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单拖拽、连接的方式将不同的应用连接起来构建成一个分析流程,避免了写繁杂的bash脚本。 步骤1:订阅应用 进入资产市场,分别订阅fasp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize应用。 图1 订阅应用 可以在“工具 > 应用”列表可以看到刚刚订阅的应用。 图2
计算资源 单击计算资源页面,列表中会显示已购买的计算资源,以及是否可用等信息,若新购买的账号则列表为空。 图1 计算资源 单击“购买计算资源”按钮购买计算资源。可以根据业务需要选择不同的资源类型,其中可用区可以选择任意可用区即可。并支持包年包月购买,或者按需购买。 图2 购买计算资源
作业配置文件说明 流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。 获取作业模板
符合预期的输出文件生成。 场景3:作业投递后显示运行成功,但是根据日志分析作业有报错,也未能正确输出相关信息。 场景4:参数配置的不合理导致的作业执行失败。 场景5:并发投递多个作业后,部分作业运行失败,日志中显示IO读写相关错误。 场景6:作业投递后运行失败,日志显示File name
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建应用,创建好的应用将同步显示到EIHealth平台。
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
用户权限介绍 表1 用户权限说明 用户类别 权限 最终租户 创建用户、导入用户、删除用户、编辑角色、邮箱和手机号、重置密码、移除用户。 系统管理员 创建用户、导入用户、删除用户、编辑角色、移除用户。 非系统管理员 无相关编辑权限。 父主题: 用户管理
用户管理 查询IAM用户列表 查询IAM用户组列表 查询IAM用户组的用户列表 导入用户 获取用户列表 创建用户 校验token 获取指定用户详情 修改用户基本信息 删除用户 预验证 获取可用的认证方法 修改密码 新用户重置密码 更新用户角色 最终租户修改子用户 发送验证码 更新用户设置
使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地,此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中,受网络影响可能出现损坏,下载命令默认会在下载完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 下载数据操作会产
到引用目录。 最小可以上传0Byte的空文件或文件夹,最大可以上传48.8TB的单个文件。 数据在上传的过程中,受网络影响可能出现损坏,上传命令默认会在上传完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health
步骤2:获取Notebook基础镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像,依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务,参考步骤1.连接容器镜像服务操作,然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。 # 基础镜像 docker pull
各类资产的详细介绍和使用方法,并订阅资产至项目中使用。 单击所需的资产名称,查看资产的详细信息。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅资产。 图1 订阅资产 订阅的资产将显示在您的项目中。对于不使用的资产,您可以通过“删除”操作,取消资产订阅。 订阅的流程、应用类资产,将显示在“项目管理
在图2中,页面最右侧显示结合能的最大值和最小值,以及对应的列名称、行名称。 单击列名称或行名称,在弹窗中单击图标,可以对结合能数据进行排序。 单击图标,在弹窗中可以自定义选择要显示的列。 图1 神农项目 图2 药物筛选结果 父主题: 大规模药物虚拟筛选
中,我们预置了大量的分子库可供选择。 先导化合物优化 在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子设计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对模型进行管理以及在平台上用自己的模型进行分析。 父主题:
EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在
)是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药物分子与靶酶相互结合,首先就需要两个分子充分接近,采取合适的取向,使两者在必要的部分相互契
Aromatase,芳香化酶,是雌激素生物合成的关键酶。0为Aromatase无活性,1为Aromatase有活性。数值在0~1之间。 结果解释:预测值的范围在0~1之间。 NR-ER: Estrogen receptor,雌激素受体。在发育和新城代谢中起重要作用,内分泌干扰物与ER的相互作用,会破坏正常的内分泌功能
满足弱约束条件的权重总和以及与参考小分子的相似度来打分并进行排序。在初始化权重的基础上,每个约束所占的权重,会在每一轮的分子优化迭代中,根据所满足的约束来进行动态调整。比如说约束条件1,在分子优化迭代中比较容易满足,那么该条件的权重会降低,如果不容易满足,该条件的权重会升高。 如
流程设计器界面 表1 界面说明 区域 说明 工具栏 上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。 可以将应用拖拽至画布中,并进行编排创建。 可以将流程放置到画布中进行编排修改。