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4.1.9.0 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。 上传镜像 请依据表1提供的镜像下载命令下载搭建NGS流程所需的镜像。并依据制作bwa-mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示,请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。
用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 无 请求示例 获取指定归档的全数据清单 https://eihealth
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据,批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何
本示例中以Windows系统为例,介绍安装命令行工具的方法。 下载Windows版本的客户端,得到health.exe文件,health文件无需安装,放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R,输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
获取子任务中实例的pod信息 功能介绍 获取子任务中实例的pod信息 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/tasks/{task_name}/instance
作业名称”,进入作业在输出结果页面查看。 图1 查看分子对接结果 在输出结果右侧的配体展示列表中,可以单击需要收藏的配体卡片右上方的进行收藏(在3D视图下),收藏配体列表前两位的配体。 单击页面右上角的“只看收藏”,页面筛选出收藏的配体。如果查看全部配体,单击页面右上角的“查看全部”,出现全部配体。 图2 收藏配体
String 查询的监控指标名称 请求参数 表3 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Toke
用户项目角色,只支持Administrator,Developer,Uploader或者Viewer。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health add member demo-user --project demo-project
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 响应参数 无 请求示例 查询作业的3D结构内容 https://eihealth
用于让作业调度到设置了该标签的节点上。如果所有节点都不满足该标签,则调度失败。 标签数量取值范围[0,1]。单个标签最大长度为63字符,名称必须以health.开头。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --io-acc-tasks -s 否 设定任务的I/O加速类型
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
对接中,预置了大量的分子库可供选择。 先导化合物优化 在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子设计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对模型进行管理以及在平台上用自己的模型进行分析。 父主题:
“神农项目”是完全免费公开的新冠药物虚拟筛选数据库。在抗疫期间,为了寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式,华为云医疗智能体项目团队联合多家科研机构,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进
单击受体结合能框,跳转到单受体对多配体的结果表页面,可以下载全量及单条CPI预测结果。 如果需要下载多个结果,可以选择结果后,单击左上角的“下载”。如果需要下载单条数据,单击数据操作列的“下载”即可。 下载操作将会产生流量费用,具体可参考计费说明。 单个受体对多个配体的结果页面有列表视图、卡片
蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取靶点蛋白的3D结构,对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,让研究人员可以同时从21个蛋白的角度,综合、无偏地评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。 本案例介绍如何使用
Similarity:代表优化后的分子与原始分子的相似度。 QED:代表分子的成药性。 SaScore:代表合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。 图13 查看结果(2) 单击“查看3D”,可以看到分子的3D构象,如果设置了靶点,还可以看到优化后的小分子与靶点的结合构象。 如果上传了双靶