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安装和使用社区OpenMPI - 高性能计算 HPC
ib 执行以下命令,导入配置的MPI环境变量。 $ source ~/.bashrc 执行以下命令,查看MPI环境变量是否正常。 $ which mpirun 图3 环境变量正常 回显如图3所示表示环境变量正常。 执行以下命令,在单个BMS上运行社区OpenMPI。 执行以下命令,生成可执行文件。
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配置ECS集群互相免密登录 - 高性能计算 HPC
ecs-ff-0002 .. 执行以下命令,ssh方式登录本节点,验证是否可以不输入密码登录ECS。其中hostname1为本主机名。 $ ssh localhost $ ssh hostname1 依次登录集群中其他ECS,重复执行步骤1~4。 执行以下命令,验证参加测试的ECS之间是否可以免密码互相登录。
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视频帮助 - 高性能计算 HPC
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STAR-CCM+启动相关问题 - 高性能计算 HPC
数。 ip1,ip2:运行STAR-CCM+指定的主机信息。 core_num1,core_num2:指定每个主机运行的物理核数。 hiroce gids:查下设备名和index。 UCX_NET_DEVICES: hiroce gids查到的有ip值一行的ib_dev的值: port的值。
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配置BMS集群互相免密登录 - 高性能计算 HPC
600 id_rsa 执行以下命令,ssh方式登录本节点,验证是否可以不输入密码登录BMS。 $ ssh localhost 图1 免密登录BMS 系统回显结果如图1所示,可以无密钥登录本节点,表示权限配置成功。 依次登录集群中其他BMS,重复执行步骤1~5。 执行以下命令,验证参加
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HPC简介 - 高性能计算 HPC
种互联技术将多个计算机系统连接在一起,利用所有被连接系统的综合计算能力来处理大型计算问题,所以又通常被称为高性能计算集群。 HPC的业务特点 科学研究、气象预报、仿真实验、生物制药、基因测序、图像处理等行业都涉及高性能计算集群来解决大型计算问题,管理节点对计算任务进行分解,交给不同的计算节点完成计算。
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安装和使用Spectrum MPI - 高性能计算 HPC
MPI_REMSH 执行以下命令,查看MPI环境变量是否正常。 $ which mpirun 图1 检查MPI环境变量 在单个BMS上通过Spectrum MPI运行可执行文件。 假设hello.c文件在“/home/rhel/”目录下,生成的可执行文件名为hello,执行以下命令: $
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安装和使用社区OpenMPI - 高性能计算 HPC
ib 执行以下命令,导入配置的MPI环境变量。 $ source ~/.bashrc 执行以下命令,查看MPI环境变量是否正常。 $ which mpirun 图3 环境变量正常 回显如图3所示表示环境变量正常。 执行以下命令,在单个BMS上运行社区OpenMPI。 执行以下命令,生成可执行文件。
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挂载共享目录 - 高性能计算 HPC
168.0.15:/ /opt/Siemens nfs vers=3,timeo=600,nolock 0 0" >> /etc/fstab 执行mount -a 备注: 192.168.0.15:/ 是从sfs turbo console中获取到的挂载的路径。 第1个1表示备份文件
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Platform MPI - 高性能计算 HPC
bms-0005 ... 执行以下命令,添加hostfile文件。 $vi hostfile 添加集群中所有BMS的主机名,例如: bms-0004 bms-0005 ... 依次登录集群中所有BMS,重复执行2.e~2.f。 执行以下命令,在BMS集群上运行社区OpenMPI。 $
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安装和使用社区OpenMPI - 高性能计算 HPC
iptables -F 执行以下命令,查看防火墙是否关闭成功。 # service firewalld status 图1 确认关闭防火墙成功 依次登录集群中所有BMS,重复执行步骤1.2~步骤1.3,关闭所有BMS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台BMS, 执行以下命令,添加hosts配置文件。
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Spectrum MPI - 高性能计算 HPC
执行以下命令,添加hostfile文件。 $vi hostfile 添加集群中所有BMS的主机名,例如: bms-0004 bms-0005 ... 依次登录集群中所有BMS,重复执行2.e~2.f。 执行以下命令,在单个BMS上通过Spectrum MPI运行可执行文件。
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Intel MPI - 高性能计算 HPC
bms-0005 ... 执行以下命令,添加hostfile文件。 $vi hostfile 添加集群中所有BMS的主机名,例如: bms-0004 bms-0005 ... 依次登录集群中所有BMS,重复执行2.e~2.f。 执行以下命令,在BMS集群运行Intel MPI。 以两台BMS为例:
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安装和使用MPICH - 高性能计算 HPC
1~步骤2.2执行以下命令, 在单个BMS上通过MPICH运行可执行文件。 $ mpirun -np 2 -hostfile /home/rhel/hostfile /home/rhel/hello 图2 集群上运行MPICH成功 hostfile文件在运行时需要指定路径,可执行文件he
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IB驱动自带的OpenMPI - 高性能计算 HPC
bms-0005 ... 执行以下命令,添加hostfile文件。 $vi hostfile 添加集群中所有BMS的主机名,例如: bms-0004 bms-0005 ... 依次登录集群中所有BMS,重复执行2.e~2.f。 运行MPI benchmark。 在任意一台BMS中执行以下命令,检验hostfile文件是否配置成功。
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启动集群 - 高性能计算 HPC
启动集群 操作场景 停止状态的集群,如需再次开启集群执行作业,可将集群重新启动。 只有状态为“停止”的集群可进行启动操作。 操作步骤 登录HPC-S²控制台。 单击左侧的“集群管理”。 在“集群管理”页面选择要启动的集群,单击后方操作列“更多 > 启动”。 单击“确定”。 在集群
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安装和使用IB驱动自带的Open MPI - 高性能计算 HPC
iptables -F 执行以下命令,查看防火墙是否关闭成功。 # service firewalld status 图1 确认关闭防火墙成功 依次登录集群中所有BMS,重复执行步骤1.2~步骤1.3,关闭所有BMS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台BMS, 执行以下命令,添加hosts配置文件。
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社区OpenMPI - 高性能计算 HPC
bms-0005 ... 执行以下命令,添加hostfile文件。 $vi hostfile 添加集群中所有BMS的主机名,例如: bms-0004 bms-0005 ... 依次登录集群中所有BMS,重复执行2.e~2.f。 在任意一台BMS中执行以下命令,运行社区Open MPI。
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HPC断点续算计算方案 - 高性能计算 HPC
提交作业,且运行期间无中断 在不中断作业的情况下,提交作业并运行,查看作业运行时间。 执行以下命令,提交作业。 qsub job.pbs 作业运行结束后,执行以下命令,查看作业信息。 qstat -f 作业ID 如图3所示,可以看到作业一共运行了4分10秒。 图3 运行作业不中断 步骤5
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Intel MPI - 高性能计算 HPC
128/lib64 执行下列命令,导入环境变量。 # source ~/.bashrc 执行下列命令,查看是否导入成功。 # which mpirun 图2 环境变量导入成功 回显结果如图2所示,表示环境变量导入成功。 执行以下命令,在单个ECS上运行Intel MPI。 执行以下命令,重新生成可执行文件。