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参数类型 描述 pairs Array of LigandSimilarityGraphTaskResultPairDto objects 配体相似度图任务结果对列表。 数组长度:1 - 100 表5 LigandSimilarityGraphTaskResultPairDto 参数
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据,批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节
创建聚类分析作业 功能介绍 创建聚类分析作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/clustering 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
生成分子SDF三维结构 功能介绍 生成分子SDF三维结构。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/sdf 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
Docker安装成功 步骤2:制作镜像 方法1:直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。 docker pull biocontainers/fastqc:v0.11.5 方法2:通过Dockerfile制作FastQC镜像。 执行vi Dockerfile命令,进入Dockerfile文件中,编写文件。
高。 数组长度:0 - 2 weak_constraints Array of WeakConstraintDto objects 弱约束集合。 strong_constraints Array of StrongConstraintDto objects 强约束集合。 sampler_mixin_weight
basic_info DrugJoDto object 作业基本信息。 file DrugFile object 分子文件。 failed_reasons Array of FailedReasonRecord objects 部分失败原因和数量。 job_result JobResult object
2个字符,SMILES不支持输入空格或者中文。 选择基模型:选择基模型,此参数只有专业版支持。基模型列表见AI建模。 选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。属性模型的基模型必须与上一步所选择的基模型一致。
String 作业创建时间。 finish_time String 作业结束时间。 start_time String 作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir
修改供应商logo和名称配置 使用update或edit命令修改供应商logo和名称配置。 命令结构 health edit vendor-config [flags] 或者 health update vendor-config [flags] # 其中vendor-config可简写为vc
修改数据库实例 使用edit命令修改数据库实例。 命令结构 health edit database instance <instance-id> [flags] 或者 health edit db instance <instance-id> [flags] 表1 参数说明 参数
上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。
生成分子SVG图 功能介绍 生成分子SVG图。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/svg 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
靶点口袋分子设计作业管理 创建靶点口袋分子设计作业 查询靶点口袋分子设计作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
genomeagent镜像功能点介绍 此章节介绍genomeagent镜像的基本功能。 功能点1:自动生成任务计划、自动生成子步骤代码 功能点2:自动提交EIFlow代码任务 功能点3:报错时自动修正 报错时自动修正 报错时用户介入修正。 功能点4:特定步骤中断(人为or非人为),前序步骤状态继承,重新执行中断步骤
"smiles" : "c1ccccc1", "main" : true }, { "name" : "MolB", "smiles" : "c1ccccc1", "main" : false } ] } 响应示例 状态码: 201 配体相似度图任务创建成功响应。
创建分子对接作业 功能介绍 创建分子对接作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
单分子文件格式转换 功能介绍 单分子文件格式转换。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/format-converter 表1 路径参数 参数 是否必选
聚类分析 聚类分析工具可以通过骨架聚类方法,将大型小分子数据库中结构相似的化合物聚成一类,从而找到有效骨架 ,辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片,进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式:选择文件和手动输入类型。 上传分子文件:选择
object FEP设置参数。 job_result JobResult object 作业结果信息。 part_failed_reason Array of FailedReasonRecord objects 部分失败原因和数量。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述