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执行此类操作需要该项目的成员拥有相关权限。 冻结:项目当前不可用。处于“冻结”状态的项目,用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况。冻结的项目可以通过解冻操作重新激活。 删除中:项目删除中。需先冻结项目,才能执行删除操作。删除的核心项目,将进入“待删除项目”列表中
基因组分析平台为您提供了多种分析流程,帮助您快速完成分析任务。 Notebook Notebook是一个交互式应用程序,提供开发调试、代码运行、文档编写和结果展示等功能。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 镜像
大模型输出计划步骤 图2 写出生信代码 图3 自动执行完成 可以在jupyter的文件系统中看到运行结果,也可以在基因平台项目的数据页面查看文件结果: 图4 jupyter中查看运行结果 图5 基因平台查看运行结果 在基因平台项目中查看自动投递的作业。 图6 查看自动投递的作业 父主题: genomeagent镜像
库。 镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。 应用管理 应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 您可以使用该工具创建应用,并进行修改、删除、查询、导入操作。 流程管理 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数
上传对象时生成结果清单文件。 --arcDir -g 否 上传文件成功后的归档路径,上传成功后的文件会移动到该本地路径下。 --dryRun -y 否 测试模式运行,不执行实际的上传操作。 --link -K 否 上传软链接文件/文件夹指向的真实路径。 如果未指定该参数,而待上传的文件是一个软链接且该
超时时间:作业运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟,即作业运行至多100天。 加速类型: 加速效率:IO加速>本地盘加速>无 无:作业运行于OBS中,不使用加速。 IO加速:IO加速使用弹性文件服务(SFS)提供高性能的数据读写,作业运行时,会
结果解释:超过2个及以上不满足以上规则,代表吸收和渗透性较差。 Pfizer Rule: Pfizer规则,logP <=3;TPSA>=75。 结果解释:两个都不满足的话,代表有毒性。 GSK Rule: GSK规则,MW ≤ 400; logP ≤ 4。 结果解释:满足以上条件,代表具有较好的成药性特征。
NA12878-small数据集为NGS流程测试数据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约 216MB。 docking summary测试数据 配体文件:小分子化合物SMILES结构式文件。 受体文件:蛋白3D结构PDB文件。 RNA-Seq测试数据及参考基因组数据集 RNA-Seq-Datas
create_time String 作业子任务运行创建时间 finish_time String 作业子任务运行结束时间 actual_running_time Integer 作业子任务实际运行时间 status String 作业子任务运行状态 sub_tasks Array of
log提示其它因脚本语法的问题,请根据报错信息进行修改,若无法解决请提交工单或联系服务技术支持。 作业状态已为完成态,task仍在运行中 问题现象 作业的状态已为完成态(失败、成功、取消),但是仍有部分task处于运行中。 解决方案 无需特殊处理,以作业状态为准,查看异常的task日志。 重试作业或者删除作业出现内部异常
Lab支持更加灵活和更加强大的项目操作方式,但具有和Jupyter Notebooks一样的组件。 打开JupyterLab 选择状态为“运行中”的Notebook实例,单击“操作”列的“打开”访问Notebook。 单击右上角的“Open JupyterLab”,可直接打开此N
Nextflow 在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因
object 用户设置 表4 UserSettingDto 参数 是否必选 参数类型 描述 job_quota 是 Integer 允许同时运行的作业数 最小值:1 最大值:100 job_timeout 是 Integer 作业执行超时时长,单位天 最小值:1 最大值:60 cpu_quota
选择CPU、GPU类型和大小,选择内存大小,内存单位为GB。 CPU架构依赖于制作镜像过程中选择的系统类型,以及制作镜像时所需的生物信息学软件支持在X86还是ARM上运行。例如,GATK是基于X86指令集开发的生信软件,使用CentOS的X86系统创建GATK镜像,则在创建应用时选择“X86”。 CPU需求:请按实际需求填写,取值范围为“0
token 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 status String 异步任务的状态:等待中、运行中、已完成、失败 枚举值: waiting running finished failed task_data CpiTaskData object
认证鉴权 调用接口有如下两种认证方式,您可以选择其中一种进行认证鉴权。 Token认证:通过Token认证通用请求。 AK/SK认证:通过AK(Access Key ID)/SK(Secret Access Key)加密调用请求。 Token认证 Token的有效期为24小时,需
作业结果存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则已指定路径为准;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\ : ; * ? < " > | 。其中单个文件夹名称不能以中划线(-)开头,不能以英文句号(
移动对象时生成结果清单文件。移动对象时该参数可选 。 --flat -l 否 移动时,不包含上一级父对象名前缀。批量移动时该参数可选 。 --dryRun -y 否 测试模式运行,不执行实际的移动操作。 --update -u 否 增量移动操作,设置该参数后,移动每个源对象时会对比目标桶中对应路径的目标对象,仅在目
# 必选 # 命令列表 - xxx resources: # 必选 # 运行环境要求 cpu_type: X86 # 必选 # 'CPU架构,如X86、ARM'
String 作业运行状态 has_ignore_failed_tasks Boolean 是否包含已被忽略的失败tasks create_time String 作业创建时间 finish_time String 作业完成时间 failed_message String 作业运行失败描述信息,当作业执行失败时会返回