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分子对接(molecular docking )是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药物分子与靶酶相互结合,首先就需要两个分子充分
否 不包含源对象的匹配模式,如:*.txt。 支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符,例如abc*.txt代表匹配以abc开头以.txt结尾的任意文件。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身,使用“\?”代表匹配“?”字符本身。如果待下载的对象名匹配该参数,则跳过该对象的复制。
包含文件的匹配模式,如:*.jpg。 支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身,使用“\?”代表匹配“?”字符本身。首先执行exclude的匹配规则,如果待上传的文件名不匹配exclude,则判断待上传的文件名是否匹配该参数,如
否 不包含源对象的匹配模式,如:*.txt。 支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符,例如abc*.txt代表匹配以abc开头以.txt结尾的任意文件。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身,使用“\?”代表匹配“?”字符本身。如果待复制的对象名匹配该参数,则跳过该对象的复制。
支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身,使用“\?”代表匹配“?”字符本身。首先执行exclude的匹配规则,如果待移动的对象名不匹配exclude,则判断待移动的对象名是否匹配该参数,如果匹配则移动该对象,否则跳过该文件的复制。 建议使用引号传递该匹
否 不包含源对象的匹配模式,如:*.txt。 支持“*”匹配多个任意字符和“?”匹配单个任意字符,例如abc*.txt代表匹配以abc开头以.txt结尾的任意文件。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身,使用“\?”代表匹配“?”字符本身。如果待上传的对象名匹配该参数,则跳过该对象的上传。
结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 Aquatic Toxicity Rule: 99个子结构,含有该子结构可能会对液体(包括水)造成毒性。 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 NonBiodegradable
创建配体相似性图计算任务 功能介绍 创建配体相似性图计算任务。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph 表1 路径参数
CPI预测 CPI预测基于蛋白质的一级序列和化合物的2D结构进行靶点匹配,精确的预测化合物-蛋白相互作用。 单击“CPI预测”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件。 支持3种输入方式,分别是输入氨基酸序列、选择文件、输入PDB ID 输入FASTA格式氨基酸序列,输入框最多支持
分子搜索 可自定义数据库,以用户输入的参考化合物结构为起点,可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
NA24385-raw数据集为NGS流程测试数据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约 186.2GB。 NGS小数据集 NA12878-small数据集为NGS流程测试数据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约 216MB。 docking summary测试数据 配体文件:小分子化合物SMILES结构式文件。
String 标签页面标题,正则匹配中文,英文字母和数字及下划线 最小长度:1 最大长度:32 feature 是 String 标签页面类型 枚举值: TOOL labels 是 Array of strings 标签页面包含的标签值,正则匹配中文,英文字母和数字及下划线 最小长度:1
查询配体相似性图计算任务 功能介绍 查询配体相似性图计算任务。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph/{task_id}
'*.fastq' # 提示用户参数填写的格式,取值范围:[0-64]。对于STRING类型,匹配字符串内容,比如后缀约束.fastq; # 对
自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE,产生自动化FEP工作流,端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片,进入上传文件页面。 在上传页面右侧,选择上传受体,上传配体,选择中心配体。 上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体:配
'*.fastq' # 提示用户参数填写的格式,取值范围:[0-64]。对于STRING类型,匹配字符串内容,比如后缀约束.fastq; # 对
参数类型。取值:[STRING,FILE,DIRECTORY,ENUM] pattern String 提示用户参数填写的格式,取值范围:[0-64]。对于STRING类型,匹配字符串内容,比如后缀约束.fastq;对于ENUM类型,可以提示一定要在param_enum列表范围内取值;对于FILE类型,约束文件后缀
分子优化 分子优化基于盘古药物分子大模型,以参考化合物为起点,针对给定的期望理化性质,得到性质更优、结构新颖、与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“立即使用”,进入输入分子页面。 图1 输入分子页面 在白框内输入需要优化的小分子SMILES表达式或者上传分子文件。 上传的文件支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。
DIRECTORY,ENUM] pattern 否 String 提示用户参数填写的格式,取值范围:[0-64]。对于STRING类型,匹配字符串内容,比如后缀约束.fastq;对于ENUM类型,可以提示一定要在param_enum列表范围内取值;对于FILE类型,约束文件后缀
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