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out-dir directory STAR比对结果所在文件夹。 参数填写无误后,单击界面上方“启动作业”,运行作业。 步骤4:查看执行结果 在“项目管理”页面选择“作业”页签,单击创建的RNA-Seq作业名称,进入详情页,查看执行结果。 图2 执行结果 作业运行完成后,单击应用进度条中的“
是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
有重定向日志输出到具体文件的话,此处无日志为正常现象。 子任务的事件中,确认作业子任务的实例是否有正常创建。 图2 子任务的事件 查看实例的事件,查看实例是否有正常创建。 图3 实例的事件 解决方法 若子任务未正常创建,请联系服务技术支持解决。 若子任务正常创建,但是实例未正常创
单击配体列表的可以收藏结果,收藏后可直接在收藏夹页查看。 图14 查看3D图 在查看3D的页面中,单击右侧的配体列表中,每个配体卡片右上角的,可以查看 查看详情:可以查看每个分子的属性信息,score和similarity。 查看属性:查看每个配体的分子属性。 查看2D相互作用图:查看配体中分子之间的2D相互作用图,并且可以进行图片下载。
图2 查看结果 单击操作列的“查看详情”,可查看聚类详细信息。 聚类详情页支持以卡片、列表的形式查看,默认展示卡片页面,用户可自行切换。 支持收藏功能,单击按钮,即可收藏CPI预测结果,收藏后可直接在收藏夹页查看。 图3 查看聚类详细信息 查看作业信息页面。从作业结果页面单击“作业信息”查看作业信息界面。
数据管理简介 盘古辅助制药平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、作业执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“复制数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
String 生成study作业结果的模板id database_name String study作业结果的数据库实例名称 database_id String study作业结果的数据库实例id relative_path String 生成study作业结果的文件的相对路径 output_file_type
安装完成后,输入“yes”。 初始化Anaconda配置并测试安装。 执行以下命令初始化Anaconda配置。 export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH source ~/.bashrc 测试安装。 conda -V 查看当前环境列表,并创建新环境参数。 conda env list
待聚类分析完成后,单击“查看聚类结果”。进入聚类结果页。 图6 查看聚类结果 在聚类结果页面,可以查看每个聚类的分子数量等信息。 单击某个聚类的操作列的“查看详情”,即可进入聚类详情页面,聚类详情页支持以卡片、列表以及3D的形式查看。默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。 每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。
收藏配体 在收藏夹查看分子,单击“收藏夹 > 小分子”,查看已收藏的结果。 单击“查看"按钮,可以查看相应的结果信息 单击“下游分析”按钮,可以选择对相应结果进行下游任务的配置。 单击“下载”按钮可以下载相应结果。 图3 收藏结果展示 当需要取消分子收藏时,单击已收藏的结果右侧的按钮,
单击每个分子卡片右上方的可以收藏分子生成结果,收藏的结果可在收藏夹页直接查看。 单击每个分子卡片右上方的,可以选择“查看详情”、“查看3D”、“下游分析”、“下载3D”。 查看详情:单击查看详情,跳转至分子详情页进行查看。 查看3D:查看分子的3D视图。 下游分析:分子生成对应的
String 生成study作业结果的模板id database_name String study作业结果的数据库实例名称 database_id String study作业结果的数据库实例id relative_path String 生成study作业结果的文件的相对路径 output_file_type
配置成功后,单击“提交”。 查看分子对接结果。 如果是多受体对多配体,打开作业结果页面可以看到结合能二维矩阵,支持分别按照靶点和小分子进行排序。 图4 查看输出结果(1) 单击受体结合能框,跳转到单受体对多配体的结果表页面,可以下载全量及单条对接结果。 如果需要下载多个结果,可以选择结果后,单击左
Similarity:靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度。 QED:代表分子的成药性。 图4 查看运行结果(1) 图5 查看运行结果(2) 图6 查看运行结果(3) 图7 查看分子详情 图8 查看作业信息 聚类分析 目前靶点口袋分子设计返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选
metric_name 是 String 查询的监控指标名称 resource_id 否 String 查询的监控资源对象id,当查询存储资源和计算节点资源中的集群监控数据时,不需要填写资源id 最小长度:1 最大长度:128 device_id 否 String 显卡id,仅查询裸金属节点的gpu监控时,需要指定
话框,单击“确定”,即可运行。 查看分析结果 作业运行后,页面将跳转至“项目管理 > 作业”页面。您可以在该页面,查看作业的执行状态。单击作业名称即可进入作业详情页,查看运行进展和执行结果。 图2 作业详情 单击“概述”列按钮,在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用
子任务的并发序号 缺省值:0 最小长度:1 最大长度:128 from_time 否 Long 查询监控数据起始时间,UNIX时间戳,单位毫秒,不填时默认为当前时间 to_time 否 Long 查询监控数据截止时间,UNIX时间戳,单位毫秒,不填时默认为当前时间 method 否 String
获取作业yaml模板。 在“项目管理 > 作业”页签中,单击“上传作业”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get job -s命令获取创建作业的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。
单击平台右上角图标,在弹出的“消息中心”中查看异步任务的操作记录和系统通知。 系统通知 在系统通知页签,可以查看系统通知的内容、时间。单击某个消息,可查看消息的详细内容。可以在该页面面查看全部、未读和已读的消息。平台首页也会有未读消息提示。 图1 平台首页查看消息通知 图2 查看系统通知 支持标记为已读和批量标记为已读
-toolkit。数据上传可参考上传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询,创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。 镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询,复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。 process