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更新药物模型 功能介绍 更新药物模型。 URI PUT /v1/{project_id}/drug-models/{model_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
创建分子生成作业 功能介绍 创建分子生成作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/generation 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
创建数据库 功能介绍 创建数据库。 URI POST /v1/{project_id}/drug/databases 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数
MOL Editor Mol Editor工具可以查看小分子的2D结构,以及编辑分子结构。 单击“功能模块 > 通用工具 > MOL Editor”,进入Mol Editor页面即可操作。可以通过单击右上角的“保存”,将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题:
成功:作业运行成功。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。 失败:作业运行失败。可单击作业名称,进入详情页查看运行失败原因。 取消中:对“运行中”的作业,执行“取消”操作,取消运行。 已取消:取消运行成功。 强制取消:对于超时失败或者取消但未选择强制取消的场景,可以执行强制取消,强制作业。
步骤2:获取命令行工具 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64
创建分子搜索作业 功能介绍 创建分子搜索作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
获取CSS集群列表 功能介绍 获取CSS集群列表。 URI GET /v1/{project_id}/drug/css-clusters 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
获取模型列表 功能介绍 获取模型列表。 URI GET /v1/{project_id}/drug-models 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 表2 Query参数
JupyterLab简介及常用操作 JupyterLab是一个交互式的开发环境,是Jupyter Notebook的下一代产品,可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下
提交成功后,可以在“作业中心”查看执行结果。 查看多对多运行结果。 如果是多受体对多配体,打开作业结果页面可以看到结合能二维矩阵,支持分别按照靶点和小分子进行排序。 图4 查看结果(1) 查看一对多运行结果。 单击受体结合能框,跳转到单受体对多配体的结果表页面,可以下载全量及单条CPI预测结果。
作业配置文件说明 流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。
获取数据库模板 使用get命令获取数据库模板列表、详情或者示例yaml文件。 命令结构 health get database template <template-id> [flags] 或者 health get db template <template-id> [flags]
删除模型 功能介绍 删除模型。 URI DELETE /v1/{project_id}/drug-models/{model_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
受体信息解析 功能介绍 受体信息解析,如果有多个受体蛋白则只处理第一个,如果一个受体蛋白里结合了多个配体,则最多只处理前10个。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/info
受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋,检测类型基于配体,基于氨基酸残基,自动检测,自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket
分子优化作业管理 创建分子优化作业 查询分子优化作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
url获取方法 在Notebook列表页面,按F12键打开,切换至Network页签。 单击页面右侧按钮,在Network页签的“Name”列单击“notebooks?offset=0&limit=10”,右侧展开代码行,在“url”行获取url链接,如下图所示。 图1 获取url
添加数据 在添加数据前,您可以创建存储数据的文件夹,将数据存储在对应的文件夹中。如果已有存储数据的文件夹,可以直接添加数据。 (可选)新建文件夹 在项目页面选择“数据中心”。 单击“新建文件夹”,创建文件夹。 图1 新建文件夹 文件夹名称命名规则: 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。
自定义数据库 盘古辅助制药平台支持用户自定义数据库,可以上传自己的数据构建自己的数据库,进行后续的分子搜索。构建自定义数据库需要先购买CSS资源和绑定CSS资源,详情见资源中心 自定义数据库 返回主页,单击“自定义数据库”进入界面,单击页面左上角的“创建数据库”,并填写相关信息。每个用户可新建100个自定义数据库。