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工具管理 工具管理简介 新建应用 导入应用 上传应用 发布应用 编辑应用 创建FastQC应用样例 新建流程 流程设计器 导入流程 上传流程 发布流程 添加分类标签 下载应用或流程 父主题: 用户指南(基因平台)
将左侧应用列表中的应用,拖拽至画布中。对于由多个应用构成的流程,通过连接线指定输入、输出关系进行链接。 鼠标移动至应用中,会出现一个“空心圆”,拖动“空心圆”,将连接线挪动到目标应用上。 图4 搭建流程 只有当应用的输入、输出参数类型相同时,才可以进行连接。例如,将app1和app2链接起来,app1
最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 password 否 String 新密码,在8-32位之间支持用户自定义密码长度,至少包含以下四种字符中的两种: 大写字母、小写字母、数字和特殊字符。 最小长度:8 最大长度:32 mobile 否
增量同步 使用sync命令让本地源路径下的所有内容和OBS指定目标对象进行数据同步,使两边内容保持一致。 增量:依次比较源文件和目标对象,只上传存在变化的源文件。 同步:命令执行完成后,保证本地源路径是OBS指定目标桶的子集,即本地源路径下的所有文件均能在OBS指定目标桶中找到对应对象。
st-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。 图3 个人设置 图4 平台ID 父主题: 配置命令行工具
发布应用 您可以将创建的应用发布到资产市场,供其他项目订阅和使用。 发布资产前,需要先设置商标。详细可参考商标设置。 在“工具”页面选择“应用”。 选择需要发布的应用,单击“操作”列“更多”>“发布”。 在发布页面,填写发布应用的相关信息。 表1 发布应用参数说明 参数 说明 名称
通用工具 MOL 3D Viewer MOL Editor 父主题: 功能模块
创建流程 功能描述 通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径,可以是zip或nf文件。
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件,启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是
发布流程 您可以将创建的流程发布到资产市场,供其他项目订阅和使用。 发布资产前,需要先设置商标。详细可参考商标设置。 在“工具”页面选择“流程”。 选择需要发布的流程,单击“操作”列“更多”>“发布”。 在发布页面,填写发布流程的相关信息。 表1 发布流程参数说明 参数 说明 名称
创建应用 使用create app命令引用本地的配置文件,创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description
images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 登录EIHealth平台,在镜像列表中查看已上传的镜像。 步骤4:创建应用 登录EIHealth平台,在“项目管理”页面“工具”页签中,单击“新建应用”。 图2 新建应用 填写应用的基本信息。
创建流程 使用create workflow命令引用本地的配置文件,创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。
最大长度:128 user_name 是 String 集群用户账号。 最小长度:4 最大长度:32 user_pwd 是 String 集群用户密码,长度限制为[8,32]。 最小长度:8 最大长度:32 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String
使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地,此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中,受网络影响可能出现损坏,下载命令默认会在下载完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 下载数据操作会产生流量费
lse。 --vlength -v 否 上传完成后,验证桶中对象的大小是否与本地文件大小一致。 --vmd5 -M 否 上传完成后,验证桶中对象的MD5值是否与本地文件的MD5值一致。 如果待上传的本地文件较大,使用该参数将会因为计算MD5而导致整体性能下降。MD5值校验通过后,
配置命令行工具 步骤1:获取认证信息 步骤2:获取命令行工具 步骤3:初始化配置
east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。 图3 平台ID 父主题: 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit
特殊字符只能包含下划线“_”、中划线“-”和空格 最小长度:1 最大长度:64 password 是 String 用户密码,在8-32位之间支持用户自定义密码长度,至少包含以下四种字符中的两种: 大写字母、小写字母、数字和特殊字符。 最小长度:8 最大长度:32 role 是 String
tag-name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 source-image-name 无 是 本地源镜像名称。 source-tag-name 无 是 本地源镜像tag名称。 target-image-name 无 是 新创建的镜像名称。 target-tag-name