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创建虚拟药物筛选任务 - 医疗智能体 EIHealth
to pdbqt:将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf:将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor pdb to pdbqt:将受体的pdb文件转换为pdbqt文件。 task-4-qvina-w:分子对接。
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应用场景 - 医疗智能体 EIHealth
物,从而快速为药物研究和临床试验提供方向。 药物筛选通常分为靶点蛋白确定、候选药物小分子筛选、试验验证、临床验证四大阶段。 计算机辅助技术可以极快地加速前两个阶段,利用同源建模和分子动力学模拟,从病毒蛋白一级序列快速获得病毒蛋白3D结构,并且依托云端算力实现大规模筛选和成药性分析
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批量执行NGS分析 - 医疗智能体 EIHealth
-i %%a echo/ ) pause 图2 批处理文件说明 如果执行NGS批量任务时需要变更不同的原始数据、参考基因序列、测序平台、文件前缀等,请参考上述批处理文件示例,将需要变更的数据补充完整。 .bat批处理文件需要和命令行工具放在同一路径下,同时,命令行工具需为登录状态。
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如何搭建Docker环境? - 医疗智能体 EIHealth
images查看制作完成的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像 如果后续镜像经常变更(例如某个软件更新版本),建议使用Dockerfile方式制作镜像。如果采用快照方式制作镜像,则每次变更都需要执行操作命令,制作过程较为繁琐。 Dockerfile方式制作镜像是将快照制作的
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制作Docker镜像 - 医疗智能体 EIHealth
在镜像里创建一个指定路径(文件或文件夹)的挂载点,这个容器可以来自主机或者其它容器。多个容器可以通过同一个挂载点共享数据,即便其中一个容器已经停止,挂载点也仍然可以访问。 WORKDIR 为接下来执行的指令指定一个新的工作目录,这个目录可以使绝对目录,也可以是相对目录。根据需要,WORKDIR可以被多次指定。当启动一
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个人设置 - 医疗智能体 EIHealth
个人设置 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,可以修改邮箱、手机号和密码。最终租户仅可修改邮箱和手机号,子用户可以修改可以修改邮箱、手机号和密码。 图1 修改个人信息 父主题: 系统设置
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订阅Docking Summary流程 - 医疗智能体 EIHealth
订阅Docking Summary流程 进入资产市场订阅Docking Summary流程。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
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工具管理简介 - 医疗智能体 EIHealth
应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”页面“工具”页签中,以列表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用
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查看执行结果 - 医疗智能体 EIHealth
查看执行结果 作业运行完成后,可以在“作业中心”页面,单击作业名称,查看输出结果和作业信息。 输出结果 当作业执行成功后,可以在作业中心页面,单击作业名称,查看输出结果。 在输出结果中可以查看下载某个任务或者全部任务的信息,可以在操作列查看3D、合成路径等信息。 图1 输出结果-列表视图
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项目简介 - 医疗智能体 EIHealth
项目信息中提供了项目设置,成员管理,数据审计,您可以通过如下方式查看。 在平台左上角选择项目名称,单击,进入项目设置页面。 图2 查看项目信息 项目设置 在项目设置页面,可以查看项目名称,该项目的数据存储OBS桶名称。所有者可以修改项目描述,转移项目,删除项目。管理员可以修改项目描述,退出项目。操作员可以退出项目。
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使用Docking Summary流程 - 医疗智能体 EIHealth
ligand-smiles-to-3dsdf 将配体的smiles结构式转换为sdf文件。 ligand-3dsdf-to-pdbqt 将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 receptor-pdb-to-pdbqt 将pdb文件转换为pdbqt文件。 qvina-w 执行分子对接操作(此处为blind
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方式1:使用预置的NGS流程 - 医疗智能体 EIHealth
数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2:订阅数据 若您本地有需要分析的二代基因组数据,则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。 若没有,可以先订阅资产市场里的示例数据进行分析,这里先用
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创建自动作业 - 医疗智能体 EIHealth
创建自动作业 针对存在需要批量创建分析作业的场景,您可以选择创建自动作业。 在“自动作业”页签,您可以查看已创建的自动作业,包含作业名称、状态、数据表、创建者、创建时间;在操作列,您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作,运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件 在“工具”中完成流程创建。
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MOL Editor - 医疗智能体 EIHealth
MOL Editor Mol Editor工具可以查看小分子的2D结构,以及编辑分子结构。 单击“立即使用”,进入Mol Editor页面即可操作。可以通过单击右上角的“保存”,将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题: 通用工具
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项目简介 - 医疗智能体 EIHealth
项目是EIHealth平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。您可以创建项目,并向其中上传数据
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合成路径规划 - 医疗智能体 EIHealth
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型,根据给定的目标分子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“立即使用”,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。
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如何将生物信息学软件封装为镜像并上传? - 医疗智能体 EIHealth
步骤1:搭建Docker环境 搭建Docker环境,您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,
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JupyterLab简介及常用操作 - 医疗智能体 EIHealth
进入JupyterLab页面后,您可以单击左上角“Upload”快捷键,从本地选择一个文件上传。 图7 上传文件 编辑文件 JupyterLab可以在同一个窗口同时打开几个Notebook或文件(如HTML、TXT、Markdown等),以页签形式展示。 JupyterLab的一大优点是,可以任意排版多
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管理流程 - 医疗智能体 EIHealth
管理流程 流程创建成功后,您可以对流程进行编辑,删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程,单击操作列的“编辑”,进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改,您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页
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卸载Nextflow - 医疗智能体 EIHealth
卸载Nextflow 功能介绍 卸载Nextflow 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI DELETE /v1/{project_id}/nextflow/engines/{id}