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通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 父主题: Notebook
数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。 对于非挂载目录以外的目录下的文件,重启
Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 FormData参数 参数 是否必选 参数类型 描述 params 否 File 流程参数列表文件,取值范围[0, 10M] 响应参数 无 请求示例 重试Nextflow作业 https://eihealth.cn-north-4
zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图3 复制数据 解除引用 将已经引用的数据解除引用关系。有以下两种方式,可以实现解除数据的引用。 单击“操作”列的“解除引用”,解除数据引用关系。 图4 解除引用 鼠标指向左侧数据列表,选择需要解除引用的数据。单击右侧图标,解除引用关系。
表5 NextflowTaskListDto 参数 参数类型 描述 task_id String 子任务id process String 流程名称 tag String 子任务标识符 hash String 哈希值 status String 子任务状态 container String
平台提供了作业级输出路径,流程级输出路径,子任务级输出路径用于做不同层级的文件隔离。如下图所示,如果三者填写的路径相同,请修改输出路径后重试,如果填写的不同,请联系服务技术支持解决。当三者均不填写时,平台会自动生成随机路径。 图9 作业级输出路径 图10 流程级输出路径 图11 子任务级输出路径
状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String study作业id 请求示例 创建药筛作业,指定已创建的流程作业id、数据库模板id、数据库名称、生成结果的相对路径、输出文件类型 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud
发的新一代分子动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持,已经实现自由能微扰加速10倍以上。 父主题: 盘古辅助制药平台
发的新一代分子动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持,已经实现自由能微扰加速10倍以上。测试 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
获取镜像 获取创建分析应用的镜像 创建分析应用时,您可以通过Docker Hub等镜像仓库,搜索引擎,自己制作等途径获取所需的镜像。 例如,可在Docker Hub获取bwa软件(用于将基因序列比对到参考基因组上)。 以下类型镜像,建议您通过Docker Hub获取,不建议自己制作。
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令,请在本地搭建Docker环境,要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目,需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker
邮箱设置 设置消息发送邮箱 通过设置邮箱,发送平台的通知。设置邮箱功能只有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置邮件配置。 服务器地址:邮箱开通SMTP功能时的服务器地址,不同邮箱开通SMTP方式不同,请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址
finish_time String 自动作业结束时间 failed_reason String 失败原因,当自动作业执行失败时会返回,比如依赖的数据表,流程不存在等等 user_name String 自动作业的创建者 tool_info ToolInfoDto object 作业依赖的组件信息
标签管理:可通过设置系统内置标签“copy-in”,使作业在该计算节点上运行。用户也可以自定义标签,创建应用时,通过设置标签指定应用运行在具有相同标签的计算节点上,实现运行作业按标签进行调度。 调度设置:设置为“不可调度”后,作业将无法运行到此计算节点。 图4 标签管理 计算资源节点自动扩缩容 为了满足客
取值:CANCELLED,COMPLETED,FAILED,RUNNING,SUBMITTED,UNKNOWN --workflowName -w 否 流程名。此参数用于获取作业列表。 --userName -u 否 用户名。此参数用于获取作业列表。 --createStartTime -c 否
添加数据 在添加数据前,您可以创建存储数据的文件夹,将数据存储在对应的文件夹中。如果已有存储数据的文件夹,可以直接添加数据。 (可选)新建文件夹 单击项目名称,并选择“数据”。 图1 数据管理 单击“新建文件夹”,创建文件夹。 文件夹名称命名规则: 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。
添加数据 在添加数据前,您可以创建存储数据的文件夹,将数据存储在对应的文件夹中。如果已有存储数据的文件夹,可以直接添加数据。 (可选)新建文件夹 在项目页面选择“数据中心”。 单击“新建文件夹”,创建文件夹。 图1 新建文件夹 文件夹名称命名规则: 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter No
JupyterLab简介及常用操作 JupyterLab是一个交互式的开发环境,是Jupyter Notebook的下一代产品,可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下
如何在Notebook中安装外部库 在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow-1