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oad”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选
流程统计管理 获取性能加速资源上统计信息 统计应用、流程、作业数目 统计全局流程、作业信息 父主题: 应用管理
Nextflow引擎生命周期管理 安装Nextflow 查询Nextflow配置详情 卸载Nextflow 清理Nextflow缓存 查询Nextflow版本列表 父主题: Nextflow接口
设置GPU大小。 内存 设置内存大小。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。 参数确认无
购买计算资源(主账号操作) 计算资源说明 资源看板 计算资源 存储资源 性能加速(可选) 数据库(可选)
发布镜像的名称。名称长度为1-128个字符,以小写字母或数字开头,只允许出现中划线(-)、下划线(_)、小写字母和数字,且必须以小写字母或数字结尾。 展示名称 发布成功后在组织共享中展示的名称。若不填写,展示的名称和镜像名称相同。发布成功的镜像不支持修改展示名称。 版本 发布镜像的版本。 版本长度必须为1-64个字符
cannot be empty. 检查上传的模板文件内容是否已填写。 400 eihealth.01040005 The template file name extension can only be yaml or yml. 检查文件后缀名是否为yaml或yml。 400 eihealth
传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook 在创建Notebook时,如果“存储配置”选择的是“OBS”。Notebook列表的所有文件读写操作
-f 否 要导出的id列表文件,使用job-id文件导出作业时必选。 job-id-file 无 否 要导出的id列表的文件位置。 文件内容格式:{"ids":"id1;id2;id3"}。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节
请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 receptor 是 ReceptorDto object 受体文件。 ligand 是 DrugFile object 配体文件。 engine 否 String 引擎,默认为AUTODOCK_VINA。 缺省值:AUTODOCK_VINA
1 平台界面风格更新,新增项目管理,预置流程,项目间资产共享,开发环境升级,应用、流程支持X86、ARM运行,新增消息中心 项目管理:以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 预置流程:预置流程包括NGS、GATK、Cell
流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所有的蛋白质和配体小分子文件里面的小分子进行一一对接。 超时时间 根据受体配体对个数进行调整,一个受体配体对对接大约需要25s。
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件,启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是
生成相互作用2D图 功能介绍 生成相互作用2D图,若不提供配体文件,则受体文件中必须包含配体;若提供配体文件,则受体中的配体(若有)则会被忽略。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/d
pdbqt:将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf:将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor pdb to pdbqt:将受体的pdb文件转换为pdbqt文件。 task-4-qvina-w:分子对接。
选择模型数据。可选择数据中心数据,或者示例数据。 仅支持CSV格式,数据条数支持100-50000条,文件不大于5MB。 组织共享 如果关闭,则该模型只能自己使用。 如果开启组织共享,则其他子用户也可以使用您的模型做分析。 默认为关闭。 单击“确定”。 每人最多可以创建100个模型,每次使用模型时,最多可以使用10个。
构建数据库。 数据文件:输入数据库文件,仅支持CSV格式,文件不大于1G,数据条数支持最多5,000,000条,超过5,000,000条将进行截取。文件必须有两列是“SMILES”、“NAME”,不区分大小写。文件不允许有中文,数据库小分子会自动去重。 数据文件列名:选择数据库列
否 重命名,上传文件时可选。 --recursive -r 否 递归上传文件夹中所有的文件和子文件夹,上传文件夹时必选。 --force -f 否 强制操作,不进行询问提示,上传文件夹时可选。 --flat -l 否 上传文件夹时,只上传该文件夹下的所有内容,上传文件夹时可选。 --update
修改权限 修改目录、文件权限。 命令结构 health chattri [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --path -p 附加参数,可选。 修改权限的目录或文件绝对路径。 --delete-policy -d 附加参数,可选。 设置目录或文件是否允许删除。取值包括:allow、deny。
在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面 输入小分子:可以通过输入SMILES、上传文件或者直接绘制输入小分子。最终以SMILES为准。 选择算法:可以选择ECFP4 Tanimoto相似度或者骨架搜索。ECFP4 Tanim