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project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 database_id 是 String 数据库实例id 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token
project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 database_id 是 String 数据库实例id 最小长度:1 最大长度:128 row_num 是 Long 数据的行号,即_row_num值 最小值:0
project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 database_id 是 String 数据库实例id 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token
导入数据库模板 使用import命令导入别的项目的数据库模板到当前项目,暂只支持导入单个模板。 命令结构 health import database template <template-id> [flags] 或者 health import db template <template-id>
获取数据库资源规格列表 功能介绍 获取数据库资源规格列表 URI GET /v1/{project_id}/system/database-resources/flavors 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
数据库简介 EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板
创建数据库模板 使用create命令创建数据库模板。 命令结构 health create database template <template-name> [flags] 或者 health create db template <template-name> [flags]
最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 operation String 是否开启资源配额限制 枚举值: OPEN CLOSE settings UserSettingDto object 更新用户请求体 表4 UserSettingDto
图1 从其他项目导入模板 平台也提供了yaml格式的数据库模板,您可以在本地编辑完成后上传至平台进行使用,数据库模板支持yaml或yml格式,且文件大小不能超过10M。 导入方式选择“上传”,单击“下载示例文件”下载数据库模板示例,编辑后上传模板文件至平台,单击“确定”。 图2
Double 内存占用率 rchar Long 读取字符数 wchar Long 写入字符数 read_bytes Long 读取字节数 write_bytes Long 写入字符数 vmem Long process虚拟内存大小 rss Long process实际内存大小 peak_vmem
取值范围:输入字符最大长度为255 最大长度:255 database_id 是 String 自动作业依赖的数据库ID 最小长度:1 最大长度:128 database_column 是 String 自动作业状态更新列 最小长度:1 最大长度:55 database_column_type 否 String
见获取镜像。 CPU 设置CPU大小。 取值范围:1~128,默认为1。 GPU 设置GPU大小。 取值范围:0~16,默认为0。 内存 设置内存大小。 取值范围:2~512,默认为2。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果
配额管理 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
基础操作系统类镜像,如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像,如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像,如Tomcat、Mysql、Ngnix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。
配额说明 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》
orsRsp 参数 参数类型 描述 code String 规格编码 name String 规格名称 最大长度:64 ram Long 内存 vcpus String vcpus max_rate String 最大带宽 min_rate String 基准带宽 max_pps
${input-file} 选择“X86”CPU架构,CPU需求建议0.2起。GPU类型选择“无”。 按需填写内存大小,单位为GB。FastQC运行中所需内存大小依赖于输入数据大小,建议至少1GB。 图3 CPU、内存、GPU 填写参数。 通过阅读FastQC命令说明,了解命令。 图4 FastQC命令
创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。
选择“X86”CPU架构,CPU需求建议0.2起。GPU类型选择“无”。 按需填写内存大小,单位为GB。FastQC运行中所需内存大小依赖于输入数据大小,建议至少1GB。计算节点标签可将作业运行于指定的资源节点上,标签设置方法请参见计算资源标签管理。 图4 CPU、内存、GPU 填写参数。 通过阅读FastQC命令说明,了解命令。
Turbo加速,在投递作业时可以选择“IO加速”。 降低通量运行,进而降低带宽、IO需求,使得带宽、IO满足生产需求。 优化软件算法,如使用内存做缓存等,降低软件的IO需求。 针对特定的项目,对带宽或IO性能进行扩容。 提交工单或联系服务技术支持。 父主题: 流程、作业