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搭建Docker环境,您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,ECS如果
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平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 auto_job_id 是 String 自动作业id 最小长度:1
关系:作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
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# 必选 # 运行环境要求 cpu_type: X86 # 必选 # 'CPU架构,如X86、ARM' cpu: 2C # 可选 # 'CPU数量' memory:
最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述
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NGS流程简介 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅地提高了测序速度,有力推动了相关研究。目前,NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。
Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
增量同步 使用sync命令让本地源路径下的所有内容和OBS指定目标对象进行数据同步,使两边内容保持一致。 增量:依次比较源文件和目标对象,只上传存在变化的源文件。 同步:命令执行完成后,保证本地源路径是OBS指定目标桶的子集,即本地源路径下的所有文件均能在OBS指定目标桶中找到对应对象。
业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
Variant Calling Based On NGS 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序、表观遗传学等领域。
类型:参数类型,此参数为必填项。取值范围:Other、 File、Directory。如果类型选择Other时,可以单击值旁边的按钮进行输入。如果选择File或者Directory类型,可以单击值旁边的按钮,选择文件或者文件夹。 值:根据参数类型,填写或者选择相关取值。 必传:参数是否必传,此参数为非
待计算路径:选择待计算的路径。待计算路径起点是中心配体名称,终点是其他配体的名称。在相似度计算完成之前默认未勾选。您也可以添加路径或者重置路径。添加路径和重置路径可以通过单击右边的“添加路径”或者“重置”进行操作。添加路径也可以在左侧微扰图中直接通过两个分子之间进行连线添加。可以在微扰图中单击某条待计算路径上的,删除该条待计算路径。
查看订阅的应用 步骤2:新建流程 在“工具 > 流程”页面,单击“新建流程”按钮,填写流程名称,版本等信息。 图3 新建流程 利用拖拽的方式将左侧边栏应用列表中的需要执行的应用拖拽到中间画布上,这里我们将fastp,bwa-mam,bamqc,picard-insertsize算法拖拽到中间画布上。
查看靶点口袋发现结果。 单击作业名称,在输出结果页面,可以单击“查看轨迹”,下载运动轨迹。可以单击”下游分析”,将发现的口袋作为对接口袋进行分子对接。也可以在右边口袋列表中查看口袋信息。 单击口袋列表的,可以收藏靶点口袋发现结果,收藏后可在收藏夹页进行查看。 图2 查看靶点口袋发现结果 图3 查看靶点口袋发现运动轨迹
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