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创建作业 创建作业有以下几种不同的方式,您可以任选其中一种方式。 通过功能模块创建 通过作业中心页面创建 •新建作业 •克隆作业 通过“功能模块”创建 在“功能模块”页面,选择对应的模块,单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面,配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建
管理作业 在“作业中心”页签,您可以查看已创建的作业。在操作列,您可以对已创建的作业执行克隆、删除操作。支持对等待中的作业进行取消操作,取消后作业不计费,运行中的作业不能取消。 删除单个作业 选择需要删除的作业,单击“操作”列“删除”即可。 图1 删除单个作业 批量删除作业 一次
分子搜索作业管理 创建分子搜索作业 查询分子搜索作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用
获取项目 使用get命令获取当前用户有权限访问的所有项目列表,以及项目信息,包含项目名称、ID、所有者、项目角色、存储大小、状态、创建时间、更新时间。 在使用该命令前,您需要通过平台创建项目。 命令结构 health get project <project-name> [flags]
文件拷贝 使用cp命令将源路径中的文件拷贝到指定路径。同时,该命令支持拷贝其他项目中的数据。 命令结构 health cp <srcdir> <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 srcdir 无 是 源路径,支持本项目和其他项目的路径。
上传数据 使用upload命令,将本地数据上传到EIHealth平台。该命令不支持将数据上传到引用目录。 最小可以上传0Byte的空文件或文件夹,最大可以上传48.8TB的单个文件。 数据在上传的过程中,受网络影响可能出现损坏,上传命令默认会在上传完成后,验证项目中数据的MD5值
修改流程 使用edit或update命令修改流程的内容,流程的名称和版本不支持修改。 命令结构 health edit workflow ID [flags] # edit和update作用相同 health update workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数
创建归档 使用create命令创建数据归档。 命令结构 health create archive <archive-name> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-name 无 是 归档名称。
移动对象 使用mv命令移动对象或批量移动对象。 命令结构 health mv <object> <object-dest> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 object 无 移动对象时必选 批量移动时可选 移动对象时的源对象名,或批量移动时源对象名前缀。
修改流程 功能描述 修改指定workflow内容(名称不支持修改)。 命令结构 health nextflow edit workflow ID [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 流程id。 --workflow -w 否 本地work
删除流程 功能描述 删除指定workflow。 命令结构 health nextflow delete workflow ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 模板id 命令示例 health nextflow delete workflow 550
如何搭建Docker环境? 制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像)
新建作业 Nextflow作业依托于流程运行,需要您先新建流程,再基于流程创建作业。 选择“作业>分析作业>Nextflow”,单击“新建作业”。 设置作业参数。 作业名称:设置作业名称。名称长度为1-63,只允许出现中划线、字母和数字。 标签:设置作业标签。最多可以设置5个。 描述:作业描述。
关键概念 盘古药物分子大模型 盘古药物分子大模型是基于华为与中科院上海药物所共同研发、专门面向药物研发领域推出的预训练大模型,旨在帮助医药公司开启AI辅助药物研发的新模式。盘古药物分子大模型学习了17亿个药物分子的化学结构,模型参数上亿,是目前最大的小分子药物模型。华为盘古药物分
相关参数 物化性质(Physicochemical Property) Molecular Weight (MW): 分子量大小,包含氢原子,最佳分子量在100~600之间。 Molecular Refractivity (MR): 总极化率,取决于分子的温度、折射率和压力。 Volume:
基本概念 盘古药物分子大模型 盘古药物分子大模型是基于华为与中科院上海药物所共同研发、专门面向药物研发领域推出的预训练大模型,旨在帮助医药公司开启AI辅助药物研发的新模式。盘古药物分子大模型学习了17亿个药物分子的化学结构,模型参数上亿,是目前最大的小分子药物模型。华为盘古药物分
PropDefinition object 属性定义的元信息 表12 PropDefinition 参数 参数类型 描述 id String 属性业务侧ID 最小长度:1 最大长度:128 name String 属性名称 最小长度:1 最大长度:32 type String 属性类型 枚举值:
otation”查看模板详情。 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 数据库呈现了新冠病毒靶点蛋白和药物的结合能信息。“神农项目”是抗疫期间医疗智能体团队联合多家科研单位,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过
速度,有力推动了相关研究。目前,NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。 本示例中NGS流程基于医疗智能体(EIHealth)平台搭建,流程以fastq格式数据作为输入,对碱基的质量信息进行评估,判断可靠程度,通过质控、比对、变异检测等步骤,