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镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
计费 平台计费方式 保留期与欠费 话单延迟导致欠费 不同类型的归档,费用分别是多少
准备工作 购买服务 购买存储套餐包 购买系统资源 获取认证信息 父主题: 用户指南(基因平台)
项目管理 项目简介 创建项目 项目成员和权限 项目管理常用操作 父主题: 用户指南(基因平台)
数据管理 数据管理简介 添加数据 发布数据 数据管理常用操作 归档数据 数据控制与数据审计 命令行工具概述 父主题: 用户指南(基因平台)
系统设置 安全设置 商标设置 作业消息设置 消息中心 邮箱设置 系统标签管理 个人资源配额 数据归档配置 父主题: 用户指南(基因平台)
Nextflow 简介 安装/卸载Nextflow 新建流程 管理流程 新建作业 管理作业 约束限制 作业执行失败排查思路 父主题: 用户指南(基因平台)
通用工具 MOL 3D Viewer MOL Editor 聚类分析 父主题: 功能模块
作业管理 作业管理简介 创建作业 管理作业 查看执行结果 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
靶点发现 靶点口袋发现 靶点优化 父主题: 功能模块
EIHealth平台 应用场景 基本概念
应用是生物信息学软件的镜像封装,您可以制作软件镜像并上传至平台,并通过“新建应用”引入相关软件。 导入应用 应用按项目进行划分,隶属于不同项目的应用,可以通过“导入应用”的方法,导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。
据。 使用URL导入数据 使用URL方式将公网http/https/ftp链接的数据或者OBS中的数据导入。 单击“添加数据”,类型选择“URL”。 单击“添加URL”,填写URL地址。 选择需要导入数据的文件夹。 单击“确定”,导入数据。 图5 使用url导入数据 父主题: 数据管理
数据。 使用URL导入数据 使用URL方式将公网http/https/ftp链接的数据或者OBS中的数据导入。 单击数据中心右上角“URL导入”。 单击“添加URL”,填写URL地址。 选择需要导入数据的文件夹。 单击“确定”,导入数据。 图5 使用URL导入 父主题: 数据管理
系统设置命令 获取系统标签 添加系统标签 删除系统标签 获取系统资源 购买计算资源 删除计算资源节点 修改计算资源 修改性能加速资源 查询消息及已完成作业保留设置 修改消息及已完成作业保留配置 获取供应商logo和名称设置 修改供应商logo和名称配置 获取系统配额信息 获取消息中心消息列表
Nextflow作业管理命令 启动作业 查询作业 删除指定作业 重试作业 停止作业 获取任务信息
Nexflow流程管理命令 创建流程 修改流程 查询流程详情 删除流程
配置命令行工具 步骤1:获取认证信息 步骤2:获取命令行工具 步骤3:初始化配置
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析