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操作步骤 下载命令行工具。 安装命令行工具。 本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。 下载Windows版本的客户端，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R，输入cmd打开win
上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。
最大长度：10000000 表8 BoundingBoxDto 参数 参数类型 描述 center Array of floats 口袋中心坐标； x, y, z轴的坐标。 最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size Array of floats 口袋尺寸大小；
应用名称 说明 fastqc 对测序得到的fastq数据进行质控。 trimmomatic 使用trimmomatic工具去掉测序接头，得到去接头后fastq格式的reads。 star 使用STAR比对工具将去接头后的reads比对到参考基因组，得到bam文件和多种格式的统计报告。
分子优化 分子优化基于盘古药物分子大模型，以参考化合物为起点，针对给定的期望理化性质，得到性质更优、结构新颖、与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”，进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据，批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出，图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节
最小长度：0 最大长度：24 表6 VertexLocationDto 参数 参数类型 描述 x Double 子任务的画布横坐标 y Double 子任务的画布纵坐标 表7 TaskParameterDto 参数 参数类型 描述 name String 子任务的参数名称，长度为[1,3
最大长度：10000000 表9 BoundingBoxDto 参数 参数类型 描述 center Array of doubles 口袋中心坐标； x, y, z轴的坐标。 最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size Array of floats 口袋尺寸大小；
表8 BoundingBoxDto 参数 是否必选 参数类型 描述 center 是 Array of doubles 口袋中心坐标； x, y, z轴的坐标。 最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size 是 Array of floats 口袋尺寸大小；
表8 BoundingBoxDto 参数 是否必选 参数类型 描述 center 是 Array of doubles 口袋中心坐标； x, y, z轴的坐标。 最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size 是 Array of floats 口袋尺寸大小；
最大长度：10000000 表9 BoundingBoxDto 参数 参数类型 描述 center Array of floats 口袋中心坐标； x, y, z轴的坐标。 最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size Array of floats 口袋尺寸大小；
以下类型镜像，建议您通过Docker Hub获取，不建议自己制作。 基础操作系统类镜像，如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像，如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像，如Tomcat、Mysql、Ngnix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Note
file 以HTML的格式输出易于阅读的质控报告。 bwa-mem 输入参数 fq-file1 file 测序得到的fastq1文件。 fa-file2 file 测序得到的fastq2文件。 ref-file file 参考基因组序列。 seq-platform string 测序平台，如MGI、Illumina。
最小长度：0 最大长度：24 表8 VertexLocationDto 参数 参数类型 描述 x Double 子任务的画布横坐标 y Double 子任务的画布纵坐标 表9 TaskParameterDto 参数 参数类型 描述 name String 子任务的参数名称，长度为[1,3
深度等。 低质量Reads过滤 过滤低质量的测序Reads，得到Clean Reads。 基因组比对 将Clean Reads比对到参考基因组上，同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测 基于上述比对得到的bam文件，通过GATK4做Variant Calling，输出变异检测结果。
最小长度：0 最大长度：24 表7 VertexLocationDto 参数 参数类型 描述 x Double 子任务的画布横坐标 y Double 子任务的画布纵坐标 表8 TaskParameterDto 参数 参数类型 描述 name String 子任务的参数名称，长度为[1,3
提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序、表观遗传学等领域。 该流程以NGS得到的fastq作为输入，通过质控，比对，得到比对后的bam文件，及对fastq和bam文件的质控报告。 Docking Summary 对一组小分子化合物配体和一
sha256。 安装eihealth-toolkit 本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。 获取Windows版本的命令行工具，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R，输入cmd打开win
Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 fastp:0.20.1 docker pull biocontainers/fastp:v0.20.1_cv1 Mapping and Sort and index 将质控之后得到的Clean Reads比对到参考基因组上。
模型训练：针对提供的数据和模型参数，AutoGenome会搜索得到最优的神经网络结构。训练过程经过模型搜索阶段和模型训练阶段，在模型搜索阶段，根据json文件中的配置参数，对于选定的模型参数会训练一定步数，搜索得到较好结果的参数进行后续训练。训练过程中可选择在验证数据集上进行评估，评估结果更好的模型参数将会保留。
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