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缺省值:false remove_ligand 否 Boolean 去除配体分子。 缺省值:false add_hydrogen 否 Boolean 增加氢原子。 缺省值:false 表4 ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String
平衡状态。预平衡模拟时长=预平衡步数×时间步长。时长增加,作业运行时间延长。 平衡时长:默认值:1ns,取值范围:0-10ns。平衡阶段的模拟,用于自由能微扰计算。平衡模拟时长=时间步长×平衡步数/1000,单位为ns。时长增加,作业运行时间延长。 λ个数:默认值20,输入范围为2-30。自由能微扰的窗口数量。
export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH source ~/.bashrc 测试安装。 conda -V 查看当前环境列表,并创建新环境参数。 conda env list conda create -n py37 python=3.7 输入“y”,按“Enter”继续。
启动作业时,如果包含不存在的计算节点标签,回显类似下图,请先添加计算节点标签。 计算节点标签添加方法:在平台右上角单击用户名,选择“系统资源 > 计算资源”,在计算节点的操作列单击“更多 > 标签管理”,添加标签。上图示例中需要添加的标签名称为labelsss1。 使用本地已填写好的作业模板job.yaml运行分析作业。
PocketFragment objects 配体文件列表,最多支持1个。 数组长度:0 - 1 num_trials 否 Integer 生成分子数量。 最小值:1 最大值:5000 缺省值:1000 model_ids 否 Array of strings 模型id列表。 最小长度:1 最大长度:128
缺省值:false remove_ligand 否 Boolean 去除配体分子。 缺省值:false add_hydrogen 否 Boolean 增加氢原子。 缺省值:false 表5 ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String
PocketFragment objects 配体文件列表。 数组长度:1 - 1 num_trials Integer 生成分子数量。 最小值:1 最大值:5000 缺省值:1000 model_list Array of BasicDrugModel objects 模型列表。 molecular_weight
smiles_list 否 Array of strings 分子表达式列表。 最小长度:1 最大长度:512 数组长度:10 - 10000 molecule_file 否 DrugFile object 分子文件,分子表达式列表和分子文件二选一,分子文件优先级最高。 binding_sites
smiles_list Array of strings 分子表达式列表。 最小长度:1 最大长度:512 数组长度:10 - 10000 molecule_file DrugFile object 分子文件,分子表达式列表和分子文件二选一,分子文件优先级最高。 num_trials Integer
BindSiteDto object 结合位点。 binding_sites Array of BindSiteDto objects 受体列表和受体是二选一的关系,受体列表优先级最高。 数组长度:0 - 2 weak_constraints Array of WeakConstraintDto
BindSiteDto object 受体。 binding_sites 否 Array of BindSiteDto objects 受体列表和受体是二选一的关系,受体列表优先级最高。 数组长度:0 - 2 weak_constraints 否 Array of WeakConstraintDto
String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 add_hydrogen 否 Boolean 增加氢原子。 缺省值:true 表5 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络
{0} cannot be modified. 请检查当前列是否为主键,或用于自动作业状态更新列,或为系统自动创建列。 400 eihealth.01040041 Invalid input data. 请检查数据与对应列的类型是否匹配 400 eihealth.01040042
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txr文件至项目src文件夹中。 health upload D:\local\test.txt /src/ --update -r 列举路径中的对象时,需使用/xxx/格式,如示例中的/src/。 列举本地路径中的文件夹对象时,需要使用“路径/文件名”或“路径\文件名”格式。请依据操作系统的路径规范使用,如示例中的D:\local。
传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能,通过获取示例数据,创建药物虚拟筛选任务并查看结果。
zsh_history命令,退出终端后再次执行history -p命令可删除记录文件,清空历史。 windows系统:对于当前执行的命令,可通过关闭cmd窗口实现历史命令的清理。 父主题: 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit
最小长度:0 最大长度:128 fasta 是 String 蛋白质FASTA序列 最小长度:4 最大长度:2048 smiles_list 是 Array of strings 分子SMILES表达式列表 threshold 否 Float 打分阈值,分值必须大于该阈值才会返回 num_results
蛋白质FASTA标题 最小长度:0 最大长度:128 fasta String 蛋白质FASTA序列 最小长度:4 最大长度:2048 smiles_list Array of strings 分子SMILES表达式列表 threshold Float 打分阈值,分值必须大于该阈值才会返回 num_results