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批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据，批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出，图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节介绍如何
本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。 下载Windows版本的客户端，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R，输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录，输入health命令，即可使用。
程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据，如果需要批量执行NGS分析，可以选取以下任意一种方式进行批量执行： 方式一：对于输入参数，打开“并发”开关，在启动作业时，每个参数可以设置多个参数值，自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。
是 需要进入的项目名称，名称在创建项目时由用户填写。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 执行如下命令，切换到名为“lmx-test-01”的项目。 health switch project
与其他云服务的关系 统一身份认证服务（IAM） 统一身份认证（Identity and Access Management，简称IAM）是华为云提供权限管理的基础服务，可以帮助您安全地控制华为云服务和资源的访问权限。 医疗智能体使用IAM实现认证功能。 对象存储服务（OBS） 对象存储服务（Object
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 响应参数 状态码：
OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作，即Notebook中的数据和被挂载的OBS路径中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据，会同步到Notebook中，Notebook中的操作也会同步到OBS中，如图
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 响应参数 状态码：
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 响应参数 状态码：
如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下，单击右上角“Open JupyterLab”，然后选择“Terminal”，进入Terminal界面。 图1 Terminal
若您本地有需要分析的二代基因组数据，则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。 若没有，可以先订阅资产市场里的示例数据进行分析，这里先用资产市场中的“人类基因组数据”和“NGS小数据集”进行分析。 图3 订阅数据 可以在“数据”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图4 查看订阅的数据 步骤3：启动作业
Handelsman 等1998年提出的新名词，其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature”，即环境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。宏基因组学
清理本地记录的上传文件 上传对象时，支持断点续传功能，本地因此可能会残留上传异常产生的文件，可以使用该命令对异常文件进行清理。 命令结构 health clear [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 upload -u 是 上传文件时，本地生成的断点目录。 命令示例
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数
应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时，需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如，设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时，首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照Fa
不同类型的归档，费用分别是多少 选择归档存储类别涉及以下三种计费： 归档类别数据的存储费用 恢复归档数据的流量费用 提前删除归档数据（不满90天）收取的费用 存储类型 存储空间（按需） 存储套餐包（1TB 1年） 数据取回（直读） 数据取回（加急/标准） 删除对象 标准存储 0.0990元/GB/月
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
几种不同类型的归档，区别是什么 标准存储 标准存储访问时延低和吞吐量高，因而适用于有大量热点文件（平均一个月多次）或小文件（小于1MB），且需要频繁访问数据的业务场景。 适合高性能，高可靠，高可用，频繁访问场景。 归档存储 归档存储适用于很少访问（平均一年访问一次）数据的业务场景，
享，执行此类操作需要该项目的成员拥有相关权限。 冻结：项目当前不可用。处于“冻结”状态的项目，用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况。冻结的项目可以通过解冻操作重新激活。 删除中：项目删除中。需先冻结项目，才能执行删除操作。删除的核心项目，将进入“待删除项目”列
在创建Notebook时，如果“存储配置”选择的是“OBS”。Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作，即Notebook中的数据和OBS中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据，会同步到Notebook中，Notebook中的操作也会同步到OBS中，如图2所示。
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