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简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言,它能够很好的管理生信流程,并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用,可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移,并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的
None 医学文本标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行数据管理和标注 07:08 医学文本管理和标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行团队标注 05:44 医学文本团队标注 药物虚拟筛选 医疗智能体 EIHealth 药物虚拟筛选
在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子设计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对模型进行管理以及在平台上用自己的模型进行分析。 父主题: 盘古辅助制药平台
获取项目ID 从控制台获取项目ID 在调用接口的时候,部分URL中需要填入项目编号,所以需要获取到项目编号。项目编号获取步骤如下: 登录管理控制台。 单击用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 在“API凭证”页面的项目列表中查看项目ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID
分子SMILES表达式列表 threshold Float 打分阈值,分值必须大于该阈值才会返回 num_results Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) custom_props Array of CustomProp objects 用户已开启的自定义属性集合 表5 CpiResult
究工作。 成熟的权限管理体系,保障数据安全的同时,确保团队高效协作。 医疗智能体面向的用户 从行业方向上,医疗智能体主要面对以下行业的从业者: 药物研发公司 平台以AI技术为核心的药物研发功能,通过内置的AI模型,加速药物研发过程。 科研单位 平台以流程管理及Notebook为核
list:获取计算资源列表。 flavors:获取可用区下的计算节点规格列表。 默认值:list。 --node -n 否 计算节点id。设置了--label后使用,获取某个计算资源节点下的标签列表。 --zone -z 否 可用区id。如:cn-north-7c。 命令示例 本节以Windows为
weak_constraints 否 Array of 表4 objects 弱约束集合 num_expected 否 Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) initial_dataset 否 Array of strings 初始化分子集合 binding_site 否 表6 object
系统设置 安全设置 商标设置 作业消息设置 消息中心 邮箱设置 系统标签管理 个人资源配额 数据归档配置 父主题: 用户指南(基因平台)
of MoleculeConstraint objects 弱约束集合 num_expected 否 Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) binding_site 否 BindingSite object 结合位点 custom_props 否 Array of CustomProp
在“资产市场”中查找“genomeagent”镜像。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该镜像。 订阅的镜像将显示在“项目管理 > 镜像”页面的镜像列表中。 步骤2:创建Notebook 在“项目管理 > 项目名称 > 开发”页面,单击“创建Notebook”,参考表 参数说明填写信息。 表1 参数说明
上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。 图2 复制数据 引用数据 引用数据可以引用其他项目中或对应的obs桶的
of MoleculeConstraint objects 弱约束集合 num_expected Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) binding_site BindingSite object 结合位点 custom_props Array of CustomProp
of MoleculeConstraint objects 弱约束集合 num_expected Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) initial_dataset Array of strings 初始化分子集合 binding_site BindingSite
的单个文件。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 父主题: Notebook
数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。 对于非挂载目录以外的目录下的文件,重启Notebook
项目是EIHealth平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过划分角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 父主题: EIHealth平台
数a设置了2个参数值,给参数b设置了2个参数值。那么,系统将自动生成4个作业并发执行。 方式二:参考批量执行NGS分析操作。 参数确认无误后,单击“立即创建”,创建应用。 表1 fastp、bwa_samtools应用参数说明 应用名称和版本 应用名称:fastp 版本:0.20