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构建数据库。 数据文件：输入数据库文件，仅支持CSV格式，文件不大于1G，数据条数支持最多5,000,000条，超过5,000,000条将进行截取。文件必须有两列是“SMILES”、“NAME”，不区分大小写。文件不允许有中文，数据库小分子会自动去重。 数据文件列名：选择数据库列
流程使用的镜像和数据需要按照医疗智能体（EIHealth）平台的规范进行上传 推荐通过eihealth-toolkit进行上传。eihealth-toolkit介绍详见什么是医疗智能体eihealth-toolkit。数据上传可参考上传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询，创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。
为防止资源滥用，平台限定了各服务资源的配额，对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要，您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”，查看配额。 图1 配额管理 父主题： 用户指南（基因平台）
可以在项目中存储数据，上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中，并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。您可以创建项目，并向其中上传数据、搭建流程、创建分析作
内存 设置内存大于8G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标，设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据，可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的当前项目OBS路径下的内容操作，暂不支持引用的项目数据路径。
订阅的流程将显示在“项目管理 > 工具”页面的流程列表中。 步骤2：上传待分析数据 您在使用NGS流程前，请先上传待分析的数据，上传数据方法请参见数据管理。数据要求是成对的双端测序样本，即您需要上传两个样本数据文件，例如：xxx.R1.fastq.gz和xxx.R2.fastq.gz。
10.0，v22.04.0。 上传安装包：用户直接上传一个Nextflow的安装包。如果选择此方式，您可以单击“点击此处”进入nextflow release进行下载安装包。 图2 选择安装方式 单击“开始安装”。 卸载Nextflow 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“
单击“靶点口袋发现”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，选择靶点文件、探针文件，配置相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件。 探针文件：探针分子建议原子数不超过400，分子量过大可以通过增大探针半径降低失败率，但无法保证一定成功。支持SDF、MOL2、PDB格式文件。若文件中含有多个配体，默认只处理第一个。
在配置页面输入分子信息，及配置相关参数。 输入方式：支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子：只能绘制一个分子，能够输入分子的SMILES。 选择文件：选择分子文件，最多支持100万个小分子，且分子文件大小不超过2GB。支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。文件来源包括数据中心和示例数据。 手动输入：
--e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。 --k -k 否 指定用户的SK。 --t -n 否 指定用户的securitytoken。 --uploadIdMarker -u 否 列举桶内分段上传任务的起始位置，必须与--marker配合使用。返回结果
存放配体3D sdf文件的文件，默认文件名为3d.sdf。 输出参数 dir-out directory 转换后存放配体pdbqt文件的文件夹。 receptor-pdb-to-pdbqt 输入参数 dir-in directory 受体的pdb文件所在的文件夹。 输出参数 dir-out
存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标，设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据，可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 包含本项目桶最多挂载6个，不包含本项目桶最多挂载5个。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。
请谨慎操作。 上传数据方式 在开始执行分析作业前，请先上传待分析的原始数据。不同的上传方法对数据大小要求不同，您可以参考表 上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据中心”页面上传 通过“数据中心”页面上传数据，支持上传最大为1GB，最多20个文件。
平台也提供了yaml格式的数据库模板，您可以在本地编辑完成后上传至平台进行使用，数据库模板支持yaml或yml格式，且文件大小不能超过10M。 导入方式选择“上传”，单击“下载示例文件”下载数据库模板示例，编辑后上传模板文件至平台，单击“确定”。 图2 上传模板 模板示例如下： database:
您可以通过“上传靶点”，将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件，提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后，运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体： 将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测
段优化，存在多个原始配体时可通过下拉框选择，与上传配体文件二选一。 上传配体文件：通过上传与靶点结构有良好结合构象的配体文件确定配体，若文件中包含多个配体，默认只处理第一个，与选择原始配体二选一。仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件，且只支持3D结构。 标记位点：3D可视化区域
选择一个文件上传。 图7 上传文件 编辑文件 JupyterLab可以在同一个窗口同时打开几个Notebook或文件（如HTML、TXT、Markdown等），以页签形式展示。 JupyterLab的一大优点是，可以任意排版多个文件。在右侧文件展示区，您可以拖动打开文件，随意调整文件展示位置，可以同时打开多个文件。
-e 否 常用的三种分隔符为（;,\t），也可以根据导入数据的文件格式设定其他分隔符。 --files -f 否 生成实例数据的文件列表，多个文件用分号(;)分隔。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eih
fastq目录，包含待分析的fastq格式的文件。 fastq-extend string fastq文件后缀<extend>，适配不同的后缀。 read-cmd string 读取输入文件时使用的命令，如读取.gz文件使用zcat，文本文件使用cat。 para-str string
a/目录进行归档，a/目录下最深一级的文件 a/xxxx/xxx./.../obj的总长度不能超过987。 执行归档操作时，若包含禁止删除的文件或文件夹，并打开了删除原数据开关，则被设置为禁止删除的文件或文件夹会删除失败，其他文件或文件夹删除正常。 使用obsutil上传数据，必须加full controle，否则会导致归档失败。
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