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单击“查看3D”可以看到小分子和靶点的对接构象。 图7 查看3D 单击配体对比,可以计算对接后的构象与输入小分子的RMSD值和输入小分子和靶点的相互作用2D图。 图8 设置配体对 图9 配体对接结果图 单击查看2D相互作用图,可以看到对接后的小分子构象与蛋白的2D相互作用图,并且支持相互作用2D图下载。 图10 查看2D相互作用图
数据作业管理 获取数据作业列表 获取数据作业详细信息 删除数据作业 取消数据作业 重试数据作业 获取数据作业执行日志 下载数据作业执行日志 父主题: 数据管理
数据库管理 数据库简介 创建数据库模板 导入数据库模板 创建数据库 引用数据库 管理数据库 父主题: 用户指南(基因平台)
数据管理 数据管理简介 添加数据 数据管理常用操作 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
药物数据库管理 创建数据库 获取数据库列表 删除数据库 更新药物数据库 数据库追加文件 父主题: API(盘古辅助制药平台)
数据管理 数据归档 数据管理 数据作业管理 OBS桶管理 父主题: API(医疗智能体平台)
选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。属性模型的基模型必须与上一步所选择的基模型一致。 输出小分子表征:是否输出小分子表征文件,小分子表征文件可以用作训练模型使用,默认是不输出。 作业名称:设置作业名
--vlength -v 否 复制完成后,验证目标桶对象大小是否与源桶中对象的大小一致。 必须与--crr参数配合使用。 --vmd5 -M 否 复制完成后,验证目标桶的MD5值是否与源桶中对象的MD5值一致。 必须与--crr参数配合使用。源桶中对象必须包含元数据x-obs-md
上传数据文件 批量删除项目数据 获取桶列表 查询项目级数据权限控制策略 设置项目级权限控制策略 获取数据详情 设置数据对象策略 发布数据资产 父主题: 数据管理
项目中的数据。 数据在下载的过程中,受网络影响可能出现损坏,下载命令默认会在下载完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health download <srcdir> <destdir> [flags]
8TB的单个文件。 数据在上传的过程中,受网络影响可能出现损坏,上传命令默认会在上传完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health upload <srcdir> <destdir> [flags]
配置完成后,运行docker命令,可查看docker的信息。 图1 docker信息 构建fastqc镜像。 可以在dockerhub官网上进行搜索,选择出对应的名称与版本。 可以使用docker search fastqc命令进行搜索镜像。 若dockerhub上没有想要的镜像,可以利用基础的操作系统镜像进行构造,构造方式请参见用户指南。
夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药物分子与靶酶相互结合,首先就需要两个分子充分接近,采取合适的取向,使两者在必要的部分相互契合,发生相互作用,继而通过适当的构象调整,得到一个稳定的复
数据归档 删除归档 获取指定归档的全数据清单 恢复归档 查询归档列表 归档数据 父主题: 数据管理
数据库资源管理 获取数据库资源规格列表 删除数据库资源 购买数据库资源 查询数据库资源 父主题: 系统管理
平台支持引用其他项目的数据库,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 引用的数据库为只读状态。引用的数据库不支持导入数据。 图1 引用数据库 父主题: 数据库管理
数据库(可选) 数据库对应的是“项目管理>数据库”功能,可按使用需要购买。 图1 购买数据库 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
--yaml和--workflow命令不能同时存在。 --description -d 否 作业的详细描述信息。 --input -i 否 输入参数名称,该参数与流程中的输入参数对应,通过修改--input,修改输入数据。 选择时,input和input-file二选一。 作业运行时,每个应用称之为一
模板管理 从其他项目导入模板 上传模板 查询模板列表 创建模板 查询模板详情 删除模板 父主题: 数据库管理