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在使用Nextflow时，作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性，因此请排查参数值，或者选择的数据名称，或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题： Nextflow
应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时，需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如，设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时，首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照Fa
目录，指定则以指定路径为准;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\ : ; * ? < " > | 。其中单个文件夹名称不能以中划线（-）开头，不能以英文句号（.）或斜杠（/）或空格开头或结尾 最小长度：0 最大长度：128
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件，启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
启动notebook 使用start命令启动notebook。 命令结构 health start notebook <notebook-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 --project
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件，启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是
启动自动作业 功能介绍 启动自动作业 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs/{auto_job_id}/start 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
描述 type String 任务启动事件类型 count Integer 任务启动事件发生次数 reason String 任务启动事件状态 message String 任务启动事件详细信息 first_timestamp String 任务启动事件首次上报时间 last_timestamp
启动自动扩容策略 功能介绍 启动自动扩容策略 URI POST /v1/{project_id}/system/autoscaler/scale-out-policies/{id}/start 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
作业执行失败排查思路 启动作业后作业一直处于已提交的状态 问题现象 作业投递后一直处于已提交的状态。 问题排查和解决方案 查看execution log， 若execution log为空，请提交工单或联系服务技术支持。 execution log 提示K8S pod can‘t
场景1 作业投递后处于运行中，运行过程正常，但是最后超时失败。 排查思路 判断是否是作业超时。 单击“状态”右侧的失败图标，查看失败原因，若为Graph timeOut for executin xxx，则可以确认为作业超时失败。 解决方法 根据实际业务需要，在“创建作业”阶段，设
启动计算资源 功能介绍 启动计算资源 URI POST /v1/{project_id}/system/computing-resources/{id}/start 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。
OBS桶中数据用于本地盘加速，可能会导致作业运行失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时，当数据大于40G时作业会投递失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时，作业将数据copy至云硬盘后，数据变大了4096byte，导致作业投递失败。 图4 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
目录，指定则已指定路径为准，输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\ : ; * ? < " > | 。其中单个文件夹名称不能以中划线（-）开头，不能以英文句号（.）或斜杠（/）或空格开头或结尾 workflow_id:
种方式进行批量执行： 方式一：对于输入参数，打开“并发”开关，在启动作业时，每个参数可以设置多个参数值，自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。 例如，存在输入参数a和输入参数b，在启动作业时，分别给参数a设置了2个参数值，给参数b设置了2个参数值。那么，系统将自动生成4个作业并发执行。
图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。 填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量，并以大括号扩起，以$符号进行引用。 镜像启动命令支持多行输入，每行最多256字符，最多支持300行。 例如，bamqc软件输入参数填写
作业状态 运行中：作业创建成功，执行中。可单击作业名称，进入详情页查看运行详情。“运行中”的作业允许取消、克隆。 失败：作业运行失败。可单击作业名称，进入详情页查看运行失败原因。失败的作业允许重试、删除、克隆。 成功：作业运行成功。可单击作业名称，进入详情页查看运行详情。成功的作业允许删除、克隆。
--summary -s 否 应用的简要描述。 --description -d 否 应用的详细描述。 --commands -c 否 镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例。 --image -i 否 镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址。 --labels -l 否
描述 type String 任务启动事件类型 count Integer 任务启动事件发生次数 reason String 任务启动事件状态 message String 任务启动事件详细信息 first_timestamp String 任务启动事件首次上报时间 last_timestamp
有的权限请参见成员角色和权限。 冻结：冻结项目。一个项目可能由于某些原因暂时中止，此时可以将项目暂时冻结，待下次重新启动时再激活。处于“冻结”状态的项目，用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况，当前正在运行的分析作业会继续执行直到完成。冻结的项目可以通过“解冻”操作重新激活。
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