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配置完成后,运行docker命令,可查看docker的信息。 图1 docker信息 构建fastqc镜像。 可以在dockerhub官网上进行搜索,选择出对应的名称与版本。 可以使用docker search fastqc命令进行搜索镜像。 若dockerhub上没有想要的镜像,可以利用基础的操作系统镜像进行构造,构造方式请参见用户指南。
将gatk-markduplicates的输出参数markduped-bam与gatk-bqsr、gatk-applybqsr的输入参数markduped-bam相连。将gatk-bqsr的输出参数recal-table与gatk-applybqsr的输入参数recal-table相连。 图4
设置平台数据归档的区域。 在账号下面选择“系统设置”。 图1 选择系统设置 进入系统设置页面,设置数据归档配置区域。 图2 配置数据归档区域 父主题: 系统设置
data_list:存储在平台项目的OBS中的数据文件路径,所在项目与当前开发环境项目需一致,建议为相对路径且在开发环境中当前python进程工作目录下能访问;以及提供自然语言表述的数据含义。 # output_dir:存储在平台项目的OBS中的数据输出路径,所在项目与当前开发环境项目需一致,建议为相对路径且
数据库管理 数据库管理 模板管理 父主题: API(医疗智能体平台)
通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
结构叠合,将不同结构叠合在一起,用于比较结构差异。 输出指定蛋白口袋的位置及大小,用于分子对接。 导出不同分辨率的图片文件。 播放与制作分子动力学轨迹动画。 父主题: 通用工具
retry data-job 122344 # 返回结果如下 retry data job 1234356 successfully! 父主题: 数据管理命令
cancel data-job 1234356 # 返回结果如下 cancel data job 1234356 successfully! 父主题: 数据管理命令
delete data-job 12344567 # 返回结果如下 delete data job 1234356 successfully! 父主题: 数据管理命令
当由引用数据的路径,切换到自己项目数据时,需指明具体的路径。 health cd gene-assent:/DataSet/ health ls 父主题: 数据管理命令
Region Id Current Region cn-north-7 true 父主题: 数据管理命令
delete database instance 12345678 # 返回结果如下 delete database successfully! 父主题: 数据库管理命令
总极化率,取决于分子的温度、折射率和压力。 Volume: 范德华体积。 Density: 密度,Density = MW / Volume。 pKa: 酸解离常数,该值与化合物的结构直接相关。 Check Acid: 酸碱性,acid为分子呈酸性,base为碱性。 nHA: Number of hydrogen
health delete db template 123345 # 返回结果如下 delete template successfully! 父主题: 数据库管理命令
上角单击“新增行”按钮。 图3 新增行 在新增的数据行中,填写数据。 新增的行的数据请按照模板的格式填写。 填写完成后,单击“保存”。 父主题: 数据库管理
”,进入Terminal界面。 图1 Terminal 例如,您可以执行wget命令在公开数据集中下载基因组测序数据。 图2 执行命令 父主题: Notebook
消息中心管理 节点标签管理 医疗平台信息获取 性能加速资源管理 资源监控数据获取 存储资源查询 系统配置和供应商配置 系统配额及资源使用情况获取 父主题: API(医疗智能体平台)
图6 新建作业 在作业页面添加好运行参数,添加方式与方式1相同。 配置好参数后,单击右上角“启动作业”按钮启动作业,同时会跳转回作业列表。 图7 作业列表 步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果 查看方法与方式1相同。 父主题: 运行作业