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流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所有的蛋白质和配体小分子文件里面的小分子进行一一对接。 超时时间 根据受体配体对个数进行调整,一个受体配体对对接大约需要25s。
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件,启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是
生成相互作用2D图 功能介绍 生成相互作用2D图,若不提供配体文件,则受体文件中必须包含配体;若提供配体文件,则受体中的配体(若有)则会被忽略。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/d
修改权限 修改目录、文件权限。 命令结构 health chattri [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --path -p 附加参数,可选。 修改权限的目录或文件绝对路径。 --delete-policy -d 附加参数,可选。 设置目录或文件是否允许删除。取值包括:allow、deny。
在详情页可以查看作业执行命令、配置参数、流程配置文件、执行日志、报告信息。 图1 作业相关信息 Tasks相关信息 在详情页可以查看每个Tasks的相关信息。单击每个task可以打开Task详情,查看对应的processname和执行日志。 图2 Tasks相关信息 管理作业 克隆
创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。
几种不同类型的归档,区别是什么 标准存储 标准存储访问时延低和吞吐量高,因而适用于有大量热点文件(平均一个月多次)或小文件(小于1MB),且需要频繁访问数据的业务场景。 适合高性能,高可靠,高可用,频繁访问场景。 归档存储 归档存储适用于很少访问(平均一年访问一次)数据的业务场景
容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker
获取应用yaml模板。 单击“上传应用”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get app -s命令获取创建应用的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 修改应用yaml模板。 在
获取流程yaml模板。 单击“上传流程”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 修改流程yaml模板。
通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径,可以是zip或nf文件。 --name
在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子:只能绘制一个分子,能够输入分子的SMILES。 选择文件:选择分子文件,最多支持100万个小分子,且分子文件大小不超过2GB。支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。文件来源包括数据中心和示例数据。 手动输入:
要保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分析、合规审计、资源跟踪和问题定位等常见应用场景。您可以在项目的“设置”页面下载最近7天的数据审计日志,其他操作的审计日志请登录云审计服务控制台查看。
递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹(包含src文件夹本身)至本地data路径,且下载过程中不进行询问提示。 health download /src/ D:\local\data -r -f 递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹(不包含src文件夹本身)至本地d
修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片,进入上传文件页面。 在上传页面右侧,选择上传受体,上传配体,选择中心配体。 上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体:配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件,且只支持3D结构。 选择参考配体:当前自由能微扰支持自动规
保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分析、合规审计、资源跟踪和问题定位等常见应用场景。您可以在项目的“数据审计”页面下载最近7天的数据审计日志,其他操作的审计日志请登录云审计服务控制台查看。
您可以通过“上传靶点”,将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件,提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后,运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体: 将原始配体作为口袋位置,也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。
单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数:合成路径规划的路径数量。路径数量增加,将展示更多的合理合成路
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 receptor 是 ReceptorDto object 受体文件。 ligand 是 DrugFile object 配体文件。 engine 否 String 引擎,默认为AUTODOCK_VINA。 缺省值:AUTODOCK_VINA