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引用数据库或者导入数据到指定数据库 使用import命令引用数据库实例到当前所在项目或者导入数据到指定数据库。 命令结构 health import database instance <instance-id> [flags] 或者 health import db instance
分析作业创建后,可以通过“事件”查看容器执行该作业时的动作和状态,单击图标,展开“事件”。 图1 作业详情 如果作业显示运行正常,但实际作业中的某一个应用运行失败,请检查输入数据是否正常,并修改算法程序入口的main函数,保证运行结果有显式的返回值。 故障说明 作业运行时,每个应用称之为一个任务(Task)
install bwa git clone https://github.com/lh3/bwa.git cd bwa;make 请预先安装好Git,并检查本机是否有ssh key设置。 输入exit退出容器。 查询容器id。 docker ps -a 制作快照。 docker commit -m
项目开发者可在项目内执行完整的操作,如Notebook、流程管理等,但无项目分享等权限。 上传者 项目数据上传者,可通过EIHealth平台或命令行工具上传数据。无法执行流程和Notebook等操作。 观看者 项目查看人员仅具备项目查看权限,无项目操作权限。 表2 角色权限 成员角色 所有者
pecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示,请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。 图1 NGS流程镜像 使用命令行工具,使用health switch project <project-name>命令进入待操作的项目。 例如,使用health switch
install bwa git clone https://github.com/lh3/bwa.git cd bwa;make 请预先安装好Git,并检查本机是否有ssh key设置。 输入exit退出容器。 查询容器id。 docker ps -a 制作快照。 docker commit -m
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节,设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面,填写作业信息。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 输出路径:存放输出结果的路径,格
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一