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PocketFragment objects 配体文件列表。 数组长度:1 - 1 num_trials Integer 生成分子数量。 最小值:1 最大值:5000 缺省值:1000 model_list Array of BasicDrugModel objects 模型列表。 molecular_weight
功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 资产市场,提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。 提供了数据库的创建、查询和管理能力。 支持药物虚拟筛选能力。 命令行工具迭代更新。 开放镜像管理类API。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2021年3月
内置大量生物医疗领域标准分析流程,并结合华为特有的高性能云计算,多样性算力,大数据等技术加速计算过程。 支持十亿节点、百亿边的超大规模图数据库查询,提供适用于基因和生物网络数据的图深度学习算法。 拥有基于基因组数据自动深度学习的技术框架AutoGenome,深度融合人工智能技术,
Score(有靶点)、Score、QED、SaScore Vina Score:代表分子如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序 Score:代表生成小分子的综合打分 QED:代表分子的成药性。 SaScore:代表合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。 图10 查看结果(2)
add_hydrogen 否 Boolean 增加氢原子。 缺省值:false 表4 ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值:
本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。 图1 药物筛选之旅 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
自动作业结束时间 database_id String 自动作业依赖的数据库ID database_column String 自动作业状态更新列 database_column_type String 自动作业状态更新列的类型,不填默认为EXISTED clean_database_column
最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 作业基本信息。 smiles_list 否 Array of strings 分子表达式列表。 最小长度:1 最大长度:512
最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 receptors 是 Array of CpiReceptor objects 受体文件列表。 数组长度:1
状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info 表14-12 object 作业基本信息。 receptors Array of 表14-14 objects 受体文件列表。 数组长度:1 - 100 ligands Array of 表14-15 objects
最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 smiles_list Array of strings 分子表达式列表。 最小长度:1 最大长度:512 数组长度:10
最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 smiles String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 molecule_file
最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 smiles 否 String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512
启动作业时,如果包含不存在的计算节点标签,回显类似下图,请先添加计算节点标签。 计算节点标签添加方法:在平台右上角单击用户名,选择“系统资源 > 计算资源”,在计算节点的操作列单击“更多 > 标签管理”,添加标签。上图示例中需要添加的标签名称为labelsss1。 使用本地已填写好的作业模板job
状态码: 200 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 residues Array of ResidueDto objects 受体中的氨基酸残基列表。 ligands Array of ReceptorLigandInfoDto objects 受体中的配体列表。 数组长度:0
最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 receptor 是 RunReceptorPreprocessReq object 受体蛋白文件。 ligand 是 ReceptorDrugFileReq object 配体小分子文件。 表4 RunReceptorPreprocessReq
如果上传的流程中包含镜像,单击镜像管理跳转至本项目的镜像管理列表,进行镜像上传,具体可参考导入或上传镜像。 图1 添加流程文件 添加完成后,单击“下一步”,配置流程参数。 添加参数方式支持两种,一种为单击进行添加,一种为单击进行添加。如果参数比较多,建议使用“上传参数”方式。 上传参数方
最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 count Integer 桶个数 buckets Array of BucketDto objects 桶列表 表5 BucketDto 参数 参数类型 描述 name String
完成之前默认未勾选。您也可以添加路径或者重置路径。添加路径和重置路径可以通过单击右边的“添加路径”或者“重置”进行操作。添加路径也可以在左侧微扰图中直接通过两个分子之间进行连线添加。可以在微扰图中单击某条待计算路径上的,删除该条待计算路径。 图2 添加或者删除待计算路径 图3 选择配体对
失败原因,当自动作业执行失败时会返回,比如依赖的数据表,流程不存在等等 user_name String 自动作业的创建者 tool_info ToolInfoDto object 作业依赖的组件信息 database_id String 自动作业依赖的数据表ID database_name String 自动作业依赖的数据表名称