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在使用Nextflow时，作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性，因此请排查参数值，或者选择的数据名称，或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题： Nextflow
例如，通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中，选择“New”（新建），然后选择“TensorFlow-1.8”。 在新建的Notobook中，在代码输入栏输入如下命令。 !pip install
运行作业 方式1：使用预置的NGS流程 方式2：使用预置应用搭建NGS流程 方式3：自定义镜像运行FastQC流程
方式3：自定义镜像运行FastQC流程 应用是运行作业的最小单位，每个应用依托于一个镜像进行创建。 方式2使用直接制作好的应用。用户也可以自己制作镜像，并基于镜像创建应用。 本示例中制作FastQC镜像，并基于镜像创建应用，运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件，往往由于不
第1部分描述了蛋白质与配体小分子的结合能大小，以及该蛋白质在所有配体小分子的对接结果的均值和标准差。 第2部分描述了配体小分子信息，注释结果如下。 分类：该小分子的在DrugBank中分类信息。 化学式：小分子的化学式。 XLOGP3：小分子的脂溶性logP。 TPSA：小分子的拓扑极性表面积。
方式2：使用预置应用搭建NGS流程 将EIHealth平台预置的应用构建成流程，并运行作业。以二代基因组分析流程：fastp，bwa-mem，bamqc，picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装，将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用，不用担心复杂的开发环境问题。
运行大规模虚拟药筛任务 药物数据输入格式说明 订阅Docking Summary流程 新建研究 查看药筛结果 查看药筛作业和结果下载
作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”，获取输出结果的路径。 文件的命名方式为：蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2 下载小分子构想数据 父主题： 运行大规模虚拟药筛任务
选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所有的蛋白质和配体小分子文件里面的小分子进行一一对接。 超时时间 根据受体配体对个数进行调整，一个受体配体对对接大约需要25s。 图2 运行信息 单击“提交”，运行作业。 父主题： 运行大规模虚拟药筛任务
将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构 功能介绍 将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/complex-combine
质和配体小分子数据。参考以下数据要求，将数据上传至项目中。 输入蛋白质，pdb格式，将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子，配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串，第二列为smiles名称，中间用tab键分割。 父主题： 运行大规模虚拟药筛任务
同时会跳转回作业列表。 图12 作业列表 步骤4：查看作业运行状态、获取作业结果 在作业列表中，单击对应的作业名称，可查看作业运行状态，运行时间等信息。 图13 作业运行状态 单击具体的每个应用，可以查看每个应用的运行信息：输入输出，节点参数，应用以及日志等信息。 单击具体的输出参数便可跳转到具体的文件位置。
超时时间：作业运行时间超过设置时间时，认为超时，默认1440分钟，最大可设置为144000分钟，即作业运行至多100天。 加速类型： 加速效率：IO加速>本地盘加速>无 无：作业运行于OBS中，不使用加速。 IO加速：IO加速使用弹性文件服务（SFS）提供高性能的数据读写，作业运行时，会
配额管理 盘古辅助制药平台分为基础版和专业版两个版本。 表1 基础版与专业版区别 功能配额 专业版 基础版 用户总数 50 10 项目总数 100 50 单用户创建项目数 20 20 作业并发数 150 30 模型训练&模型管理 支持 不支持 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
优化设置页面（1） 图8 优化设置页面（2） 单击“提交”。 查看运行结果 可以以列表的形式查看分子优化的作业，单击左上角“下载”，下载分子优化的结果或者分子3D构象。如果分子设置了靶点，可以下载小分子或复合物，若分子未设置靶点，只能下载小分子。小分子支持SDF和PDB格式，复合物只支持PDB格式。
Score：代表小分子可合成性的综合打分。 Vina Score：代表分子如果添加了靶点，将会计算对接结合能。 Similarity：靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度。 QED：代表分子的成药性。 图4 查看运行结果（1） 图5 查看运行结果（2） 图6 查看运行结果（3） 图7
进入资产市场订阅Docking Summary流程。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 父主题： 运行大规模虚拟药筛任务
分子搜索 可自定义数据库，以用户输入的参考化合物结构为起点，可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
、中划线“-”和空格；首位只能以数字或字母开头。 标签：设置任务标签。 功能调用消耗：运行一次功能会消耗一次。 生成后的小分子在满足强约束条件的基础上，会根据满足弱约束条件的权重总和以及与参考小分子的相似度来打分并进行排序。在初始化权重的基础上，每个约束所占的权重，会在每一轮的分
参数设置后单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。 运行完成后，可在作业中心单击该作业查看输出结果。 查看运行结果。在聚类结果页面，可以查看每个聚类的公共子结构、公共子结构原子数、分子数量等信息。 可以单击“下载”，下载聚类分析结果信息。下载结果以Excel格式输出，包含小分子基本信息和属性信息。
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