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在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
-in-policy 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token
靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。 是否平衡电荷:是否加入离子,使体系电荷守恒,默认是平衡电荷。 蛋白力场:蛋白质力场支持amber03, amber94, amber96, amber99
校验token 功能介绍 校验token是否可访问当前环境 URI GET /v1/{project_id}/users/token-verification 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
delay_after_add Integer 扩容后多久再次判断缩容 delay_after_delete Integer 节点删除后多久再次判断缩容 delay_after_failure Integer 缩容失败后多久再次判断缩容 max_nodes_batch_deletion Integer
计算资源 单击计算资源页面,列表中会显示已购买的计算资源,以及是否可用等信息,若新购买的账号则列表为空。 图1 计算资源 单击“购买计算资源”按钮购买计算资源。可以根据业务需要选择不同的资源类型,其中可用区可以选择任意可用区即可。并支持包年包月购买,或者按需购买。 图2 购买计算资源
测试模式运行,不执行实际的下载操作。 --vlength -v 否 下载完成后,验证本地文件大小是否与桶中对象的大小一致。 --vmd5 -M 否 下载完成后,验证本地文件的MD5值是否与桶中对象的MD5值一致。 桶中对象必须包含元数据x-obs-md5chksum,否则会忽略MD5值校验。
health cd / 回到本项目下DataSet路径。 health cd gene-assent:/DataSet/ 切换到引用数据的路径,例如引用了gene-assent项目中的DataSet数据,使用health cd命令切换到该路径,并使用health ls名称查看详细数据。 当由
为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 schedulable 是 Boolean 是否可调度 响应参数 无 请求示例 设置是否可调度,设置为可调度 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud
排查思路 首先需要用户自行确认一下投递的作业是否会在控制台打印日志,如果是有重定向日志输出到具体文件的话,此处无日志为正常现象。 子任务的事件中,确认作业子任务的实例是否有正常创建。 图2 子任务的事件 查看实例的事件,查看实例是否有正常创建。 图3 实例的事件 解决方法 若子
范围:1-100。 冷却时间 冷却时间需设置三部分。 扩容执行后多久能再次判断是否缩容。取值范围:5-10080。 节点删除后多久能再次判断是否缩容。取值范围:1-10080。 缩容失败后多久能再次判断是否缩容。取值范围:1-10080。 缩容并发数 最多支持多少个空闲节点同时缩容。取值范围:1-50。
避免启动作业后立即取消。 克隆作业即可。 process使用errorStrategy 'ignore'时整个作业不会结束 问题现象 process中使用了errorStrategy 'ignore',当该process因为某种原因失败后,整个作业的状态一直处于运行中。 问题原因 失败的tas
强制操作,不进行询问提示,复制文件夹时该参数可选。 不加-f,会被询问是否执行操作,需选择yes或no。 --flat -l 否 复制文件夹时,只复制文件夹下的所有内容,复制文件夹时该参数可选。 --update -u 否 增量复制,设置该参数后,复制时会判断是否有同名文件,若有同名文件,则跳过不进行复制。
虚拟药物筛选简介 虚拟药物筛选功能 医疗智能体平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果,生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象,用于可视化展示。
为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
据相关操作,使用逻辑与EIHealth平台相同。 命令结构 health ls <path> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 path 无 否 路径名称。 不指定path时,列举当前目录下的所有对象。 指定path为根目录时,列举根目录下本项目的对象和
64 表4 DatabaseTriggerDto 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 触发器的列名,取值范围:[1,63] 最小长度:1 最大长度:63 judge_mode 是 String 触发器的判断模式 枚举值: gte lte gt lt like notlike
并设置是否“清空作业状态更新列”,状态更新列的值为空的数据才会投递作业。 选择“新建一列”,需要输入新建的列名。 图2 设置作业基本信息 定义触发器。使用触发器来筛选需要运行作业的数据,并且满足状态更新列的值为空的数据才会被投递作业。 单击“添加条件”,在数据列名、判断模式、值
识别。列信息包含列名、描述、类型、允许为空、是否主键、是否可查询、是否唯一、提示和操作信息。单击添加列可新增一列,最多支持100列。单击操作列的图标可以删除列。 列名 列的名称不可以和PostgreSQL 11版本的关键字冲突。 是否主键 主键用于唯一地标识数据表中的信息,可通过
64 表4 DatabaseTriggerDto 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 触发器的列名,取值范围:[1,63] 最小长度:1 最大长度:63 judge_mode 是 String 触发器的判断模式 枚举值: gte lte gt lt like notlike