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参见用户管理。 项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。详细介绍请参见项目管理。 表2 盘古辅助制药平台用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置,可创建平台的子用户,并为其分配权限。
单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数:合成路径规划的路径数量。路径数量增加,将展示更多的合理合成路
传输请求的协议,当前所有API均采用HTTPS协议。 Endpoint 承载REST服务端点的服务器域名或IP,不同服务在不同区域时,对应Endpoint不同,可以从终端节点中获取。 例如EIHealth服务在“华北-北京四”区域的Endpoint为“eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud
已指定路径为准; output_dir_type String 输出路径的类型 node_labels Array of strings 节点标签 取值范围[0,1],单个标签最大长度63字符 io_acc_id String 自动作业使用的IO加速实例id,不填表示不使用 tasks
动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持,已经实现自由能微扰加速10倍以上。测试 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持,已经实现自由能微扰加速10倍以上。 父主题: 盘古辅助制药平台
在一行显示。 --a -a 否 同时列举桶内对象和桶内分段上传任务。 --m -m 否 列举桶内分段上传任务。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。 --k -k 否 指定用户的SK。 --t -n 否 指定用户的securitytoken。 --uploadIdMarker
io_acc_info IoAccInfoDto object 作业的描述 node_labels Array of strings 计算节点标签 still_running_tasks Array of strings 仍在运行中的子任务 表4 ToolInfoDto 参数 参数类型
String 数据库文件来源。 枚举值: public private url String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id String 数据库文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。
summary中保存有汇总的数据文件。 task-1-ligand 3dsdf to pdbqt:将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf:将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor
计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务 删除配体相似性图计算任务 根据center、size、padding参数生成可渲染的口袋文件内容 根据表面离散点坐标集生成可渲染的文件内容 将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构
选择一个文件上传。 图7 上传文件 编辑文件 JupyterLab可以在同一个窗口同时打开几个Notebook或文件(如HTML、TXT、Markdown等),以页签形式展示。 JupyterLab的一大优点是,可以任意排版多个文件。在右侧文件展示区,您可以拖动打开文件,随意调整文件展示位置,可以同时打开多个文件。
[flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 src-dir 无 是 源路径,支持四种格式,分别是医疗项目、外部桶、外部并行文件系统或者网络数据下载链接,对应格式分别为ProjectName:/path、OBS:BucketName:/path、OBSFS:ObsfsName:/path、下载url。
小分子数据。参考以下数据要求,将数据上传至项目中。 输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
其依赖文件。 项目 项目是EIHealth平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过划分角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。
String 源项目名称 source_resource_id String 源资源id node_labels Array of strings 节点标签 icon String 图标base64编码 表4 ResourceDto 参数 参数类型 描述 cpu_type String cpu架构类型,不填默认X86
String 模型数据文件来源。 枚举值: public private url String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id String 模型文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。
收藏夹 收藏夹用于收藏用户的任务结果,通过单击相应的作业名称跳转到作业详情页面,可以收藏大小分子,并在收藏夹中查看。收藏夹内分为小分子和大分子,小分子通常为低分子量的化合物,如蛋白质配体;大分子多为蛋白质靶点。 小分子涉及分子对接、分子优化、靶点口袋分子设计、CPI、分子生成、分子搜索、FEP、聚类详情页。
夹下的失败结果清单文件“cp_failed_report_时间_TaskId.txt”及日志路径下的日志文件。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。 --k -k 否 指定用户的SK。 --t -n 否 指定用户的securitytoken。 --recover
盘古辅助药物 为什么下载的部分靶点文件,显示不完整 CSS常见问题