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修改性能加速资源 - 医疗智能体 EIHealth
performance-resource bea1ab31-7dfb-481e-bfe1-b149e0b4642e -s true -j 12 # 执行成功返回结果如下 edit performance-resource succeed! 父主题: 系统设置命令
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修改消息及已完成作业保留配置 - 医疗智能体 EIHealth
10000 # 执行成功返回结果如下 set the retention of message successfully! 修改已完成作业的保留数目 health edit retention completed-jobs --number 10000 # 执行成功返回结果如下
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查询靶点口袋分子设计作业详情 - 医疗智能体 EIHealth
String 作业结束时间。 start_time String 作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num
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上传应用 - 医疗智能体 EIHealth
docker镜像地址取值范围[1-255],不能包含中文字符,格式为{project-name}/{image-repo}:{image-tag} commands: # docker启动时执行命令 单行命令长度取
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获取notebook列表 - 医疗智能体 EIHealth
object notebook规格 status String notebook状态 枚举值: Running Abnormal Hibernate Succeeded Creating Deleting Updating CreatedFailed DeletedFailed UpdatedFailed
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切换项目 - 医疗智能体 EIHealth
kit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 执行如下命令,切换到名为“lmx-test-01”的项目。 health switch project lmx-test-01 # 执行成功返回结果如下 switch to project lmx-test-01
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如何使用Notebook的Terminal功能? - 医疗智能体 EIHealth
对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图1 Terminal 例如,您可以执行wget命令在公开数据集中下载基因组测序数据。 图2 执行命令 父主题:
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修改供应商logo和名称配置 - 医疗智能体 EIHealth
/root/demo/logo.png # 执行成功返回结果如下 set vendor name to xxx1 successfully! 设置供应商图标 health edit vendor-config --log /root/demo/logo.png # 执行成功返回结果如下 set vendor
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获取系统资源 - 医疗智能体 EIHealth
nux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 获取计算资源列表 health get resource -t computing # 执行成功返回结果如下 Id Name
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构造请求 - 医疗智能体 EIHealth
请求方法 HTTP请求方法(也称为操作或动词),它告诉服务你正在请求什么类型的操作。 表2 HTTP请求方法 方法 说明 GET 请求服务器返回指定资源. PUT 请求服务器更新指定资源。 POST 请求服务器新增资源或执行特殊操作。 DELETE 请求服务器删除指定资源,如删除对象等。
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获取项目 - 医疗智能体 EIHealth
cOS环境使用方法基本相同,可参考。 不指定参数。 执行health get project命令获取当前用户有权限访问的项目列表。 指定“project-name”参数。 例如查看名为“test-zh-0507”项目信息,执行health get project test-zh-0507命令。
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获取Nextflow作业日志 - 医疗智能体 EIHealth
x-xxx/xx-xxxx-xxxxx/DAG.png?AccessKeyId=ABCDE&Expires=1676759470&Signature=DDDDD" } 状态码 状态码 描述 200 OK 错误码 请参见错误码。 父主题: Nextflow作业管理
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列举对象 - 医疗智能体 EIHealth
返回的对象名称按照字典序排列。同时,该命令支持显示引用的其他项目的数据。 在使用该命令前,需要使用switch命令进入待操作的项目,才可以执行数据相关操作,使用逻辑与EIHealth平台相同。 命令结构 health ls <path> [flags] 表1 参数说明 参数 简写
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步骤3:初始化配置 - 医疗智能体 EIHealth
步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 方法1:使用账号、密码初始化 执行以下命令,进行初始化,命中的xxx和region信息请参考表2进行替换。
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上传流程 - 医疗智能体 EIHealth
通过在本地修改流程的yaml模板,上传流程至项目中。 获取流程yaml模板。 单击“上传流程”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件,
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获取Nextflow任务日志 - 医疗智能体 EIHealth
x-xxx/xx-xxxx-xxxxx/DAG.png?AccessKeyId=ABCDE&Expires=1676759470&Signature=DDDDD" } 状态码 状态码 描述 200 OK 错误码 请参见错误码。 父主题: Nextflow任务管理
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邮箱设置 - 医疗智能体 EIHealth
仅自己接收操作:自己所执行的操作。如果选择此项,接收类型默认全选。 全部接收:自己有权限访问的项目中产生的操作,包含自己和其他项目成员所执行的操作。默认为全部接收。 不接收:不接收操作通知。 接收类型 数据操作:数据的复制、删除、导入等异步操作通知。 作业进度:分析作业开始执行、执行成功通知。
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管理作业 - 医疗智能体 EIHealth
作业相关信息 在详情页可以查看作业执行命令、配置参数、流程配置文件、执行日志、报告信息。 图1 作业相关信息 Tasks相关信息 在详情页可以查看每个Tasks的相关信息。单击每个task可以打开Task详情,查看对应的processname和执行日志。 图2 Tasks相关信息 管理作业
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自定义镜像创建Notebook样例 - 医疗智能体 EIHealth
Dockerfile中不可以指定CMD以及ENTRYPOINT,否则会覆盖基础镜像启动脚本,引起异常。 按键盘Esc键,并执行:wq保存退出Dockerfile。 执行docker build -t image:tag .命令,自动完成镜像制作。 命令中image为镜像名称,tag为镜像标签,名称可自定义。
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管理用户 - 医疗智能体 EIHealth
项目是存储数据、镜像、分析作业等的工作空间,执行删除用户操作时,只有在该用户名下没有项目时,才可以被删除。在用户的操作列,单击“删除”,删除对应的用户。 图1 删除子用户 移除子用户 导入的用户,不支持删除,只支持移除。移除后不影响该用户操作其他服务。执行移除用户操作时,只有在该用户名下没