华为云用户手册

上传数据方式 在开始执行分析作业前，请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同，您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据，支持上传最大为1GB的单个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具（eihealth-toolkit）配套 EIHealth 平台，提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用，支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。

操作记录 在操作记录页签，您可以按照“操作类型”、“资源类型”、“操作用户”、“项目名称”和“状态”对消息进行筛查。 例如，删除数据时，消息中心会显示数据所属的项目、资源的类型、删除操作的状态、操作人等信息。消息中心中呈现的内容请参见表 消息类型、表 执行状态说明。 图6 操作记录 表2 操作类型 操作类型 说明 PROJECT_DELETE 项目删除。某个项目开始删除、删除失败、删除成功时给予消息提示。 DELETE_DATA 数据删除。删除数据时给予消息提示，删除结果给予消息提示。 CLONE_DATA 数据拷贝。数据拷贝时给予消息提示，拷贝结果给予消息提示。 IMPORT_DATA 数据导入。数据导入时给予消息提示，导入结果给予消息提示。 ARCHIVE_DATA 归档数据。归档数据时给予消息提示，归档结果给予消息提示。 RESTORE_DATA 恢复数据。恢复数据时给予消息提示，恢复结果给予消息提示。 ARCHIVE_DATA_DELETE 删除归档数据。删除归档数据时给予消息提示，删除结果给予消息提示。 IMPORT_NETWORK_DATA 导入网络数据。导入网络数据时给予消息提示，导入结果给予消息提示。 SUBSCRIBE_DATA 订阅数据。订阅数据时给予消息提示，订阅结果给予消息提示。 DATABASE_IMPORT 导入数据库。导入数据时给予消息提示，导入结果给予消息提示。 JOB_STATUS 作业状态。作业的状态发生跳变时给予消息提示。 MESSAGE_CLEAN 消息清理。消息中心的消息总和超过设置值时，进行消息清理。 表3 执行状态说明 执行状态 说明 SUCCEED 执行成功。 FAILED 执行失败。 PRO CES SING 数据删除、导入等操作正在处理中。 START 项目删除操作开始执行。 RUNNING 分析作业运行中。 PENDING 分析作业等待处理中。 CANCELLED 取消作业。 对于“JOB_STATUS”类型的消息，可单击图标，跳转至对应的分析作业详情页面。您可以在该页面查看详细的运行信息。 消息通知 按照用户权限进行划分，只可以查看有权限访问的项目中的消息通知。

设置项目存储容量 平台支持项目管理员以上角色，配置项目的最大存储量。 单击项目名称，在项目页面选择“设置”。 在项目详情页面，单击“已用存储量”后面的。 图6 设置存储容量 开启容量限制开关后，设置最大存储量。 图7 容量限制 设置成功后，单击“确定”。 项目存储量15分钟刷新一次，如果设置了项目最大存储量，项目数据达到最大存储量后，数据上传、复制、导入、执行的作业、notebook的使用会失败。

添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户，才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 存在一个创建好的项目。 操作步骤 添加项目成员有两种不同的方法，请任选其中一种方法操作。 方法一 单击项目名称，进入项目“设置”页。 单击“添加”，添加成员。 图1 添加成员 输入已添加至平台的用户的全称。 图2 输入用户名全称 单击“添加”，设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图3 设置成员角色 单击“确认”，将用户添加至项目中。 方法二 在项目列表中，单击“操作”列“分享”。 图4 分享项目 输入已添加至平台的用户的全称。 图5 输入用户名全称 单击“添加”，设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图6 设置成员角色 单击“确认”，将用户添加至项目中。

查看项目详情 项目详情提供了项目中数据大小、成员、创建时间等信息，您可以通过以下两种方式查看项目信息。 查看项目概览 单击项目名称左侧图标，或双击项目行中的空白处，展开项目概览页面。您可以在该页面查看项目的描述、标签、创建时间、更新时间、是否核心项目、数据大小和成员信息。 图3 项目概览 查看项目详细信息 单击项目名称，进入项目“设置”页面。您可以在该页面，查看项目的数据存储量、作业总量、流程数量和应用数量，修改项目是否核心项目。 同时，可以查看项目的基本信息、数据控制信息和成员信息。 图4 项目详细信息

项目状态 可用：项目当前状态正常。项目创建完成后进入“可用”状态，可用状态的项目允许被冻结、删除、转移和分享，执行此类操作需要该项目的成员拥有相关权限。 冻结：项目当前不可用。处于“冻结”状态的项目，用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况。冻结的项目可以通过解冻操作重新激活。 删除中：项目删除中。需先冻结项目，才能执行删除操作。删除的核心项目，将进入“待删除项目”列表中。待删除项目会保留7天，6天内您可以将项目恢复成可用状态，最后一天不支持恢复。7天后，项目将自动删除，删除后不可恢复。非核心项目支持立即删除。 图5 项目状态

操作步骤 登录华为云管理控制台，鼠标指向页面右上角的用户名，在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口 在“我的凭证”页面中选择“访问密钥”页签。单击“新增访问密钥”，按操作指引获取认证账号的AK/SK，请妥善保管AK/SK信息。 图2 访问密钥 每个用户仅允许新增两个访问密钥。 为保证访问密钥的安全，访问密钥仅在初次生成时自动下载，后续不可再次通过管理控制台页面获取。请在生成后妥善保管。

流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 分析流程通过流程设计器创建，创建好的流程将存储于项目中。同时，您也可以通过“导入流程”的方法，将隶属于其他项目的流程导入至自己的项目中。 创建好的流程显示在流程列表中，您可以基于这些流程创建分析作业。 详细的流程创建和运行请参见新建流程。

镜像 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境，里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。EIHealth平台使用 容器镜像服务 （Software Repository for Container，简称SWR）进行简单易用、安全可靠的镜像管理。

应用 EIHealth平台的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装，应用可以独立使用，也可以将多个应用编排入流程串联使用。 您可以在项目的应用列表中，查看隶属于该项目的应用，也可以通过搜索应用名称快速查找所需应用。应用列表展示了应用的名称、版本、创建者、修改时间、创建时间和可执行的操作。 详细的应用创建和使用请参见工具管理。 创建应用 应用是生物信息学软件的镜像封装，您可以制作软件镜像并上传至平台，并通过“新建应用”引入相关软件。 导入应用 应用按项目进行划分，隶属于不同项目的应用，可以通过“导入应用”的方法，导入至自己的项目中使用。

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限， 获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 smiles 是 String 分子SMILES表达式。 最小长度：1 最大长度：512 params 是 SynthesisParamDto object 分子合成路径规划参数列表。 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 labels 否 Array of strings 标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 表5 SynthesisParamDto 参数 是否必选 参数类型 描述 top_n 是 Integer 期望最大返回条目数（排序后取TopN）。 最小值：1 最大值：50 max_search_depth 是 Integer 预测路径的最大深度。 最小值：3 最大值：12 time_limit 是 Integer 搜索最大时间，单位:分钟。 最小值：5 最大值：60 max_prediction_per_product 是 Integer 每个产物的最大反应数量。 最小值：2 最大值：20

请求示例 创建分子合成路径规划作业，作业名称为demo-job。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/synthesis { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "smiles" : "c1ccccc1", "params" : { "top_n" : 50, "max_search_depth" : 5, "time_limit" : 30, "max_prediction_per_product" : 20 } }

响应示例 状态码： 201 CREATED 创建分子合成路径规划作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建分子合成路径规划作业成功，当前运行作业数已达配额限制，此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/synthesis 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128

响应示例 状态码： 201 CREATED 创建自由能微扰作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建自由能微扰作业成功，当前运行作业数已达配额限制，此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }

请求示例 创建自由能微扰作业，作业名称为demo-job，受体文件为project:/dir/file，配体分别为GLY:A:514和UNK1，路径图的中心配体为GLY:A:514，配体对分别为GLY:A:514和DrugBank:UNK1，预平衡步数为5000，平衡步数为50000，时间步长为0.002，lambda的个数为20。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/fep { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "ligands" : [ { "name" : "GLY:A:514", "smiles" : "C1CCCCC1", "index" : 0, "file" : { "source" : "RAW", "format" : "PDB", "data" : "MODEL1.xxxxxxx.END" } }, { "name" : "UNK1", "smiles" : "c1ccccc1", "index" : 0, "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" } } ], "graph" : { "center_id" : "GLY:A:514", "pairs" : [ { "ligand_ids" : [ "GLY:A:514", "DrugBank:UNK1" ] } ] }, "params" : { "num_pre_equilibrium_steps" : 50000, "num_equilibrium_steps" : 500000, "timestep_size" : 0.002, "num_lambda" : 20 } }

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 receptor 是 ReceptorDrugFile object 受体文件。 ligands 是 Array of LigandPreviewDto objects 配体列表。 数组长度：2 - 101 graph 是 FepGraphDto object 路径图。 params 是 FepParamDto object FEP设置参数。 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 labels 否 Array of strings 标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 表5 ReceptorDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如R CS B在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表6 LigandPreviewDto 参数 是否必选 参数类型 描述 index 是 Integer 配体索引（从0起编号）。 最小值：0 最大值：99 file 是 DrugFile object 配体文件。 name 是 String 配体名称，若无名称则自动命名，格式为UNK+索引（从1起编号）。 最小长度：1 最大长度：32 smiles 是 String 分子SMILES表达式。 最小长度：1 最大长度：512 表7 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表8 FepGraphDto 参数 是否必选 参数类型 描述 center_id 是 String 中心配体名称。 最小长度：1 最大长度：32 pairs 是 Array of SimilarityDto objects 配体对列表。 数组长度：1 - 100 表9 SimilarityDto 参数 是否必选 参数类型 描述 ligand_ids 是 Array of strings 配体对。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：2 - 2 表10 FepParamDto 参数 是否必选 参数类型 描述 pre_equilibrium_time 否 Float 预平衡时长，单位ps，范围为0-200，不包含0，默认为100ps。 最小值：0 最大值：200.0 equilibrium_time 否 Float 平衡时长，单位ns，范围为0-10，不包含0，默认为1ns。 最小值：0 最大值：10.0 num_pre_equilibrium_steps 否 Integer 预平衡步数，默认为50000。 最小值：1 最大值：200000 num_equilibrium_steps 否 Integer 平衡步数，默认为500000。 最小值：1 最大值：10000000 timestep_size 否 Float 时间步长，单位ps，取值范围：大于0，小于等于0.005。 最小值：0.001 最大值：0.005 缺省值：0.002 num_lambda 否 Integer lambda个数。 最小值：2 最大值：30 缺省值：20

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/fep 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128 job_id 是 String 作业id。 最小长度：1 最大长度：128

响应示例 状态码： 200 OK { "basic_info" : { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "POCKE_MOL_DESIGN", "start_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "failed_message" : "null", "user_name" : "demo-user-name", "output_dir" : "job-analysis/job-name", "expect_charge_num" : 1, "real_charge_num" : 1 }, "receptor" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" } }, "ligands" : [ { "source" : "PRIVATE" }, { "url" : "project:/dir/file" } ], "cluster_result" : { "method" : "hiq_mc", "output_dir" : "project://bucket/path/to/task/dir/", "status" : "finished", "failed_reasons" : [ { "reason" : "failed reason" }, { "count" : 1 } ] } }

请求示例 创建靶点口袋发现作业，作业名称为demo-job， 受体文件为project:/dir/file，时间步长为0.001ps，最小化步数为20000，预平衡时间为100ps，口袋发现时长为50ns，表面原子离散点数量为30，探针半径1.4A。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-detection { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "ligand" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "params" : { "timestep_size" : 0.001, "num_minimization_steps" : 20000, "pre_equilibrium_time" : 100, "pocket_detection_time" : 50, "num_surface_points" : 30, "probe_radius" : 1.4 } }

响应示例 状态码： 201 CREATED 创建靶点口袋发现作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建靶点口袋发现作业成功，当前运行作业数已达配额限制，此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-detection 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 作业基本信息。 receptor 是 ReceptorDrugFile object 受体文件。 ligand 是 ProbeDrugFile object 探针文件。 params 否 PocketDetectionParamDto object 靶点口袋发现设置参数。 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 labels 否 Array of strings 标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 表5 ReceptorDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表6 ProbeDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表7 PocketDetectionParamDto 参数 是否必选 参数类型 描述 timestep_size 否 Double 时间步长，单位ps。 最小值：0.001 最大值：0.002 缺省值：0.002 num_minimization_steps 否 Integer 最小化步数。 最小值：5000 最大值：50000 缺省值：20000 pre_equilibrium_time 否 Integer 预平衡时长，单位ps。 最小值：20 最大值：200 缺省值：100 pocket_detection_time 否 Integer 口袋发现时长，单位ns。 最小值：20 最大值：50 缺省值：50 num_surface_points 否 Integer 表面原子离散点数量。 最小值：10 最大值：50 缺省值：20 probe_radius 否 Double 探针半径，单位A。 最小值：1.4 最大值：5 缺省值：1.4

响应示例 状态码： 200 OK { "jobs" : [ { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "description" : "description", "priority" : 0, "timeout" : 1440, "output_dir" : "/job", "status" : "SUCCEEDED", "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "user_name" : "gwj-test-01", "tool_info" : { "tool_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "tool_name" : "demo-workflow", "tool_version" : "1.0.0", "tool_type" : "workflow" }, "still_running_tasks" : [ "task1", "task2" ] } ], "count" : 1 }

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID，您可以在平台单击所需的项目名称，进入项目设置页面查看。 最小长度：1 最大长度：128 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 表2 Query参数 参数 是否必选 参数类型 描述 end_time 否 Long 最大开始时间 job_name 否 String 作业名称 取值范围：长度为[1,63]，以小写字母开头，允许出现中划线(-)、小写字母和数字，且必须以小写字母或数字结尾。 最小长度：1 最大长度：128 labels 否 Array 标签列表 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 limit 否 Integer 限制量，单次查询总量，必须由数字组成，默认为100，取值范围[1,1000] 最小值：1 最大值：1000 缺省值：100 offset 否 Integer 偏移量，查询起始偏移，必须由数字组成，默认为0，取值范围[0,100000000] 最小值：0 最大值：100000000 缺省值：0 sort_dir 否 String 排序规则 目前默认时间降序 缺省值：DESC sort_key 否 String 排序规则 目前默认时间降序，支持根据status start_time 否 Long 最小开始时间 status 否 String 作业运行状态 取值（Succeeded|Running|Pending|Failed|Cancelling|Cancelled|Unknown） tool_name 否 String 作业依赖的组件名称(有可能是Workflow，有可能是app), 取值范围：长度为[1,56]，以小写字母开头，允许出现中划线(-)、小写字母和数字，且必须以小写字母或数字结尾。 最小长度：1 最大长度：128 user_name 否 String 作业创建者 最小长度：1 最大长度：128 finish_start_time 否 Long 最小结束时间 finish_end_time 否 Long 最大结束时间

响应参数 状态码： 200 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 jobs Array of JobListDto objects 作业列表 count Integer 作业总数 表5 JobListDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id name String 作业的名称，取值范围：[1,63]，允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-) description String 作业的描述,取值范围：输入字符最大长度为255 labels Array of strings 作业标签 priority Integer 作业优先级，[0,9]，0表示最低，默认0 timeout Integer 作业执行超时时长，取值范围: [1, 144000]，单位：分钟，默认数值1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir String job结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则已指定路径为准 status String 作业状态 create_time String 作业创建时间 finish_time String 作业结束时间 failed_message String 失败提示，当作业执行失败时会返回 failed_reason String 失败原因，当作业执行失败时会返回 user_name String 创建任务的用户名称 tool_info ToolInfoDto object 作业依赖的组件信息 io_acc_id String 作业使用的IO加速实例id，不填表示不使用； io_acc_expected_usage Integer 作业使用的SFS-Turbo实例预期占用存储量，单位G，用于投递作业时评估当前加速实例余量是否充足 still_running_tasks Array of strings 仍在运行中的子任务 表6 ToolInfoDto 参数 参数类型 描述 tool_id String 作业依赖的组件id tool_name String 作业依赖的组件名称 tool_version String 作业依赖的组件版本 tool_type String 作业依赖的组件类型，取值范围app|workflow

请求示例 创建分子优化作业，作业名称为demo-job，分子SMILES表达式为string，靶点设置的受体文件为project:/test.pdb，口袋中心位置为[0,0,0]，口袋尺寸大小为[500,500,500]，设置弱约束为eye_corrosion，类型为布尔值，值为true，设置强约束为sascore，类型为range，值为[0,1]。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/optimization { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "smiles" : "string", "num_trials" : 500, "binding_sites" : [{ "name" : "target1", "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/test.pdb" }, "bounding_box" : { "center" : [ 0, 0, 0 ], "size" : [ 500, 500, 500 ] }, "remove_ion" : false, "remove_water" : false, "remove_ligand" : false }], "weak_constraints" : [ { "name" : "eye_corrosion", "type" : "bool", "bool" : true } ], "strong_constraints" : [ { "name" : "sascore", "type" : "range", "range" : [ 0, 1 ] } ] }

请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 smiles 否 String 分子SMILES表达式。 最小长度：1 最大长度：512 molecule_file 否 DrugFile object 分子文件。 binding_site 否 BindSiteDto object 受体。 binding_sites 否 Array of BindSiteDto objects 受体列表和受体是二选一的关系，受体列表优先级最高。 数组长度：0 - 2 weak_constraints 否 Array of WeakConstraintDto objects 弱约束集合。 数组长度：0 - 10 strong_constraints 否 Array of StrongConstraintDto objects 强约束集合。 数组长度：0 - 5 sampler_mixin_weight 否 Float 初始化采样权重，参数范围(0.5, 1)，不包含0.5和1，默认为0.6。 最小值：0.5 最大值：1 缺省值：0.6 base_model_id 否 String 基模型id。 缺省值：pangu-drug-model 最小长度：0 最大长度：128 model_ids 否 Array of strings 模型id列表。 最小长度：1 最大长度：128 数组长度：0 - 10 num_trials 否 Integer 生成分子数量。 最小值：0 最大值：5000 缺省值：5000 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 labels 否 Array of strings 标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 表5 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表6 BindSiteDto 参数 是否必选 参数类型 描述 name 否 String 靶点名称，只能设置为target1或者target2。 最小长度：1 最大长度：128 receptor 是 ReceptorDrugFile object 受体文件。 bounding_box 否 BoundingBoxDto object 结合口袋，包含口袋中心位置和尺寸大小。 remove_ion 否 Boolean 去除受体中的离子。 缺省值：true remove_water 否 Boolean 去除受体中的水分子。 缺省值：true remove_ligand 否 Boolean 去除受体中的配体分子。 缺省值：true add_hydrogen 否 Boolean 增加氢原子。 缺省值：false 表7 ReceptorDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000 表8 BoundingBoxDto 参数 是否必选 参数类型 描述 center 是 Array of doubles 口袋中心坐标； x, y, z轴的坐标。 最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size 是 Array of floats 口袋尺寸大小； x, y, z轴的大小。 最小值：2 最大值：500 数组长度：3 - 3 padding 否 Float 填充。 最小值：0 最大值：20 表9 WeakConstraintDto 参数 是否必选 参数类型 描述 id 否 String 自定义模型id，仅弱约束为模型时填写。 最小长度：1 最大长度：128 name 否 String 属性名称。 最小长度：1 最大长度：128 type 是 String 属性约束类型。 枚举值： bool range struct minimize maximize interaction bool 否 Boolean 属性约束类型bool的参数。 range 否 Array of floats 属性约束类型range的参数。 最小值：-9999 最大值：9999 数组长度：2 - 2 struct 否 StructureConstraintParamsDto object 结构约束参数。 quantiles 否 Array of floats 属性约束类型minimize和maximize的参数。 最小值：0.0 最大值：1.0 数组长度：2 - 2 interaction 否 InteractionConstraintDto object 相互作用力约束参数。 表10 StrongConstraintDto 参数 是否必选 参数类型 描述 id 否 String 自定义模型id，仅强约束为模型时填写。 最小长度：1 最大长度：128 name 否 String 属性名称。 最小长度：1 最大长度：128 type 是 String 属性约束类型。 枚举值： bool range struct interaction bool 否 Boolean 属性约束类型bool的参数。 range 否 Array of floats 属性约束类型range的参数。 最小值：-9999 最大值：9999 数组长度：2 - 2 struct 否 StructureConstraintParamsDto object 结构约束参数。 interaction 否 InteractionConstraintDto object 相互作用力约束参数。 表11 StructureConstraintParamsDto 参数 是否必选 参数类型 描述 structs 是 Array of strings 子结构SMILES。 最小长度：1 最大长度：120 数组长度：1 - 8 exclusive 是 Boolean 是否排除子结构。 operator 否 String 多个子结构之间的逻辑关系。 枚举值： or and 表12 InteractionConstraintDto 参数 是否必选 参数类型 描述 interactions 是 Array of Interaction objects 相互作用力列表。 数组长度：1 - 8 exclusive 是 Boolean 是否排除指定的约束作用力。 operator 否 String 多个作用力之间的逻辑关系。 枚举值： or and 表13 Interaction 参数 是否必选 参数类型 描述 binding_site 是 String 靶点，只支持target1或target2。 最小长度：1 最大长度：128 type 是 String 相互作用力类型：氢键、疏水作用、盐桥、π-π堆积、π-阳离子。 枚举值： hydrogen_bond hydrophobic_action salt_bridge pi_stacking pi_cation amino_acid 是 String 氨基酸。 最小长度：4 最大长度：16

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/optimization 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128