华为云用户手册

  • 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如,您可将Cell Ranger软件封装为镜像,并上传至 EIHealth 平台。通过应用把镜像引入,利用应用搭建分析流程,执行分析作业。 用于创建Notebook Notebook是一个交互式应用程序,用于代码的编写、调试、运行。创建Notebook时,您可以选择系统镜像。当系统镜像无法满足您的开发需求时,您可以基于EIHealth提供的基础镜像包制作 自定义镜像 ,并上传至平台。您可以在EIHealth平台“开发环境”中使用此自定义镜像创建Notebook。 创建Notebook时,如果使用自定义镜像。该自定义镜像,需要基于EIHealth平台提供的基础镜像进行制作。
  • 数据审计 平台通过 云审计 服务( CTS )提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户的写操作(默认)和读操作(可选),保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分析、合规审计、资源跟踪和问题定位等常见应用场景。您可以在项目的“设置”页面下载最近7天的数据审计日志,其他操作的审计日志请登录云审计服务控制台查看。 图2 数据审计
  • 清理历史命令 为防止配置文件中的敏感信息泄露,建议使用health config clear命令定时清除本地配置文件。 对于执行的历史命令,可通过以下方法清除。 Linux:执行history -c命令清除历史记录,重新登录命令行工具后,记录可恢复。执行rm -f $HOME/.bash_history命令,可删除记录文件,清空历史。 macOS系统:执行ps -p $$命令检查shell类型。 类型为bash:操作与Linux系统相同。 类型为zsh:执行history -p命令清除历史记录,重新登录命令行工具后,记录可恢复。执行rm -rf ~/.zsh_history命令,退出终端后再次执行history -p命令可删除记录文件,清空历史。 Windows系统:对于当前执行的命令,可通过关闭cmd窗口实现历史命令的清理。
  • 步骤2:安装eihealth-toolkit 本示例中以Windows系统为例,介绍安装命令行工具的方法。 下载Windows版本的客户端,得到health.exe文件,health文件无需安装,放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R,输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 图2 客户端 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放置所需的目录下,例如: 如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令执行命令行工具。 如果当前目录不是health所在目录,需要使用绝对路径。如当前目录为/opt,假设health存放在/root/health-toolkit/下,需要指定/root/health-toolkit/health路径进行使用。 如果无法运行,使用chmod 755 health命令设置执行权限。
  • 步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 命令结构 执行health config add命令配置AK、SK、region、platform-id信息,获取方法请参见获取认证信息。 health config add [flags] 表2 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --domain-name -d 是 与管理员(购买平台的账户)的账号名一致。 --user-name -u 是 子用户的用户名。 管理员(购买平台的账户)登录时,user-name和domain-name一致。 --password -w 是 密码。 --ak -a 是 AK(Access Key ID):访问密钥ID。 --sk -s 是 SK(Secret Access Key):与访问密钥ID结合使用的密钥。 --region -r 是 服务区 域名 称。 --platform-id -i 是 平台ID,获取方法请参见获取认证信息。 --iam-endpoint -m 否 IAM 终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --health-endpoint -e 否 EIHealth终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --swr-endpoint -t 否 SWR镜像仓库地址。 获取方式: 登录 容器镜像服务 管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”,获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。 --log-path -l 否 日志路径,不填写时默认为命令行工具当前路径下healthcli.log文件。 路径设置格式: Windows系统为“路径\文件名”。 Linux系统格式为“路径/文件名”。 --http-proxy -p 否 HTTP代理配置,格式为“http://username:password@your-proxy:your-port”。 --obs-endpoint -o 否 OBS终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --obs-install-path -q 否 设置obsutil安装路径,默认安装在当前运行目录。 设置时,该路径必须为obsutil运行文件名,如/home/path/obsutil、/home/path/obsutil-1.1.1 --obs_down_load_url -D 否 obsutil下载链接,obsutil将下载到obs-install-path上。 参数有改动时才会触发下载。 下载链接的内容可以是zip、tar.gz文件、二进制文件,如果是压缩文件,文件夹内的obsutil必须命名为obsutil(和obsutil官方链接保持一致)。 --force -f 否 强制操作。如果下载obsutil时,指定的obs-install-path上已经有同名文件,不带-f时会提示用户,带上-f会直接覆盖原文件。 命令示例 health config add -d xxx -u xxx -w xxx -i xxx -r cn-north-4 -o obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com -a xxx -s xxx -D https://obs-wwx-2022.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/obsuti-windows/obsutil.exe -q obsutil-linux/obsutil.exe –f -m xxx -e xxx -t xxx # 执行成功返回结果如下 add ak successfully! add sk successfully! add region successfully! add platform-id successfully! add user-name successfully! add password successfully! add domain-name successfully! add obs-endpoint successfully! add obs_install_path successfully! add obs_down_load_url successfully! add iam-endpoint successfully! add health-endpoint successfully! add swr-endpoint successfully! 图3 命令示例 执行以上命令行,会在系统所在的用户目录下自动生成一个.health文件夹,文件夹中包含config.ini配置文件,用于存储任务执行所涉及到的配置,如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改,如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息,为了避免密钥泄露,会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 清空配置请执行health config clear命令。
  • 步骤1:下载eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64.zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64.tar、health-linux-aarch64.tar.sha256 Linux AMD 64位 health-linux-x86_64.tar、health-linux-x86_64.tar.sha256 macOS health-macOS-x86_64.tar、health-macOS-x86_64.tar.sha256 本页面命令行工具下载后,在使用时,需用到您 注册华为账号 并开通华为云时提供的用户名等信息,用于登录并操作EIHealth平台的项目、数据等资产。这些信息的处理将遵循您已接收的《华为云用户协议》及《隐私政策声明》约束。
  • 恢复数据 平台支持数据的恢复机制,您可以将归档的核心数据进行恢复,避免造成损失。 数据归档成功后,可以在“归档”页面查看归档记录,并进行恢复、删除操作。归档恢复时,您可以将数据恢复至本项目或有权限的其他项目。 数据归档成功后,选择“归档”页签。 图10 选择归档页签 选择需要恢复的数据,单击操作列“恢复”。在恢复归档数据页面,选择需要恢复数据的位置和数据。 图11 选择恢复数据的位置 单击“确定”。
  • 禁止/允许删除数据 您可以对某个数据设置禁止删除。设置禁止删除后,该目录只能添加数据,不支持删除数据。也可以通过“允许删除”取消禁止删除设置。 图7 开启禁止删除数据 支持设置最多15个数据的禁止删除状态。 如果平台或者父目录设置禁止删除状态,则对应的数据根路径或者子路径均为禁止删除状态,子路径不支持同时设置允许删除状态;如果平台或者父目录设置允许删除,则之前子路径设置的禁止删除权限失效,全部子路径允许删除。
  • 上传数据方式 在开始执行分析作业前,请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同,您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。
  • 操作记录 在操作记录页签,您可以按照“操作类型”、“资源类型”、“操作用户”、“项目名称”和“状态”对消息进行筛查。 例如,删除数据时,消息中心会显示数据所属的项目、资源的类型、删除操作的状态、操作人等信息。消息中心中呈现的内容请参见表 消息类型、表 执行状态说明。 图6 操作记录 表2 操作类型 操作类型 说明 PROJECT_DELETE 项目删除。某个项目开始删除、删除失败、删除成功时给予消息提示。 DELETE_DATA 数据删除。删除数据时给予消息提示,删除结果给予消息提示。 CLONE_DATA 数据拷贝。数据拷贝时给予消息提示,拷贝结果给予消息提示。 IMPORT_DATA 数据导入。数据导入时给予消息提示,导入结果给予消息提示。 ARCHIVE_DATA 归档数据。归档数据时给予消息提示,归档结果给予消息提示。 RESTORE_DATA 恢复数据。恢复数据时给予消息提示,恢复结果给予消息提示。 ARCHIVE_DATA_DELETE 删除归档数据。删除归档数据时给予消息提示,删除结果给予消息提示。 IMPORT_NETWORK_DATA 导入网络数据。导入网络数据时给予消息提示,导入结果给予消息提示。 SUBSCRIBE_DATA 订阅数据。订阅数据时给予消息提示,订阅结果给予消息提示。 DATABASE_IMPORT 导入数据库。导入数据时给予消息提示,导入结果给予消息提示。 JOB_STATUS 作业状态。作业的状态发生跳变时给予消息提示。 MESSAGE_CLEAN 消息清理。消息中心的消息总和超过设置值时,进行消息清理。 表3 执行状态说明 执行状态 说明 SUCCEED 执行成功。 FAILED 执行失败。 PRO CES SING 数据删除、导入等操作正在处理中。 START 项目删除操作开始执行。 RUNNING 分析作业运行中。 PENDING 分析作业等待处理中。 CANCELLED 取消作业。 对于“JOB_STATUS”类型的消息,可单击图标,跳转至对应的分析作业详情页面。您可以在该页面查看详细的运行信息。 消息通知 按照用户权限进行划分,只可以查看有权限访问的项目中的消息通知。
  • 设置项目存储容量 平台支持项目管理员以上角色,配置项目的最大存储量。 单击项目名称,在项目页面选择“设置”。 在项目详情页面,单击“已用存储量”后面的。 图6 设置存储容量 开启容量限制开关后,设置最大存储量。 图7 容量限制 设置成功后,单击“确定”。 项目存储量15分钟刷新一次,如果设置了项目最大存储量,项目数据达到最大存储量后,数据上传、复制、导入、执行的作业、notebook的使用会失败。
  • 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 存在一个创建好的项目。 操作步骤 添加项目成员有两种不同的方法,请任选其中一种方法操作。 方法一 单击项目名称,进入项目“设置”页。 单击“添加”,添加成员。 图1 添加成员 输入已添加至平台的用户的全称。 图2 输入用户名全称 单击“添加”,设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图3 设置成员角色 单击“确认”,将用户添加至项目中。 方法二 在项目列表中,单击“操作”列“分享”。 图4 分享项目 输入已添加至平台的用户的全称。 图5 输入用户名全称 单击“添加”,设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图6 设置成员角色 单击“确认”,将用户添加至项目中。
  • 项目状态 可用:项目当前状态正常。项目创建完成后进入“可用”状态,可用状态的项目允许被冻结、删除、转移和分享,执行此类操作需要该项目的成员拥有相关权限。 冻结:项目当前不可用。处于“冻结”状态的项目,用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况。冻结的项目可以通过解冻操作重新激活。 删除中:项目删除中。需先冻结项目,才能执行删除操作。删除的核心项目,将进入“待删除项目”列表中。待删除项目会保留7天,6天内您可以将项目恢复成可用状态,最后一天不支持恢复。7天后,项目将自动删除,删除后不可恢复。非核心项目支持立即删除。 图5 项目状态
  • 查看项目详情 项目详情提供了项目中数据大小、成员、创建时间等信息,您可以通过以下两种方式查看项目信息。 查看项目概览 单击项目名称左侧图标,或双击项目行中的空白处,展开项目概览页面。您可以在该页面查看项目的描述、标签、创建时间、更新时间、是否核心项目、数据大小和成员信息。 图3 项目概览 查看项目详细信息 单击项目名称,进入项目“设置”页面。您可以在该页面,查看项目的数据存储量、作业总量、流程数量和应用数量,修改项目是否核心项目。 同时,可以查看项目的基本信息、数据控制信息和成员信息。 图4 项目详细信息
  • 操作步骤 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口 在“我的凭证”页面中选择“访问密钥”页签。单击“新增访问密钥”,按操作指引获取认证账号的AK/SK,请妥善保管AK/SK信息。 图2 访问密钥 每个用户仅允许新增两个访问密钥。 为保证访问密钥的安全,访问密钥仅在初次生成时自动下载,后续不可再次通过管理控制台页面获取。请在生成后妥善保管。
  • 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 分析流程通过流程设计器创建,创建好的流程将存储于项目中。同时,您也可以通过“导入流程”的方法,将隶属于其他项目的流程导入至自己的项目中。 创建好的流程显示在流程列表中,您可以基于这些流程创建分析作业。 详细的流程创建和运行请参见新建流程。
  • 镜像 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。EIHealth平台使用容器 镜像服务 (Software Repository for Container,简称SWR)进行简单易用、安全可靠的镜像管理。
  • 应用 EIHealth平台的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装,应用可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。 您可以在项目的应用列表中,查看隶属于该项目的应用,也可以通过搜索应用名称快速查找所需应用。应用列表展示了应用的名称、版本、创建者、修改时间、创建时间和可执行的操作。 详细的应用创建和使用请参见工具管理。 创建应用 应用是生物信息学软件的镜像封装,您可以制作软件镜像并上传至平台,并通过“新建应用”引入相关软件。 导入应用 应用按项目进行划分,隶属于不同项目的应用,可以通过“导入应用”的方法,导入至自己的项目中使用。
  • 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限, 获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 smiles 是 String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 params 是 SynthesisParamDto object 分子合成路径规划参数列表。 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称,取值范围:[5,64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度:5 最大长度:64 labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 表5 SynthesisParamDto 参数 是否必选 参数类型 描述 top_n 是 Integer 期望最大返回条目数(排序后取TopN)。 最小值:1 最大值:50 max_search_depth 是 Integer 预测路径的最大深度。 最小值:3 最大值:12 time_limit 是 Integer 搜索最大时间,单位:分钟。 最小值:5 最大值:60 max_prediction_per_product 是 Integer 每个产物的最大反应数量。 最小值:2 最大值:20
  • 请求示例 创建分子合成路径规划作业,作业名称为demo-job。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/synthesis { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "smiles" : "c1ccccc1", "params" : { "top_n" : 50, "max_search_depth" : 5, "time_limit" : 30, "max_prediction_per_product" : 20 } }
  • 响应示例 状态码: 201 CREATED 创建分子合成路径规划作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建分子合成路径规划作业成功,当前运行作业数已达配额限制,此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }
  • URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/synthesis 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128
  • 请求示例 创建自由能微扰作业,作业名称为demo-job,受体文件为project:/dir/file,配体分别为GLY:A:514和UNK1,路径图的中心配体为GLY:A:514,配体对分别为GLY:A:514和DrugBank:UNK1,预平衡步数为5000,平衡步数为50000,时间步长为0.002,lambda的个数为20。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/fep { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "ligands" : [ { "name" : "GLY:A:514", "smiles" : "C1CCCCC1", "index" : 0, "file" : { "source" : "RAW", "format" : "PDB", "data" : "MODEL1.xxxxxxx.END" } }, { "name" : "UNK1", "smiles" : "c1ccccc1", "index" : 0, "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" } } ], "graph" : { "center_id" : "GLY:A:514", "pairs" : [ { "ligand_ids" : [ "GLY:A:514", "DrugBank:UNK1" ] } ] }, "params" : { "num_pre_equilibrium_steps" : 50000, "num_equilibrium_steps" : 500000, "timestep_size" : 0.002, "num_lambda" : 20 } }
  • 响应示例 状态码: 201 CREATED 创建自由能微扰作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建自由能微扰作业成功,当前运行作业数已达配额限制,此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }
  • 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 receptor 是 ReceptorDrugFile object 受体文件。 ligands 是 Array of LigandPreviewDto objects 配体列表。 数组长度:2 - 101 graph 是 FepGraphDto object 路径图。 params 是 FepParamDto object FEP设置参数。 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称,取值范围:[5,64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度:5 最大长度:64 labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 表5 ReceptorDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如R CS B在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表6 LigandPreviewDto 参数 是否必选 参数类型 描述 index 是 Integer 配体索引(从0起编号)。 最小值:0 最大值:99 file 是 DrugFile object 配体文件。 name 是 String 配体名称,若无名称则自动命名,格式为UNK+索引(从1起编号)。 最小长度:1 最大长度:32 smiles 是 String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 表7 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表8 FepGraphDto 参数 是否必选 参数类型 描述 center_id 是 String 中心配体名称。 最小长度:1 最大长度:32 pairs 是 Array of SimilarityDto objects 配体对列表。 数组长度:1 - 100 表9 SimilarityDto 参数 是否必选 参数类型 描述 ligand_ids 是 Array of strings 配体对。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:2 - 2 表10 FepParamDto 参数 是否必选 参数类型 描述 pre_equilibrium_time 否 Float 预平衡时长,单位ps,范围为0-200,不包含0,默认为100ps。 最小值:0 最大值:200.0 equilibrium_time 否 Float 平衡时长,单位ns,范围为0-10,不包含0,默认为1ns。 最小值:0 最大值:10.0 num_pre_equilibrium_steps 否 Integer 预平衡步数,默认为50000。 最小值:1 最大值:200000 num_equilibrium_steps 否 Integer 平衡步数,默认为500000。 最小值:1 最大值:10000000 timestep_size 否 Float 时间步长,单位ps,取值范围:大于0,小于等于0.005。 最小值:0.001 最大值:0.005 缺省值:0.002 num_lambda 否 Integer lambda个数。 最小值:2 最大值:30 缺省值:20
  • URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/fep 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128
  • 响应示例 状态码: 200 OK { "basic_info" : { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "POCKE_MOL_DESIGN", "start_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "failed_message" : "null", "user_name" : "demo-user-name", "output_dir" : "job-analysis/job-name", "expect_charge_num" : 1, "real_charge_num" : 1 }, "receptor" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" } }, "ligands" : [ { "source" : "PRIVATE" }, { "url" : "project:/dir/file" } ], "cluster_result" : { "method" : "hiq_mc", "output_dir" : "project://bucket/path/to/task/dir/", "status" : "finished", "failed_reasons" : [ { "reason" : "failed reason" }, { "count" : 1 } ] } }
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id。 最小长度:1 最大长度:128
  • 请求示例 创建靶点口袋发现作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file,时间步长为0.001ps,最小化步数为20000,预平衡时间为100ps,口袋发现时长为50ns,表面原子离散点数量为30,探针半径1.4A。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-detection { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "ligand" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "params" : { "timestep_size" : 0.001, "num_minimization_steps" : 20000, "pre_equilibrium_time" : 100, "pocket_detection_time" : 50, "num_surface_points" : 30, "probe_radius" : 1.4 } }
  • 响应示例 状态码: 201 CREATED 创建靶点口袋发现作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建靶点口袋发现作业成功,当前运行作业数已达配额限制,此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }
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