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启动作业 - 医疗智能体 EIHealth
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件,启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
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上传镜像到SWR镜像仓库 - 医疗智能体 EIHealth
上传镜像到SWR镜像仓库 上传镜像前,您需要安装容器引擎并完成镜像的制作,详细操作请参考安装容器引擎、制作Docker镜像。如果您已经安装了容器引擎,请跳过该步骤。 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构
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上传流程 - 医疗智能体 EIHealth
'summary' # 流程简述 取值范围[0,128] description: 'description' # 流程描述 取值范围[0,65535],后续支持markdown文本
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创建数据库模板 - 医疗智能体 EIHealth
模板名称,带此参数时会覆盖yaml文件里面的模板名称。 --description -d 否 描述,带此参数时会覆盖yaml文件里面的模板描述。 --yaml -y 是 本地模板yaml文件。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为
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导入用户 - 医疗智能体 EIHealth
用户资源配额:设置用户的个人资源配额。详细请参考个人资源配额。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,单击“关闭”。可以在用户管理页面查看导入成功的用户信息。 导入的用户,不支持删除,只支持移除,移除后不影响该用户操作其他服务。 图3 查看导入用户 医疗平台用户会在IAM中赋予以下
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查询应用 - 医疗智能体 EIHealth
description: dasdad enum: [] values: [] - name: input2 pattern: "" type: FILE required: false description: ""
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方式3:自定义镜像运行FastQC流程 - 医疗智能体 EIHealth
有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜
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什么是医疗智能体eihealth-toolkit - 医疗智能体 EIHealth
示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64.zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64.tar、health-linux-aarch64
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启动作业 - 医疗智能体 EIHealth
和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu_type 否 String gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
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步骤4:查看与执行操作命令 - 医疗智能体 EIHealth
步骤4:查看与执行操作命令 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。 执行health
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创建流程 - 医疗智能体 EIHealth
和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu_type 否 String gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
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更新流程 - 医疗智能体 EIHealth
和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu_type 否 String gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
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命令行工具概述 - 医疗智能体 EIHealth
ID):访问密钥ID。 --sk -s 是 SK(Secret Access Key):与访问密钥ID结合使用的密钥。 --region -r 是 服务区域名称。 --platform-id -i 是 平台ID,获取方法请参见获取认证信息。 --iam-endpoint -m 否 IAM终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。
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文件拷贝 - 医疗智能体 EIHealth
可以是任意两个OBS服务的桶。 若设置了该参数,必须确保更新了配置文件中客户端跨区域复制的相关配置信息,具体可参考更新配置文件。复制时源桶对应的配置信息为配置文件中的:akCrr/skCrr/tokenCrr/endpointCrr,目标桶对应的配置信息为配置文件中的:ak/sk/token/endpoint。
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作业执行失败排查思路 - 医疗智能体 EIHealth
写入同一个文件导致的异常,若不存在请联系服务技术支持解决。 解决方案 平台提供了作业级输出路径,流程级输出路径,子任务级输出路径用于做不同层级的文件隔离。如下图所示,如果三者填写的路径相同,请修改输出路径后重试,如果填写的不同,请联系服务技术支持解决。当三者均不填写时,平台会自动生成随机路径。
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引用数据库或者导入数据到指定数据库 - 医疗智能体 EIHealth
号(;)分隔;导入数据到数据库时不支持多个实例id。 --project -p 否 源项目名称,使用此参数时代表引用数据库实例。 --skip-lines -s 否 跳过的header行数,导入数据到数据库时此参数必填。 --delimiter -e 否 分隔符(;,\t),导入数据到数据库时此参数必填。
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分子生成 - 医疗智能体 EIHealth
分子生成基于盘古药物分子大模型,对初始数据集进行采样,多目标、多方向的快速生成新颖且与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“分子生成”功能卡片,进入配置页面。 输入初始数据集,有两种输入方式: 选择文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件; 小分子支持10-10000个。如果没有
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创建notebook - 医疗智能体 EIHealth
notebook名称。 取值范围[1,63],仅支持小写字母、数字、中划线(-),开始只能是小写字母,结束只能是小写字母或数字。 --description -d 否 描述。长度范围为[0,1024]。 --image -i 是 notebook镜像,支持PY3或者指定项目中镜像(格式
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创建分析作业 - 医疗智能体 EIHealth
填写信息确认无误后,单击“确定”,进入流程设计器页面。 单击输入参数图标,设置输入数据。 单击应用图标,弹出编辑图标,单击按钮,设置应用参数。 参数确认无误后,单击界面上方“启动作业”按钮,可以直接基于该流程创建分析作业。 克隆作业 克隆已有的分析作业,作业的参数及流程一并克隆到流程设计器中。克隆作业后,请
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分子对接 - 医疗智能体 EIHealth
传受体文件,进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式,若文件中存在多个受体,默认只处理第一个。受体文件支持上传1个或者多个文件,最多支持输入20个受体文件,文件来源包含数据中心、PDB库、示例数据。 图1 上传受体文件 受体预处理参数配置。 去水:去掉受体蛋白里面的水分子。