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新建流程 流程说明 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成，应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义，包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE，产生自动化FEP工作流，端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片，进入上传文件页面。 在上传页面右侧，选择上传受体，上传配体，选择中心配体。 上传受体：受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体：配
使用AutoGenome镜像 AutoGenome是Notebook镜像，利用AutoML等技术帮助科研工作者在基因组学数据上端到端实现深度学习网络搜索，训练，评估，预测和解释的工具包。 使用AutoGenome镜像的详细步骤如下所示： 步骤1：订阅镜像 步骤2：创建Notebook
新建应用 详细的创建应用过程、镜像填写方法、参数填写方法，请参考创建应用样例章节。 单击“新建应用”，进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息，包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。
制作并上传镜像 NGS流程由fastp、bwa-mem、picard-insertsize、qualimap-bamqc、gatk-markduplicates、gatk-bqsr、gatk-applybqsr、gatk-haplotypecaller、gatk-mergevcf
Notebook常用操作 打开Notebook 首次打开Notebook之前，请先获取url，然后访问url。 然后单击“高级 > 继续前往xxxx（不安全）”，页面显示“403 : Forbidden”，然后返回Notebook列表页面。 请不要使用无痕浏览器访问。 返回平台操
聚类分析 聚类分析工具可以通过骨架聚类方法，将大型小分子数据库中结构相似的化合物聚成一类，从而找到有效骨架 ，辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片，进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式：选择文件和手动输入类型。 上传分子文件：选择
靶点口袋发现 靶点口袋发现实现全新元动力学算法，高效遍历柔性蛋白表面，找到潜在口袋位置。 单击“靶点口袋发现”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，选择靶点文件、探针文件，配置相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件。 探针文件：探针分子建议原子数不超过400，分子量过大可以
作业管理 分析作业管理简介 创建分析作业 创建自动作业 查看执行结果 作业执行失败排查思路 父主题： 用户指南（基因平台）
数据的上传和下载 在Notebook页面，可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时，您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
新建流程 选择“工具>Nextflow”，单击“新建流程”。 填写流程基本信息。 名称：设置流程名称。名称长度为1-56，只允许出现中划线、下划线、字母和数字。 标签：选择流程标签，最多可添加5个。 描述：设置流程相关描述。 单击“下一步”，添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”，添加流程文件。
自定义镜像创建Notebook样例 Notebook提供了在线的开发和调试工具，用于编写和调测模型训练代码，在创建Notebook时，平台为您提供了系统镜像。同时，您也可以使用自定义镜像，创建Notebook，满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Noteboo
如何将Notebook中的数据下载至本地 在Notebook页面，可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时，您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
资产市场简介 资产市场是在EIHealth平台的基础上构建的开发者生态社区，提供镜像、数据、应用和流程的内容共享。提供安全、开放的资产共享和使用，加速基因、药物、临床应用的开发与落地，保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。 订阅资产 资产市场提供官方发布的镜像、数据、
genomeagent镜像功能点介绍 此章节介绍genomeagent镜像的基本功能。 功能点1：自动生成任务计划、自动生成子步骤代码 功能点2：自动提交EIFlow代码任务 功能点3：报错时自动修正 报错时自动修正 报错时用户介入修正。 功能点4：特定步骤中断（人为or非人为），前序步骤状态继承，重新执行中断步骤
购买资源 盘古辅助制药平台购买完成后，单击“进入平台”，在平台右上角单击用户名，选择“资源中心”。 您可以根据实际需求选择购买功能调用套餐包和存储套餐包。在后续使用过程中，也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1
用户管理介绍 EIHealth平台支持两种类型的用户管理，可以帮助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置，可创建平台的子用户，并为其分配权限。 项目级别用户管理 资源级的角色配置，以项目为粒度对数据、分析作业、开发环
收藏夹 收藏夹用于收藏用户的任务结果，通过单击相应的作业名称跳转到作业详情页面，可以收藏大小分子，并在收藏夹中查看。收藏夹内分为小分子和大分子，小分子通常为低分子量的化合物，如蛋白质配体；大分子多为蛋白质靶点。 小分子涉及分子对接、分子优化、靶点口袋分子设计、CPI、分子生成、分子搜索、FEP、聚类详情页。
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流，一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器，您可以拖拽工具到画布中，可视化链接各应用，指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
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