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log提示其它因脚本语法的问题,请根据报错信息进行修改,若无法解决请提交工单或联系服务技术支持。 作业状态已为完成态,task仍在运行中 问题现象 作业的状态已为完成态(失败、成功、取消),但是仍有部分task处于运行中。 解决方案 无需特殊处理,以作业状态为准,查看异常的task日志。
直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错 问题现象 运行作业时,作业直接挂载OBS目录进行大规模计算。偶现“异常应用”,并日志报错input/output error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。
分隔;导入数据到数据库时不支持多个实例id。 --project -p 否 源项目名称,使用此参数时代表引用数据库实例。 --skip-lines -s 否 跳过的header行数,导入数据到数据库时此参数必填。 --delimiter -e 否 分隔符(;,\t),导入数据到数据库时此参数必填。
vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。 您可以导入本项目或使用其他项目中的数据生成数据库。 选择好文件后,通过设
动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Viewer打开,会出现蛋白显示不完整的情况,如下图所示。 此时可将受体文件中的REMARK行进行删除,即可解决该问题。 父主题: 盘古辅助药物
在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
取消:一个数据作业中,单个数据操作执行过程为原子性操作,即要么不执行,要么需要执行过程不能中断。在执行完成后,“取消”操作才能生效。 删除:运行中的任务不支持删除,只可删除运行结束的数据。 重试:可对执行失败的任务从失败位置进行重试。 图1 数据作业 复制数据 在“数据”页面,使用“复制”,将
取消:一个数据作业中,单个数据操作执行过程为原子性操作,即要么不执行,要么需要执行过程不能中断。在执行完成后,“取消”操作才能生效。 删除:运行中的任务不支持删除,只可删除运行结束的数据。 重试:可对执行失败的任务从失败位置进行重试。 复制数据 在“数据中心”页面,使用“复制”,将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。
使用rmi命令删除当前项目中指定镜像标签。 对于本项目的私有镜像tag会做彻底删除,即删除数据库记录及远程仓库中的镜像tag。 对于其他项目的导入镜像tag或者资产市场订阅的镜像tag仅删除导入或者订阅关系,即只删除数据库记录。 命令结构 health docker rmi <project-name/image-name:tag-name>
object 区间上下限,仅回归型存在。 description String 模型描述信息。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 losses Array of floats 模型训练loss信息。 metrics Array of ModelMetric
和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“导入数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。 数据总条数<=10000,页面上可以指定跳转具体页码。 数据总条数>
文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id 否 String 模型文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。 最小长度:1 最大长度:128 响应参数 状态码: 201 表5 响应Body参数 参数 参数类型
IMPORT_NETWORK_DATA 导入网络数据。导入网络数据时给予消息提示,导入结果给予消息提示。 SUBSCRIBE_DATA 订阅数据。订阅数据时给予消息提示,订阅结果给予消息提示。 DATABASE_IMPORT 导入数据库。导入数据时给予消息提示,导入结果给予消息提示。 JOB_STATUS
作业状态 运行中:作业创建成功,执行中。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。“运行中”的作业允许取消、克隆。 失败:作业运行失败。可单击作业名称,进入详情页查看运行失败原因。失败的作业允许重试、删除、克隆。 成功:作业运行成功。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。成功的作业允许删除、克隆。
的数据。引用的数据不能在该项目中进行更改。只能用来运行作业,导入数据到数据库等操作。 图3 引用数据 URL导入数据 以URL导入的方式添加数据类似于linux中的wget操作。单击“添加URL”按钮可以添加具体的链接,最多可添加10条链接。 图4 URL导入数据
单个文件夹名称不能包含以下字符: \ / : ; * ? < " > |。 文件夹的绝对路径总长度不能超过1023字符。 文件夹名称不能以英文句号(.)或斜杠(/)开头或结尾。 不能包含两个以上相邻的斜杠(/)。 文件夹名称不能以中划线(-)开头。 多层文件夹不能超过45层。 数
单个文件夹名称不能包含以下字符: \ / : ; * ? < " > |。 文件夹的绝对路径总长度不能超过1023字符。 文件夹名称不能以英文句号(.)或斜杠(/)开头或结尾。 不能包含两个以上相邻的斜杠(/)。 文件夹名称不能以中划线(-)开头。 多层文件夹不能超过45层。 数
每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件,如果文件被删或者获取不到的话会有警告, 聚类结果不存在。此时可以单击“重新聚类分析”。 如果聚类失败,根据提示失败原因解决问题后,可单击“重新聚类分析”。 相关参数 分子属性预测的具体参数请参考相关参数。 父主题: 苗头化合物发现
应用是生物信息学软件的镜像封装,您可以制作软件镜像并上传至平台,并通过“新建应用”引入相关软件。 导入应用 应用按项目进行划分,隶属于不同项目的应用,可以通过“导入应用”的方法,导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。
在配置页面,选择靶点文件、探针文件,配置相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件。 探针文件:探针分子建议原子数不超过400,分子量过大可以通过增大探针半径降低失败率,但无法保证一定成功。支持SDF、MOL2、PDB格式文件。若文件中含有多个配体,默认只处理第一个。 时间步长: 默认值为0.002ps,输入范围:0