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文件展示位置，可以同时打开多个文件。 图8 多文件任意编排 当在一个Notebook中写代码时，如果需要实时同步编辑文件并查看执行结果，可以新建该文件的多个视图。 打开此文件，然后单击菜单栏“File>New View for Notebook”，即可打开多个视图。 图9 同一个文件的多个视图
通过分子对接确定复合物中的两个分子正确的相对位置和取向，研究两个分子的构象特别是底物构象在形成复合物过程中的变化，是确定药物作用机制，设计新药的基础。 分子对接计算是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的
支持分子的编辑、标注。 测量、测量距离、角度、二角面等。 结构叠合，将不同结构叠合在一起，用于比较结构差异。 输出指定蛋白口袋的位置及大小，用于分子对接。 导出不同分辨率的图片文件。 播放与制作分子动力学轨迹动画。 父主题： 通用工具
ipynb教程代码框。 图1 大模型输出计划步骤 图2 写出生信代码 图3 自动执行完成 可以在jupyter的文件系统中看到运行结果，也可以在基因平台项目的数据页面查看文件结果： 图4 jupyter中查看运行结果 图5 基因平台查看运行结果 在基因平台项目中查看自动投递的作业。 图6 查看自动投递的作业
服务器，制作centos镜像，并在镜像中放入图片文件，讲解Dockerfile常用命令使用方法。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后，在云服务器列表页，选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”，输入ECS初始账号，登录ECS。 图2 云服务器列表 安装容器引擎。 创建一个名为workdir的目录。
create -n py37 python=3.7 输入“y”，按“Enter”继续。 切换到新环境。 conda activate py37 生成Notebook kernel。 conda install -n py37 ipykernel python -m ipykernel
将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果没有受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。
设置配体对 图9 配体对接结果图 单击查看2D相互作用图，可以看到对接后的小分子构象与蛋白的2D相互作用图，并且支持相互作用2D图下载。 图10 查看2D相互作用图 单击“下游分析”选择分子搜索、分子属性预测、分子优化或分子属性预测或合成路径规划或自由能微扰后，单击“确定”即可创建下游分析。
复核的总体效率是纯人工量化评估速度的数十倍，可大幅提升诊断效率。 新冠病毒CT影像分析实现了如下优势： 病灶的智能识别与分割。 病灶体积的自动准确测量，并与解剖学位置对应。 对分析结果自动三维重建，直观呈现，方便指导病人用药治疗。 单病例量化结果秒级输出，AI+医生复核总体效率是纯人工量化评估速度的数十倍。
单击具体的输出参数便可跳转到具体的文件位置。 图14 查看应用信息 图15 查看输入、输出数据位置 单击输出参数路径，可以跳转至输出文件位置。 图16 获取输出数据 父主题： 运行作业
} } 获取作业结果 作业运行成功后，可以看到每个应用的运行信息：输入输出，节点参数，应用以及日志等信息，最多可以显示5000条日志。 单击具体的输出参数可跳转到具体的文件位置。 图2 获取作业结果 同时，项目支持导出作业的元数据信息，包括以下内容。 作业的基本配置信息，以y
将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果没有受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。
据时可单击图标创建文件夹。 图3 复制数据 解除引用 将已经引用的数据解除引用关系。有以下两种方式，可以实现解除数据的引用。 单击“操作”列的“解除引用”，解除数据引用关系。 图4 解除引用 鼠标指向左侧数据列表，选择需要解除引用的数据。单击右侧图标，解除引用关系。 图5 解除引用
缺省值：false ligands Array of LigandPreviewDto objects 配体列表。 graph FepGraphDto object 路径图。 params FepParamDto object FEP设置参数。 job_result JobResult
docker镜像地址 取值范围[5-255]，不能包含中文字符 最小长度：5 最大长度：255 commands 是 Array of strings docker启动时执行命令 取值范围[1-300]，单个命令长度取值范围[0-256]，不能包含中文字符 最小长度：0 最大长度：256 数组长度：1
或者单击“操作”列“下载为”，然后单击鼠标右键，选择“链接另存为”，下载数据。 图3 下载数据 删除数据 以下操作步骤是在“数据中心”页面删除数据。 删除数据 单击“操作”列的“删除”，删除数据。 图4 删除数据 批量删除 勾选文件名左侧图标，单击“删除”，删除数据。 图5 批量删除 查看3D 支持以Mol 3D
docker镜像地址，取值范围[5-255]，不能包含中文字符 commands: # docker启动时执行命令 单行命令长度取值范围[0-256]，不能包含中文字符，支持多行输入，最多支持300行。 - 'echo
image: 'gwj-test-01/busybox:latest' # docker镜像地址取值范围[1-255]，不能包含中文字符，格式为{project-name}/{image-repo}:{image-tag} commands:
新建分子优化任务接口 功能介绍 输入起始小分子以及属性约束，创建分子优化任务。 URI POST /v1/{project_id}/task/optimization 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数
docker镜像地址 取值范围[5-255]，不能包含中文字符 最小长度：5 最大长度：255 commands 是 Array of strings docker启动时执行命令 取值范围[1-300]，单个命令长度取值范围[0-256]，不能包含中文字符 最小长度：0 最大长度：256 数组长度：1
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