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业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过划分角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 父主题: EIHealth平台
ParseException: Unparseable date,请提交工单或联系服务技术支持。 execution log提示其它因脚本语法的问题,请根据报错信息进行修改,若无法解决请提交工单或联系服务技术支持。 作业状态已为完成态,task仍在运行中 问题现象 作业的状态已为完成态(失败、成功、取消),但是仍有部分task处于运行中。
同一个发布者可以发布同名称,同类型的应用。若版本不同,则合并。用户在使用时,可以选择对应的版本号进行订阅或者下线。若版本相同,则更改版本后发布。 已发布的应用,可以在“资产市场>我的发布”中进行下线。下线后已经订阅的应用不可以使用。 父主题: 工具管理
至本地data路径,且下载过程中不进行询问提示。 health download /src/ D:\local\data -r -f 递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹(不包含src文件夹本身)至本地data路径,且下载过程中不进行询问提示。 health download
同一个发布者可以发布同名称,同类型的流程。若版本不同,则合并。用户在使用时,可以选择对应的版本号进行订阅或者下线。若版本相同,则更改版本后发布。 已发布的应用,可以在“资产市场>我的发布”中进行下线。下线后已经订阅的应用不可以使用。 父主题: 工具管理
程序及其依赖文件。 EIHealth平台使用容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)进行简单易用、安全可靠的镜像管理。单击项目名称,进入所选项目,在“镜像”页签中,以列表形式展示了项目中的镜像。您可查看镜像的详细信息,执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。
同一个发布者可以发布同名称,同类型的镜像。若版本不同,则合并。用户在使用时,可以选择对应的版本号进行订阅或者下线。若版本相同,则更改版本后发布。 已发布的镜像,可以在“资产市场>我的发布”中进行下线。下线后已经订阅的镜像不可以使用。 父主题: 镜像管理
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
将左侧应用列表中的应用,拖拽至画布中。对于由多个应用构成的流程,通过连接线指定输入、输出关系进行链接。 鼠标移动至应用中,会出现一个“空心圆”,拖动“空心圆”,将连接线移动到目标应用上。 图4 搭建流程 只有当应用的输入、输出参数类型相同时,才可以进行连接。例如,将app1和app2连接接起来,app1的输出,app2的输入均为file类型。
同一个发布者可以发布同名称,同类型的数据,若版本不同,则合并。用户在使用时,可以选择对应的版本号进行订阅或者下线。若版本相同,则更改版本后发布。 已发布的数据,可以在“资产市场>我的发布”中进行下线。下线后已经订阅的数据不可以使用。 父主题: 数据管理
同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面,支持通过作业类型、状态、创建时间、完成时间来进行搜索。 数据作业支持取消、删除、重试操作,三种操作均支持批量操作。 取消:一个数据作业中,单个数据操作执行过程为原子性操作,即要么不执行,
gatk-bqsr:4.1.9.0 gatk ApplyBQSR 基于比对bam文件进行矫正。 gatk-applybqsr:4.1.9.0 gatk HaplotypeCaller 基于比对和矫正之后的bam文件进行Variant Calling的工作。 gatk-haplotypecaller:4
<job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 job-id 无 是 作业ID。 --force -f 否 强制操作,不进行询问提示。默认为false。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例
单击作业名称,在输出结果页面,可以单击“查看轨迹”,下载运动轨迹。可以单击”下游分析”,将发现的口袋作为对接口袋进行分子对接。也可以在右边口袋列表中查看口袋信息。 单击口袋列表的,可以收藏靶点口袋发现结果,收藏后可在收藏夹页进行查看。 图2 查看靶点口袋发现结果 图3 查看靶点口袋发现运动轨迹 查看2D相互作用图。
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
使用方法基本相同,可参考。 若当前所在目录为src2,新增子目录dataset。 health mkdir dataset # 创建成功不进行提示,可以使用health ls命令查看目录 父主题: 数据管理命令
NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。 例如,使用health
在调用医疗智能体平台API之前,请确保已经充分了解医疗智能体平台的相关概念,详细信息请参见产品介绍和用户指南。 您可以使用本文档提供的API对EIHealth平台的资源进行相关操作。 父主题: 使用前必读
用程序及其依赖文件。EIHealth平台使用容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)进行简单易用、安全可靠的镜像管理。 应用 EIHealth平台的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环
报错时自动修正 报错时用户介入修正。 功能点4:特定步骤中断(人为or非人为),前序步骤状态继承,重新执行中断步骤 功能点5:手动中断当前状态,进行修改或加载其他步骤状态 中断修改计划 中断修改代码 人为中断、加载任意步骤状态,可以应对多种意外情况,比如: 第n步报错了,但实际上根因错误在第m步。