检测到您已登录华为云国际站账号,为了您更好的体验,建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。
相关参数 物化性质(Physicochemical Property) Molecular Weight (MW): 分子量大小,包含氢原子,最佳分子量在100~600之间。 Molecular Refractivity (MR): 总极化率,取决于分子的温度、折射率和压力。
获取EVS配额及使用情况 功能介绍 获取EVS配额及使用情况 URI GET /v1/{project_id}/system/computing-resources/evs-quota 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目
最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。
在“项目管理 > 开发”页面,单击“创建Notebook”,参考表 参数说明填写信息。 图1 创建Notebook 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名称。名称长度1-63,仅支持小写字母、数字、中划线(-),开始只能是小写字母,结束只能是小写字母或数字。
使用OBS桶中的数据投递作业时,作业将数据copy至云硬盘后,数据变大了4096byte,导致作业投递失败。 图4 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 图5 作业参数配置 进入流程设计器页面。单击输入参数图标,设置输入数据。
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件,启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。
如果同时使用yaml模板和参数命令对描述、标签等参数进行了修改,最终修改结果以参数命令为准。 对于可选参数,如果命令中包含了特殊字符,需使用""括起来。
使用OBS桶中的数据投递作业时,作业将数据copy至云硬盘后,数据变大了4096byte,导致作业投递失败。 图3 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 图4 作业设置 (可选)配置task级别加速。 在作业详情页面,单击task下面的,在“高级参数”下面设置加速类型。
例如,存在输入参数a和输入参数b,在启动作业时,分别给参数a设置了2个参数值,给参数b设置了2个参数值。那么,系统将自动生成4个作业并发执行。 方式二:参考批量执行NGS分析操作。 参数确认无误后,单击“立即创建”,创建应用。
编辑应用 您可以对已经创建的应用进行编辑,修改对应参数信息。 在应用列表页面,选择需要修改的应用,单击操作列“编辑”。 图1 编辑应用 在编辑应用页面,可以修改相关的参数。相关参数描述可参考新建应用。 如果更改了版本号,相当于新建一个应用。 父主题: 工具管理
表1 发布数据参数说明 参数 说明 名称 发布数据的名称。名称长度必须为1-128个字符,只支持字母,数字,中划线和下划线。 展示名称 发布成功后在组织共享中展示的名称。若不填写,展示的名称跟发布数据的名称保持一致。发布成功的数据不支持修改展示名称。 版本 发布数据的版本。
表1 发布镜像参数说明 参数 说明 名称 发布镜像的名称。名称长度为1-128个字符,以小写字母或数字开头,只允许出现中划线(-)、下划线(_)、小写字母和数字,且必须以小写字母或数字结尾。 展示名称 发布成功后在组织共享中展示的名称。若不填写,展示的名称和镜像名称相同。
表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好,并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。
图1 选择归档 填写归档的参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 设置归档数据的名称。归档名称长度为1-100。 描述 归档数据描述信息。 归档类型 选择归档数据存储类型。默认为标准存储。 标准存储:适合高性能,高可靠,高可用,频繁访问场景。
EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。 单击参数名称,可查看参数的详细信息。 单击输入参数图标,可指定输入数据路径。
并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。 例如,存在输入参数a和输入参数b,在启动作业时,分别给参数a设置了2个参数值,给参数b设置了2个参数值。那么,系统将自动生成4个作业并发执行。
表1 发布应用参数说明 参数 说明 名称 发布应用的名称。名称长度为1-56,以字母开头,只允许出现中划线(-)、下划线(_)、字母和数字,且必须以字母或数字结尾。 展示名称 发布成功后在组织共享中展示的名称。若不填写,展示的名称和应用名称相同。
下载流程参数 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程参数后的“下载”,可下载该流程设置的参数文件。 图1 下载流程文件/参数 父主题: Nextflow
表1 发布流程参数说明 参数 说明 名称 发布流程的名称。名称长度为1-56,只允许出现中划线、下划线、字母和数字。 展示名称 发布成功后在组织共享中展示的名称。若不填写,展示的名称和流程名称相同。发布成功的流程不支持修改展示名称。 版本 发布流程的版本。