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在开始进行模型开发前,您需要创建Notebook,并打开Notebook进行编码。 在“项目管理 > 开发”页面,单击“创建Notebook”,参考表 参数说明填写信息。 图1 创建Notebook 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名称。名称长度1-63,仅支持小写字母、数字、中划
evs_resource_id String 额外盘资源ID name String 实例名称 spec ComputingSpecDto object 规格信息 system_disk DiskDto object 系统盘 data_disks Array of DiskDto objects 数据盘
Report 测序比对数据的质量控制报告,以HTML文件的形式展示。 输出 VCF 样本的突变信息,包含有SNP和INDEL信息,以VCF的格式存储。 输出 VCF Report 样本突变信息的质量控制报告,以HTML文件的形式展示。 表2 参数说明 应用名称 参数 名称 类型 说明
响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 status String 异步任务的状态:等待中、运行中、已完成、失败 枚举值: waiting running finished failed task_data CpiTaskData object CPI任务的请求体
文件中通过recordMaxLogSize和recordBackups分别配置。 当涉及多文件/文件夹时,如需确认失败任务的具体错误信息,可参考结果清单文件夹下的失败结果清单文件“cp_failed_report_时间_TaskId.txt”及日志路径下的日志文件。 --e -P
查询应用 使用get命令查询应用的详细信息,该命令同时可用于获取应用模板。 命令结构 health get app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有应用信息。 指定app-id或app-name:
任务目标goal_description,提供自然语言表述的生信任务目的 # 相关信息meta,可以提供额外信息给模型辅助完成任务,相关参数:GenomeAgent(use_meta=True)即可纳入meta信息给模型, 默认为False,不采用meta信息。 config_data = { # 必须,描述数据路径和数据含义
finish_time String 作业结束时间。 start_time String 作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num
Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签,单击“新建研究”。 图1 新建研究 填写任务的基本信息,包括选择任务所属项目,研究的名称和描述。 图2 基本信息 选择配体分子和受体蛋白。 作业名称:自定义名称 。 类型:选择小分子化合物。 流程:选择从资产市场中订阅的“Docking
、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 - labelA - labelB image: 'gwj-test-01/busybox:latest' # docker镜像地址,取值范围[5-255],不能包含中文字符 commands:
在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 方法1:使用账号、密码初始化 执行以下命令,进行初始化,命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。
destination_app_name String 目标应用名称 version String 应用版本 message String 导入结果信息,仅在导入失败时会返回 status String 导入结果状态 请求示例 导入流程,流程的名称为demo-workflow,版本为1.0.0。 https://eihealth
文件中通过recordMaxLogSize和recordBackups分别配置。 当涉及多文件/文件夹时,如需确认失败任务的具体错误信息,可参考结果清单文件夹下的失败结果清单文件“mv_failed_report_时间_TaskId.txt”及日志路径下的日志文件。 --e -P
在“功能模块”页面,选择对应的模块,单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面,配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建 新建作业 单击“新建”,在新建作业页面选择对应的模块。 图1 新建作业 单击“确定”,在对应的模块页面配置详细信息,具体请参考功能模块。 克隆作业 克隆已有的作业,作业的参数及流程一并克隆到新作业中。
口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 无 请求示例 删除邮箱配置信息 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/messages/email-serve
Integer 数据作业总数 type String 数据作业类型 failed_reason String 数据作业失败原因 additions String 附加信息 请求示例 获取数据作业列表 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.
以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏,并找到两个分子之间最佳的结合模式。由于分子对接考虑了受体结构的信息以及受体和药物分子之间的相互作用信息,因此从原理上讲,它比仅仅从配体结构出发的药物设计方法更加具有合理性。 Docking Summary流程由ligand
language 是 String 语言,只支持en_us和zh_cn 枚举值: en_us zh_cn 响应参数 无 请求示例 更新邮箱配置信息 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/messag
是否包含已被忽略的失败tasks create_time String 作业创建时间 finish_time String 作业结束时间 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回 failed_reason String 失败原因,当作业执行失败时会返回
响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 status String 异步任务的状态:等待中、运行中、已完成、失败 枚举值: waiting running finished failed task_data SynthesisTaskData object