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EIHealth平台支持两种类型的用户管理,可以帮助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置,可创建平台的子用户,并为其分配权限。 项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户
为空时,获取当前用户有权限访问的项目列表。 --current -c 否 同时使用project-name和--current,查询当前所在的项目详情信息。 --policy -p 否 查看项目的数据权限策略。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Li
执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务,您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心
上传数据是最常用的添加数据功能,但由于网页传输大文件时存在一定的限制,所以上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。 图2
虚拟药物筛选功能 医疗智能体平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果,生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象,用于可视化展示。 对配体分子进行注释
本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用,或将其编排至流程,和其他应用一起使用。 创
系统跳转到“我的发布”页面,可以查看发布的流程状态。当流程发布成功后,可以在“资产市场>组织共享”中查看发布的流程。 已发布的流程不能直接编辑和删除,需下线后才能编辑和删除。 发布中的流程可以取消,取消后状态为发布失败。 已发布的流程可以订阅和下线。 同一个发布者可以发布同名称,同类型的流程。若版本不同,
渲染。 大分子支持PDB编号自动下载。 相互作用的可视化。 支持分子的编辑、标注。 测量、测量距离、角度、二角面等。 结构叠合,将不同结构叠合在一起,用于比较结构差异。 输出指定蛋白口袋的位置及大小,用于分子对接。 导出不同分辨率的图片文件。 播放与制作分子动力学轨迹动画。 父主题:
├─eihealth-project-name # 引用的项目名 │ ├─path1 # 引用的项目的源路径 ├─OBS:obs-bucket-name # 引用的外部桶名 │ ├─path1 # 引用的外部桶的源路径 ├─OBSFS:obsfs-bucket-name:
行号。执行更新、删除操作时,必须指定该参数。 --values -v 否 修改列名和对应的值,用反单引号引用列名和值,格式为`column-name1:value1`;`column-name2:value2`,更新或插入多个列值时使用分号。 说明: 对于极其特殊的值,例如:qqq'\"`22,qqq'\"`22
在界面显示数据作业执行日志,需要与data-job-id一起使用。 说明: 参数--log和--file不能同时使用。 参数--log的优先级高于--file。如果命令中同时包含参数--log和--file,默认只执行--log。 --file -f 否 本地文件夹路径及自定义文件
(默认json格式)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 获取json格式实例详情 health get
、自由能微扰、合成路径规划功能的作业。 在“作业中心”页面,以列表形式展示了项目中作业的运行状态。您可以查看作业的名称、创建时间、运行状态、总时长、运行时长、已运行时间、预计还需时间。对于列表中的作业,支持通过作业名称、状态、类型、标签、创建时间和完成时间进行快速搜索。也可以根据
Nextflow需要用户自己进行安装,安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。 GitHub获取:可以选择版本,目前支持选择的安装包版本v22
执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据拷贝、数据删除、数据下载、数据归档、恢复数据等操作均为系统的异步任务,您可以在“消
导入流程是将隶属于其他项目中流程导入至本项目中,流程所依托的应用和镜像会同步导入。 使用“导入流程”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入流程”,进入导入流程页面。 图1 导入流程 选择需要引用的项目以及项目中的流程,选择流程的版本。“导入流程名称”是选填项,可以使用原有名称,或自定义。
在API栏选择需要使用的服务,单击操作列的“开通服务”。 服务开通成功后,开通状态为“已开通”。 “开通服务”按钮置灰,说明您尚未认证,请先实名认证。 开通医学影像API 进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华南-广州”。 在API栏选择需要使用的服务,单击操作列的“开通服务”。
--query -q 否 查询条件,格式为{column}::{operator}::{number}。`::`分割一个表达式中的列名、操作符和值。不同类型支持的操作符如下:String支持like(模糊搜索)、equal(精确搜索)、notlike(不包含)、notequal(不等于
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
必填。 --current-project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 引用单个数据库实例 health import