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配置OBS访问权限 OBS服务 OBS全称Object Stroage Service(对象存储服务),提供海量、安全、高可靠、低成本的数据存储能力,可供用户存储任意类型和大小的数据。 宫颈癌细胞病理筛查API支持直接使用华为云OBS服务进行数据的存储,以减少服务使用成本,降低服务的响应时长,提升服务使用的体验。
虚拟药物筛选支持使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。该流程可以实现以下功能。 整合分子对接结果,生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象,用于可视化展示。 对配体分子进行注释,包括DrugBank编号、分类、化学式、XL
None 医学文本标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行数据管理和标注 07:08 医学文本管理和标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行团队标注 05:44 医学文本团队标注 药物虚拟筛选 医疗智能体 EIHealth 药物虚拟筛选
String 内存物理规格描述信息 netcard_detail String 网卡物理规格描述信息 cpu_arch String 裸金属服务器的CPU架构类型 gpu_info String GPU信息 请求示例 查询计算资源规格 /v1/{project_id}/system/
选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所有的蛋白质和配体小分子文件里面的小分子进行一一对接。 超时时间 根据受体配体对个数进行调整,一个受体配体对对接大约需要25s。 图2 运行信息 单击“提交”,运行作业。 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
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输入分子 单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,如果需要设置靶点,并且将对接结合能作为一个约束条件进行优化,需要进行配置。最多可添加2个靶点。在添加靶点后,会进行单分子预对接,可查看Top1的对接打分与构象。 如果不需要设置靶点,此步骤可以进行省略,如果设置了靶点,作业运行时间会加长。
覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu 否 String gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
步骤1:安装容器引擎 在制作自定义镜像时,您需要准备一台安装有Docker的机器。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker
置靶点,并且将对接结合能作为一个约束条件进行分子生成,需要进行配置。最多可添加2个靶点。 如果不需要设置靶点,此步骤可以进行省略,如果设置了靶点,作业运行时间会加长。 通过“靶点设置”上传靶点,并且设置对接口袋。 此处靶点设置为可选参数,如果选择靶点设置,可以将对接活性作为一个约
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2
gpu: '0' # gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8 。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。
覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu 否 String gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
设置靶点口袋发现文件 查看靶点口袋发现结果。 单击作业名称,在输出结果页面,可以单击“查看轨迹”,下载运动轨迹。可以单击”下游分析”,将发现的口袋作为对接口袋进行分子对接。也可以在右边口袋列表中查看口袋信息。 单击口袋列表的,可以收藏靶点口袋发现结果,收藏后可在收藏夹页进行查看。 图2 查看靶点口袋发现结果
支持分子的编辑、标注。 测量、测量距离、角度、二角面等。 结构叠合,将不同结构叠合在一起,用于比较结构差异。 输出指定蛋白口袋的位置及大小,用于分子对接。 导出不同分辨率的图片文件。 播放与制作分子动力学轨迹动画。 父主题: 通用工具
约束与限制 您能创建的EIHealth资源的数量与配额有关系,具体请参见服务配额。 更详细的限制请参见具体API的说明。 父主题: 使用前必读
Docking Summary 对一组小分子化合物配体和一组蛋白受体进行分子对接,汇总分子对接结果,用于可视化展示。 该流程主要完成的功能包括:整合分子对接结果,生成结合能矩阵、整合受体与分子对接产生的配体构象,进行可视化展示、对配体分子进行注释,包括:DrugBank编号、
储、对象存储、VPC网络、弹性公网IP、镜像等公共服务。Region分为通用Region和专属Region,通用Region指面向公共租户提供通用云服务的Region;专属Region指只承载同一类业务或只面向特定租户提供业务服务的专用Region。 可用区(AZ,Availability
数据管理命令 列举对象 显示当前目录 切换路径 文件拷贝 创建子目录 上传数据 清理本地记录的上传文件 下载数据 删除数据 数据导入 创建归档 获取归档数据 删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步
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