什么是DEXSeq

2020-11-03 16:00:36

DEXSeq是R语言软件包，主要通过样品之间RNA-seq外显子计数实验设计来发现外显子的差异。

什么是DESeq2

2020-11-03 15:55:57

DESeq2是R语言软件包，旨在用于高维计数数据的标准化可视化和差异分析。

Strelka2是什么

2020-11-03 15:53:01

Strelka2是一种快速，准确的小变异体调用程序，已用于分析小型队列的种系变异和肿瘤/正常样本对的体细胞变异。

如何配置topGO

2020-11-03 15:40:19

topGO是R语言软件包，主要用于统计转录组的统计分析，包括灵活的差异表达分析。

Subread如何安装

2020-11-03 15:37:24

一种通用的read对比软件，它可以对比基因组DNA-seq和RNA-seq的reads，也可以用于发现基因组突变，包括短插入缺失和结构变异。

什么是VCFtools

2020-11-03 15:34:11

VCFtools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现，但都不如这个工具的运算速度快。

SpeedSeq是什么

2020-11-03 14:58:13

SpeedSeq是一个快速基因组分析和注释的灵活框架，发表在Nature Method上，封装了大量基因组分析的软件，比如比对软件BWA，calling SNP软件freebays，SV鉴定软件lumpy等。

SeqTK是什么

2020-11-03 14:41:48

SeqTK是一种快速轻巧的工具，用于处理FASTA或FASTQ格式的序列。它可以无缝解析FASTQ和FASTA文件，也可以选择使用gzip对其进行压缩。

SnpEff如何配置

2020-11-03 14:31:58

SnpEff是一款常用的突变位点注释工具。这款软件基于Java语言开发，安装过程相对简单，下载后解压缩即可使用。

RSEM是什么

2020-11-03 14:22:16

RSEM是用于从RNA-Seq数据分析的软件包。RSEM软件包提供了用户友好的界面，支持用于EM算法，单端和双端读取数据，质量得分，可变长度读取和RSPD估计的并行计算的线程。

randfold是什么

2020-11-03 14:06:59

randfold是一个独立的基因测序相关软件，它从原始序列开始随机显示其核苷酸顺序。它根据改组后的序列计算推断结构的最小自由能（MFE），并多次重复计算以建立最小自由能（MFE）值的分布。

Picard是什么

2020-11-03 11:44:58

一组Java命令行工具，用于处理高通量排序（HTS）数据和格式。

什么是Oases

2020-11-03 11:11:49

Oases是一个转录组组装器，旨在没有任何基因组组装的情况下从短读测序技术生成转录本。

MISO是什么意思

2020-11-03 10:52:07

MISO（同工型混合物）是一种概率框架，可从RNA-Seq数据中定量分析可变剪接基因的表达水平，并鉴定样品中差异调控的同工型或外显子。通过从RNA-Seq中的同工型产生读数的生成过程进行建模，MISO模型使用贝叶斯推断来计算读数源自同工型的可能性。

HTSlib是什么

2020-11-03 10:43:01

HTSlib是一个C库，用于读取和写入高通量测序数据。HTSlib是SAMtools使用的核心库。HTSlib还提供了bgzip，htsfile和tabix实用程序。

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