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单击“立即发布”。 系统跳转到“我的发布”页面,可以查看发布的流程状态。当流程发布成功后,可以在“资产市场>组织共享”中查看发布的流程。 已发布的流程不能直接编辑和删除,需下线后才能编辑和删除。 发布中的流程可以取消,取消后状态为发布失败。 已发布的流程可以订阅和下线。 同一个发布者可以
删除流程 功能描述 删除指定workflow。 命令结构 health nextflow delete workflow ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 模板id 命令示例 health nextflow delete workflow 550
删除流程 使用delete命令删除指定流程。 命令结构 health delete workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 流程的ID(workflow-id)或流程的名称、版本、所在项目名称(workflow-name:
路径在新建流程和运行分析作业时可指定。 新建流程 单击“新建流程”,进入流程设计器页面。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具,详细介绍请参见流程设计器。新建流程时,自动保存默认打开。 图1 新建流程 填写流程参数信息,填写完成后单击“确定”。 填写流程基本参数,
最小长度:1 最大长度:24 响应参数 状态码: 200 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 流程id 请求示例 订阅流程,订阅后流程的名称为dest_workflow_name,版本为1.0.0。 https://eihealth.cn-north-4
发布流程 功能介绍 发布流程 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows/{workflow_id}/publish 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
上传流程 通过在本地修改流程的yaml模板,上传流程至项目中。 获取流程yaml模板。 单击“上传流程”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或
参数类型 描述 name 是 String 流程名称,取值范围[1,56],允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)和下划线(_)。更新流程时,流程名称不支持修改。 最小长度:1 最大长度:56 version 是 String 流程版本,取值范围[1,24],以小写字母或数
参数类型 描述 name 是 String 流程名称,取值范围[1,56],允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)和下划线(_)。更新流程时,流程名称不支持修改。 最小长度:1 最大长度:56 version 是 String 流程版本,取值范围[1,24],以小写字母或数
File 流程文件,文件大小[0,10M] name 是 String 流程名称,取值范围[1,56],允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)和下划线(_)。更新流程时,流程名称不支持修改。 最小长度:1 最大长度:56 description 否 String 流程描述 取值范围[0
本地workflow文件路径,可以是zip或nf文件。 --name -n 是 流程名称。 --description -d 否 workflow的详细描述信息。 --labels -l 否 流程标签列表。以","分隔,如:"a,b"。 --main_file -m 否 流程主文件名,默认为:main.nf。 --params
管理流程 流程创建成功后,您可以对流程进行编辑,删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程,单击操作列的“编辑”,进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改,您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页
新建流程 选择“工具>Nextflow”,单击“新建流程”。 填写流程基本信息。 名称:设置流程名称。名称长度为1-56,只允许出现中划线、下划线、字母和数字。 标签:选择流程标签,最多可添加5个。 描述:设置流程相关描述。 单击“下一步”,添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”,添加流程文件。
删除流程 功能介绍 删除流程 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows/{workflow_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
查询流程详情 功能描述 查询指定workflow详情。 命令结构 health nextflow get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 流程ID,指定后获取流程ID对应的流程详情。不指定时,获取的是流程列表。
最小长度:4 最大长度:1023 params 否 File 流程参数列表文件,取值范围[0, 10M] 响应参数 无 请求示例 更新Nextflow流程,修改流程描述为description,标签为labelA,labelB,流程主文件为main.nf https://eihealth
删除流程 功能介绍 删除流程 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{e
流程管理 发布流程 导入流程 订阅流程 获取流程列表 创建流程 获取流程详情 更新流程 删除流程 父主题: 应用管理
通过VariantQC对vcf进行质量控制,输出变异数目,变异类型统计等指标。 流程优势 使用Unix管道技术连接比对和排序步骤,以缩短bwa和samtools的存放、读取、删除中间文件的时间。 流程针对GATK4中的限速步骤,进行了系统的优化加速。流程从contig-file中提取contig,根据con