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name String 规格名称 cpu Integer 核数 ram Integer 内存 max_connections Integer 最大连接数 disk_space Integer 存储空间 sold_out Boolean 是否售罄 请求示例 获取数据库资源规格列表 https://eihealth
下载命令行工具 使用win键+R,输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本
如果购买资源到期或者账号欠费,会根据“客户等级”和“订购方式”定义不同的保留期时长,保留期内您将不能进行资源访问,保留期内资源处理和费用详见“保留期”。保留期满仍未续订或充值,数据将被删除且无法恢复。 当平台处于冻结状态,且资源不再使用,您可以进入EIHealth控制台,在操作列的“更多”中手动删除或释放平台。
output_dir: # 流程的当前工作目录,默认为根目录,用户可显示指定,必须以/开头,结尾不能有/。 tasks: # 流程中子任务的描述信息,子任务数量取值范围:[1
镜像管理简介 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台
购买服务 前提条件 注册华为账号并开通华为云,并进行账号实名认证。购买服务时,账号不能处于欠费或冻结状态。 购买服务时,需使用华为主账号购买。如果不确定账号类型,可登录账号中心查看所属账号是主账号还是子账号(IAM账号)。 在账号中心左侧导航栏中有“我的主账号”页签,则说明是子账
购买服务 前提条件 注册华为账号并开通华为云,并进行账号实名认证。购买服务时,账号不能处于欠费或冻结状态。 购买服务时,需使用华为主账号购买。如果不确定账号类型,可登录账号中心查看所属账号是主账号还是子账号(IAM账号)。 在账号中心左侧导航栏中有“我的主账号”页签,则说明是子账
中的资产进行管理,同时不同项目间的资产可以通过“引用”进行分享和协作。 查看项目详情 项目状态 在“项目管理”页面,您可以查看项目的数量和总存储量。 图1 项目管理 在“项目列表”中,展示了当前用户有权限访问的项目,以及项目大小、项目成员角色、所有者、状态、是否核心项目、创建时间、更新时间和可执行的操作。
OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,当数据大于40G时作业会投递失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,作业将数据copy至云硬盘后,数据变大了4096byte,导致作业投递失败。 图4 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
如果超过20分钟,系统将直接缩容,不受缩容策略影响。 存储资源 在“存储资源>总览”页面,显示存储资源的“序号”、“名称”、“规格”、“订购时间”、“使用量”。 如果存储资源被冻结,则不能使用医疗智能体(EIHealth)平台。 图10 存储资源 购买性能加速 对于涉及频繁读写场
gatk-mergevcfs、discvrseq-variantqc连线关系 搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮,保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件,如果文件被删或者获取不到的话会有警告, 聚类结果不存在。此时可以单击“重新聚类分析”。 如果聚类失败,根据提示失败原因解决问题后,可单击“重新聚类分析” 相关参数 靶点口袋分子设计的具体参数请参考相关参数。 父主题: 先导化合物优化
Calling,输出变异检测结果。 基因组变异检测质控 通过VariantQC对vcf进行质量控制,输出变异数目,变异类型统计等指标。 流程优势 使用Unix管道技术连接比对和排序步骤,以缩短bwa和samtools的存放、读取、删除中间文件的时间。 流程针对GATK4中的限速步骤,进行了系统的优化加速。流
管理流程 流程创建成功后,您可以对流程进行编辑,删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程,单击操作列的“编辑”,进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改,您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页面
在“标签管理”页面,单击“添加”。 在“添加标签”弹窗中,输入标签名称、标签描述。 标签名称长度为1~32,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 图1 添加标签 单击“确定”,标签添加完成。系统最多可添加100个标签。 删除标签 标签删除后不可恢复,请谨慎操作。
受体预处理 功能介绍 受体预处理,用于前端显示预处理后的受体。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/preprocess 表1 路径参数 参数
对于“已取消”、“运行失败”的任务,单击图标,允许修改任务参数,再次提交任务。 图5 运行状态 查看执行结果 药物和蛋白结合能通过热点图呈现,并统计出结合能的均值和标准差。单击热点图,可查看详细的3D分子对接结果、结合能排序、药物注释信息。 在图6中,页面最右侧显示结合能的最大值和最小值,以及对应的列名称、行名称。
购买存储套餐包 存储资源支持用户购买套餐包。存储资源包不能退订,不能抵扣已经产生的用量。您可以单击右上角“查询详情”,查看套餐包的具体使用量。 在平台右上角单击用户名,选择“系统资源”>“存储资源”。 在存储资源页面选择“套餐包”,单击“购买存储套餐包”。 图1 购买存储套餐包 填写套餐包的信息。
例如,删除数据时,消息中心会显示数据所属的项目、资源的类型、删除操作的状态、操作人等信息。消息中心中呈现的内容请参见表 消息类型、表 执行状态说明。 图6 操作记录 表2 操作类型 操作类型 说明 PROJECT_DELETE 项目删除。某个项目开始删除、删除失败、删除成功时给予消息提示。
目前分子优化返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。从每个类里挑选出一两个分子进行后续分析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游分析或者优化等。 在输出结果页面左上角单击“聚类分析”后,系统开始进行分析,同时显示“聚类分析中”。