SnpEff如何配置

2020-11-03 14:31:58

SnpEff是一款常用的突变位点注释工具。这款软件基于Java语言开发，安装过程相对简单，下载后解压缩即可使用。

RSEM是什么

2020-11-03 14:22:16

RSEM是用于从RNA-Seq数据分析的软件包。RSEM软件包提供了用户友好的界面，支持用于EM算法，单端和双端读取数据，质量得分，可变长度读取和RSPD估计的并行计算的线程。

randfold是什么

2020-11-03 14:06:59

randfold是一个独立的基因测序相关软件，它从原始序列开始随机显示其核苷酸顺序。它根据改组后的序列计算推断结构的最小自由能（MFE），并多次重复计算以建立最小自由能（MFE）值的分布。

Picard是什么

2020-11-03 11:44:58

一组Java命令行工具，用于处理高通量排序（HTS）数据和格式。

什么是Oases

2020-11-03 11:11:49

Oases是一个转录组组装器，旨在没有任何基因组组装的情况下从短读测序技术生成转录本。

MISO是什么意思

2020-11-03 10:52:07

MISO（同工型混合物）是一种概率框架，可从RNA-Seq数据中定量分析可变剪接基因的表达水平，并鉴定样品中差异调控的同工型或外显子。通过从RNA-Seq中的同工型产生读数的生成过程进行建模，MISO模型使用贝叶斯推断来计算读数源自同工型的可能性。

HTSlib是什么

2020-11-03 10:43:01

HTSlib是一个C库，用于读取和写入高通量测序数据。HTSlib是SAMtools使用的核心库。HTSlib还提供了bgzip，htsfile和tabix实用程序。

什么是Control-FREEC

2020-11-03 10:34:22

Control-FREEC是使用居里研究所（巴黎）生物信息学实验室最初开发的深度测序数据检测拷贝数变化和等位基因失衡（包括LOH）的工具。

Bowtie如何配置

2020-11-03 10:26:57

Bowtie是一个快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。

ballgown是什么

2020-11-03 10:11:48

ballgown是R语言软件包，主要用于统计转录组的统计分析，包括灵活的差异表达分析。

VarScan2如何配置

2020-11-03 10:01:15

VarScan2是独立于平台的突变调用程序，用于在lllumina、SILiD、Life/PGM、Roche/454和类似仪器上生成的靶向，外显子组和全基因组数据重测序。最新版VarScan2使用Java编写，因此它可以在绝大多数平台运行。

STAR-Fusion是什么

2020-11-03 09:55:25

STAR-Fusion是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件。

什么是Delly

2020-11-03 09:51:08

Delly是一种集成的结构变异（SV）预测方法，可以在短期读取的大规模并行测序数据中以单核苷酸分辨率发现基因分型和可视化缺失、串联重复、倒位和易位等缺陷。它使用配对末端，拆分阅读和阅读深度来敏感而准确地描绘整个基因组的重排。

Squid是什么

2020-11-03 09:47:13

Squid cache（简称为Squid）是一个流行的代理服务器和Web缓存服务器，是一个 开源 软件（GNU通用公共 许可证 ）。

JBoss是什么

2020-11-03 09:44:39

JBoss是一套开源的企业级Java中间件系统，用于实现基于SOA的企业应用和服务，基于J2EE的开放源代码的应用服务器。JBoss代码遵循LGPL许可，可以在任何商业应用中免费使用。

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