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创建模型 功能介绍 创建模型。 URI POST /v1/{project_id}/drug-models 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2
CSS集群解绑 功能介绍 CSS集群解绑。 URI DELETE /v1/{project_id}/drug/css-clusters/{css_cluster_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
靶点口袋发现作业管理 创建靶点口袋发现作业 查询靶点口袋发现作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
分子属性预测作业管理 创建分子属性预测作业 查询分子属性预测作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签,单击“新建研究”。 图1 新建研究
2个字符,SMILES不支持输入空格或者中文。 选择基模型:选择基模型,此参数只有专业版支持。基模型列表见AI建模。 选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。属性模型的基模型必须与上一步所选择的基模型一致。
basic_info DrugJoDto object 作业基本信息。 file DrugFile object 分子文件。 failed_reasons Array of FailedReasonRecord objects 部分失败原因和数量。 job_result JobResult object
修改供应商logo和名称配置 使用update或edit命令修改供应商logo和名称配置。 命令结构 health edit vendor-config [flags] 或者 health update vendor-config [flags] # 其中vendor-config可简写为vc
修改数据库实例 使用edit命令修改数据库实例。 命令结构 health edit database instance <instance-id> [flags] 或者 health edit db instance <instance-id> [flags] 表1 参数说明 参数
上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。
生成分子SVG图 功能介绍 生成分子SVG图。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/svg 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
靶点口袋分子设计作业管理 创建靶点口袋分子设计作业 查询靶点口袋分子设计作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
genomeagent镜像功能点介绍 此章节介绍genomeagent镜像的基本功能。 功能点1:自动生成任务计划、自动生成子步骤代码 功能点2:自动提交EIFlow代码任务 功能点3:报错时自动修正 报错时自动修正 报错时用户介入修正。 功能点4:特定步骤中断(人为or非人为),前序步骤状态继承,重新执行中断步骤
value_range ValueRange object 区间上下限,仅回归型存在。 description String 模型描述信息。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 losses Array of floats 模型训练loss信息。
String 分子聚类输出结果。 status String 作业结果信息。 failed_reasons Array of FailedReasonRecord objects 部分失败原因和数量。 表13 FailedReasonRecord 参数 参数类型 描述 reason String
"smiles" : "c1ccccc1", "main" : true }, { "name" : "MolB", "smiles" : "c1ccccc1", "main" : false } ] } 响应示例 状态码: 201 配体相似度图任务创建成功响应。
最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 status_list 否 Array 作业运行状态列表, 支持WAITING|RUNNING|FINISHED|FAILED|CANCELLED。 数组长度:0 - 10 type_list 否 Array 作业类型列表, 支持DO
平台会将用户输入的分子量作为强约束对分子设计过程进行限制,不合适的分子量范围可能会导致没有结果输出。 选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。 名称:可修改,修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符;仅
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2
使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。