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关键概念 - 医疗智能体 EIHealth
测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为,进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上,通过基本原理,构筑起一套模型和算法,从而计算出合理的分子结构与分子行为。SPONGE(Simulation
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靶点优化 - 医疗智能体 EIHealth
单击“靶点优化”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。 是否平衡电荷:是否加入离子,使体系电荷守恒,默认是平衡电荷。
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CPI预测 - 医疗智能体 EIHealth
提交成功后,可以在“作业中心”查看执行结果。 查看多对多运行结果。 如果是多受体对多配体,打开作业结果页面可以看到结合能二维矩阵。 图4 查看结果(1) 查看一对多运行结果。 单击受体名称,跳转到单受体对多配体的结果表页面,可以下载全量及单条CPI预测结果。 如果需要下载多个结果,可以选择结果后
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导入应用 - 医疗智能体 EIHealth
"93a4f757-f5b9-11eb-9fef-fa163ef9b34d", "destination_app_id": "0c13b198-f5c9-11eb-9fef-fa163ef9b34d", "destination_app_name": "lmx-test-import-app"
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数据管理常用操作 - 医疗智能体 EIHealth
操作,即要么不执行,要么需要执行过程不能中断。在执行完成后,“取消”操作才能生效。 删除:运行中的任务不支持删除,只可删除运行结束的数据。 重试:可对执行失败的任务从失败位置进行重试。 复制数据 在“数据中心”页面,使用“复制”,将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击页面右上角“复制”。
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步骤3:初始化配置 - 医疗智能体 EIHealth
clear命令定时清除本地配置文件。 对于执行的历史命令,可通过以下方法清除。 Linux:执行history -c命令清除历史记录,重新登录命令行工具后,记录可恢复。执行rm -f $HOME/.bash_history命令,可删除记录文件,清空历史。 macOS系统:执行ps -p $$命令检查shell类型。
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启动作业 - 医疗智能体 EIHealth
通过修改--input,修改输入数据。 选择时,input和input-file二选一。 作业运行时,每个应用称之为一个task,应用可以设置多个输入参数,一个输入参数可以设置多个输入值。 task间使用;;分隔,input的参数路径间使用;;分隔。 例如task1.input
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创建自动作业 - 医疗智能体 EIHealth
操作列,您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作,运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件 在“工具”中完成流程创建。 在“数据库”中完成样本集的数据库创建。数据库的每一行对应一个任务,如果满足触发条件,就会在平台自动运行,并在分析任务列表添加一条记录。 创建自动作业
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转移项目 - 医疗智能体 EIHealth
转移项目 使用transfer命令转移项目给项目admin成员。项目的所有者有权限执行该操作。 命令结构 health transfer project <project-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 否 项目名称,不填时默认为当前所在项目。
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配置命令行工具 - 医疗智能体 EIHealth
/health-toolkit/health路径进行使用。 如果无法运行,提示Permission denied,请使用chmod 755 health命令设置执行权限。 初始化配置。 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息。执行health config add命令配置AK/S
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获取Nextflow作业报告 - 医疗智能体 EIHealth
x-xxx/xx-xxxx-xxxxx/DAG.png?AccessKeyId=ABCDE&Expires=1676759470&Signature=DDDDD" }, { "name" : "report.html", "download_url" : "h
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修订记录 - 医疗智能体 EIHealth
上传数据支持上传最大为1GB的单个文件 支持多个作业并发运行 分析作业支持批量操作 Notebook开发环境支持自研的基础镜像 05 2021-08-23 新增: 数据库管理 药物虚拟筛选服务 04 2021-03-30 新增: 资产市场,提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。 镜像支持命令行工具上传、下载。
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基本概念 - 医疗智能体 EIHealth
gion。 可用区(AZ,Availability Zone) 一个AZ是一个或多个物理数据中心的集合,有独立的风火水电,AZ内逻辑上再将计算、网络、存储等资源划分成多个集群。一个Region中的多个AZ间通过高速光纤相连,以满足用户跨AZ构建高可用性系统的需求。 项目 华为云的
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修改项目成员角色 - 医疗智能体 EIHealth
修改项目成员角色 使用update或edit命令修改项目成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health update member <member-name> [flags] 或 health edit member <member-name> [flags]
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查询镜像 - 医疗智能体 EIHealth
命令示例 查询当前所在项目demo-project下面的类型为APP的镜像。 health docker images -t APP # 执行成功返回结果如下 Name Source Project Type Chip Type Created
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获取notebook详情 - 医疗智能体 EIHealth
object notebook规格 status String notebook状态 枚举值: Running Abnormal Hibernate Succeeded Creating Deleting Updating CreatedFailed DeletedFailed UpdatedFailed
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移除项目成员的角色 - 医疗智能体 EIHealth
移除项目成员的角色 使用delete命令删除项目成员的角色,并将成员移除项目。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health delete member <member-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 member-name
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数据导入 - 医疗智能体 EIHealth
源路径,支持四种格式,分别是医疗项目、外部桶、外部并行文件系统或者网络数据下载链接,对应格式分别为ProjectName:/path、OBS:BucketName:/path、OBSFS:ObsfsName:/path、下载url。 须知: 源路径中如果要填写多个路径,路径之间用空格分隔。如果路径
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添加项目成员角色 - 医疗智能体 EIHealth
添加项目成员角色 使用add命令将用户添加至项目,并赋予成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health add member <member-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 member-name 无 是 用户名称。
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靶点口袋发现 - 医疗智能体 EIHealth
功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。 单击“提交”。 提交成功后,可以在“作业中心”查看执行结果。 图1 设置靶点口袋发现文件 查看靶点口袋发现结果。 单击作业名称,在输出结果页面,可以单击“查看轨迹”,下载运动轨迹。可以单击”下游分析”,将发现的口袋作为对接口袋进行分子对接。也可以在右边口袋列表中查看口袋信息。