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指定“path”参数为根目录,查询根目录下所有对象。
分别单击输入参数图标,设置输入数据。 表2 参数说明 应用名称 参数 名称 类型 说明 fastqc 输入参数 in-dir directory fastq目录,包含待分析的fastq格式的文件。
fastp的两个输出参数fq-file1和fq-file2是bwa-mem算法的输入参数,bwa-mem的sorted-bam参数是bamqc与picard-insertsize输入参数,参考图进行连接。
分别单击输入参数图标,设置输入数据。 表2 参数说明 应用名称 参数 名称 类型 说明 ligand-smiles-to-3dsdf 输入参数 file-in file 存放配体SMILES列表的文件,第一列为SMILES,第二列为配体名称,以Tab分隔。
命令结构 health get app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有应用信息。
图3 CPU、内存、GPU 填写参数。 通过阅读FastQC命令说明,了解命令。 图4 FastQC命令 填写所需的输入参数。 图5 输入参数 填写所需的输出参数。 因镜像启动命令中指定了输出参数,设置输出参数时,需勾选“必传”,并填写“默认值”。
命令结构 health nextflow retry job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业ID -- params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径 命令示例 health nextflow
无 否 模板名称,带此参数时会覆盖yaml文件里面的模板名称。
步骤2:创建Notebook 在“项目管理 > 项目名称 > 开发”页面,单击“创建Notebook”,参考表 参数说明填写信息。 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名称。 描述 Notebook的简要描述。 镜像类型 选择“自定义”镜像。
--data -d 否 是否查询数据库数据,需要和database-id参数一起使用。 --limit -l 否 限制量,默认为10,取值范围[0,1000],只有在--data参数使用时才生效。
分别单击输入参数图标,设置输入数据。 表2 参数说明 应用名称 参数 名称 类型 说明 fastp 输入参数 fastq-file1 file 二代测序fastq的Read1文件。 fastq-file2 file 二代测序fastq的Read2文件。
此参数用于获取作业列表。 --jobName -j 否 作业名。此参数用于获取作业列表。 --labels -a 否 按标签筛选列表,标签间用, 分隔。例子:label1,label2。此参数用于获取作业列表。 --status -s 否 作业状态。此参数用于获取作业列表。
图4 CPU、内存、GPU 填写参数。 通过阅读FastQC命令说明,了解命令。 图5 FastQC命令 填写所需的输入参数。 图6 输入参数 填写所需的输出参数。 因镜像启动命令中指定了输出参数,设置输出参数时,需勾选“必传”,并填写“默认值”。
批量删除分段上传任务时该参数必选。 --jobs -j 否 批量删除分段上传任务的最大并发数,默认为配置文件中的defaultJobs。 批量删除分段上传任务时该参数可选。
--params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径。
query-string 查询参数,可选,查询参数前面需要带一个“?”,形式为“参数名=参数取值”,例如“limit=10”,表示查询不超过10条数据。
需配合--timeRange参数使用。 同步上传文件夹时该参数可选。
最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。
命令结构 health delete label [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 list -l 否 删除的标签id列表,json数组格式。
区域(Region) 从地理位置和网络时延维度划分,同一个Region内共享弹性计算、块存储、对象存储、VPC网络、弹性公网IP、镜像等公共服务。