述 index Integer 配体索引（从0起编号）。 最小值：0 最大值：99 file DrugFile object 配体文件 name String 配体名称，若无名称则自动命名，格式为UNK+索引（从1起编号）。 最小长度：1 最大长度：32 smiles String 分子SMILES表达式。 最小长度：1 最大长度：512 表8 DrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表9 FepGraphDto 参数 参数类型 描述 center_id String 中心配体名称。 最小长度：1 最大长度：32 pairs Array of SimilarityDto objects 配体对列表。 数组长度：1 - 100 表10 SimilarityDto 参数 参数类型 描述 ligand_ids Array of strings 配体对。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：2 - 2 表11 FepParamDto 参数 参数类型 描述 pre_equilibrium_time Float 预平衡时长，单位ps，范围为0-200，不包含0，默认为100ps。 最小值：0 最大值：200.0 equilibrium_time Float 平衡时长，单位ns，范围为0-10，不包含0，默认为1ns。 最小值：0 最大值：10.0 num_pre_equilibrium_steps Integer 预平衡步数，默认为50000。 最小值：1 最大值：200000 num_equilibrium_steps Integer 平衡步数，默认为500000。 最小值：1 最大值：10000000 timestep_size Float 时间步长，单位ps，取值范围：大于0，小于等于0.005。 最小值：0.001 最大值：0.005 缺省值：0.002 num_lambda Integer lambda个数。 最小值：2 最大值：30 缺省值：20 表12 JobResult 参数 参数类型 描述 total_count Integer 输入总数。 failed_count Integer 失败个数。 表13 FailedReasonRecord 参数 参数类型 描述 reason String 失败原因。 count Integer 失败数量。

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/fep/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128 job_id 是 String 作业id。 最小长度：1 最大长度：128

请求示例 创建自动作业，自动作业名称为demo-auto-job，使用如下数据库，使用数据库列为user_name。 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs { "name" : "demo-auto-job", "description" : "description", "database_id" : "2adc4b5fbeeb4a518f177167074a5fb2", "database_column" : "user_name", "database_column_type" : "NEW", "clean_database_column" : false, "database_trigger" : [ { "name" : "status", "judge_mode" : "gte", "value" : "100" } ], "tool_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "tool_type" : "workflow", "job_name" : "demo-job", "job_name_type" : "AUTO", "job_description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "priority" : 0, "timeout" : 1440, "output_dir" : "/job", "output_dir_type" : "MANUAL", "node_labels" : [ "health.node" ], "io_acc_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "tasks" : [ { "task_name" : "app1-1", "inputs" : [ { "name" : "dir-parameter", "source" : "MANUAL", "values" : [ "/test" ] } ], "resources" : { "cpu" : "1C", "cpu_type" : "X86", "memory" : "1G", "gpu_type" : "GPU", "gpu" : "0" }, "io_acc_type" : "SFS" } ] }

响应示例 状态码： 201 CREATED { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "app_infos" : [ { "app_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "app_name" : "demo-app", "app_version" : "1.0.0", "app_node_labels" : [ "health.node" ] } ], "job_info" : { "job_name" : "demo-job", "job_node_labels" : [ "health.node" ] } }

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID，您可以在平台单击所需的项目名称，进入项目设置页面查看。 最小长度：1 最大长度：128 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128

请求示例 创建数据库，数据库名称为database_name，选择css集群，上传项目桶中file/test.csv的数据库数据，设置列名为SMILES和NAME，打开共享开关。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/drug/drug-database { "name" : "database_name", "css_id" : "2f042ad4-6aca-11ed-b7f6-fa163e504fdd", "description" : "simple database", "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/file/test.csv", "eihealth_project_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" }, "columns" : [ "SMILES", "NAME" ], "shareable" : true }

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 数据库名称，长度为5-32个字符，首位需以小写英文字母开头，仅可以使用小写字母、数字、下划线“_”和中划线“-”。 最小长度：5 最大长度：32 description 否 String 数据库描述。 最小长度：0 最大长度：1024 css_id 是 String css集群id。 最小长度：1 最大长度：128 file 是 DatabaseFile object 数据库文件。 columns 是 Array of strings 数据文件列名。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：2 - 12 shareable 否 Boolean 是否打开组织共享。 缺省值：false 表4 DatabaseFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 数据库文件来源。 枚举值： public private url 是 String 文件URL，用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 eihealth_project_id 否 String 数据库文件所在项目id，仅文件为数据中心时填写。 最小长度：1 最大长度：128

响应示例 状态码： 200 OK { "basic_info" : { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "OPTIMIZATION", "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "failed_message" : "null", "user_name" : "demo-user-name", "output_dir" : "job-analysis/job-name", "expect_charge_num" : 1, "real_charge_num" : 1 }, "receptor" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "balanced_charge" : true, "water_model" : "tip3p", "force_field" : "amber99sb", "ion_type" : "NaCl", "ion_concentration" : 0.15 }, "ligand" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "force_field" : "gaff" }, "md_params" : { "timestep_size" : 2, "temperature" : 300, "step_params" : { "energy_minimization_steps" : 10000, "nvt" : 200, "npt" : 500, "simulation_time" : 50 } } }

响应参数 状态码： 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 receptor TargetOptReceptor object 受体文件。 ligand TargetOptLigand object 配体文件。 md_params MdParam object MD参数配置。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 name String 作业的名称，取值范围：[1,63]，允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)。 labels Array of strings 作业标签。 status String 作业状态。 type String 作业类型。 create_time String 作业创建时间。 finish_time String 作业结束时间。 start_time String 作业开始时间。 failed_message String 失败提示，当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num Double 实际功能调用消耗次数。 progress Progress object 作业进度信息。 表5 Progress 参数 参数类型 描述 overall Float 整体进度。 estimated_finish_time Long 预计结束时间，毫秒。 表6 TargetOptReceptor 参数 参数类型 描述 file ReceptorDrugFileobject 受体文件。 balanced_charge Boolean 是否平衡电荷。 缺省值：true water_model String 水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。 缺省值：tip3p force_field String 蛋白立场，支持选择amber03, amber94, amber96, amber99, amber99sb, amber99sb-ildn, amberGS, charmm27, oplsaa, gromos43a1, gromos43a2, gromos45a3, gromos53a5, gromos53a6, gromos54a7。 缺省值：amber99sb ion_type String 离子种类，支持选择NaCl、MgCl2、None，若设置了平衡电荷不支持选择None。 缺省值：NaCl ion_concentration Float 离子浓度，单位mol/L，若离子种类设置为None离子浓度不支持设置。 最小值：0 最大值：5.0 缺省值：0.15 表7 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format String 文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表8 TargetOptLigand 参数 参数类型 描述 file ProbeDrugFile object 配体文件。 force_field String 配体力场, 支持选择gaff, gaff2。 缺省值：gaff 表9 ProbeDrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表10 MdParam 参数 参数类型 描述 timestep_size Float MD模拟的时间步长，单位fs，取值范围：大于0，小于等于5。 最小值：0 最大值：5.0 缺省值：2 temperature Float MD模拟的温度，单位K。 最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：300 step_params MdStepParam object 计算步骤参数 表11 MdStepParam 参数 参数类型 描述 energy_minimization_steps Integer 能量最小化的步骤。 最小值：1 最大值：50000 缺省值：10000 nvt Float 等温等体步骤模拟的时长，单位ps。 最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：200 npt Float 等压等温步骤模拟的时长，单位ps。 最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：500 simulation_time Float 平衡步骤模拟的时长，单位ns。 最小值：0 最大值：50.0 缺省值：50

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128 job_id 是 String 作业id。 最小长度：1 最大长度：128

响应示例 状态码： 200 OK { "basic_info" : { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "SEARCH", "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "start_time" : "2021-01-30T02:34:37Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "failed_message" : "null", "user_name" : "demo-user-name", "output_dir" : "job-analysis/job-name" }, "smiles" : "string", "top_n" : 100, "databases" : [ "databaseA", "databaseB" ], "custom_databases" : [ "custom_databaseA_id", "custom_databaseB_id" ], "search_method" : [ "ECFP_4" ] }

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128 job_id 是 String 作业id。 最小长度：1 最大长度：128

响应参数 状态码： 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 smiles String 分子SMILES表达式。 最小长度：1 最大长度：1024 scaffold String 分子骨架表达式。 最小长度：1 最大长度：1024 top_n Integer 生成分子数量。 最小值：0 最大值：1000 databases Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 10 custom_databases Array of strings 可供搜索分子的自定义数据库名称列表。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 10 models Array of BasicDrugModel objects 模型信息。 search_method String 分子搜索方法。 枚举值： ECFP_4 SCAFFOLD part_failed_reason Array of FailedReasonRecord objects 部分失败原因和数量。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 name String 作业的名称，取值范围：[1,63]，允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)。 labels Array of strings 作业标签。 status String 作业状态。 type String 作业类型。 create_time String 作业创建时间。 finish_time String 作业结束时间。 start_time String 作业开始时间。 failed_message String 失败提示，当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num Double 实际功能调用消耗次数。 progress Progress object 作业进度信息。 表5 Progress 参数 参数类型 描述 overall Float 整体进度。 estimated_finish_time Long 预计结束时间，毫秒。 表6 BasicDrugModel 参数 参数类型 描述 id String 模型ID。 task_id String 任务ID。 name String 模型名称。 creator String 模型创建者。 type String 模型类型。 value_range ValueRange object 区间上下限，仅回归型存在。 description String 模型描述信息。 表7 ValueRange 参数 参数类型 描述 lower Float 区间下限，仅回归型存在。 upper Float 区间上限，仅回归型存在。 表8 FailedReasonRecord 参数 参数类型 描述 reason String 失败原因。 count Integer 失败数量。

响应示例 状态码： 201 CREATED { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "app_infos" : [ { "app_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "app_name" : "demo-app", "app_version" : "1.0.0", "app_node_labels" : [ "health.node" ] } ], "job_info" : { "job_name" : "demo-job", "job_node_labels" : [ "health.node" ] } }

请求示例 启动作业，其中作业的名称为demo-job，作业使用IO加速类型为SFS。 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs { "name" : "demo-job", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "priority" : 0, "timeout" : 1440, "output_dir" : "/job", "tool_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "tool_type" : "workflow", "tasks" : [ { "task_name" : "app1-1", "inputs" : [ { "name" : "dir-parameter", "values" : [ "/test" ] } ], "io_acc_type" : "SFS", "resources" : { "cpu_type" : "X86", "cpu" : "1C", "memory" : "1G", "gpu_type" : "GPU", "gpu" : 0 } } ] }

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID，您可以在平台单击所需的项目名称，进入项目设置页面查看。 最小长度：1 最大长度：128 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128

响应示例 状态码： 201 CREATED 创建CPI作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建CPI作业成功，当前运行作业数已达配额限制，此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }

请求示例 创建CPI作业，作业名称为demo-job， 受体文件为project:/dir/file， 配体文件为project:/dir/file。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/cpi { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptors" : [ { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" } ], "ligands" : [ { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "count" : 10000 } ] }